BMKCloud Log in
条形spanduk-03

Berita

EVOLUSI GENOME

Genom Baru
Perakitan|Penentuan Jenis Kelamin Seluruh pekerjaan pengurutan dan layanan bioinformatik parsial disediakan oleh Biomarker Techonologies.

Abstrak

Fenotip naga laut yang ikonik mencakup pelengkap seperti daun, mulut berbentuk tabung ompong, dan kehamilan jantan yang melibatkan inkubasi telur yang telah dibuahi di “tempat induk” terbuka.Kami baru-baru ini mengurutkan genom naga laut jantan dan betina (Phyllopteryx taeniolatus) dan spesies yang berkerabat dekat, ikan pipa aligator (Syngnathoides biaculeatus).Profil transkripsi dari evolusi baru, pelengkap mirip daun, menunjukkan bahwa serangkaian gen yang biasanya terlibat dalam pengembangan sirip telah dikooptasi serta pengayaan transkripsi untuk potensi perbaikan jaringan dan gen pertahanan kekebalan.Mutan ikan zebra untuk scpp5, yang hilang di semua syngnathid, ditemukan tidak memiliki atau memiliki gigi faring yang cacat, mendukung hipotesis bahwa hilangnya scpp5 berkontribusi pada hilangnya gigi di syngnathid.Lokus penentu jenis kelamin yang diduga mengkode gen amhr2y spesifik jantan yang dimiliki oleh naga laut dan ikan pipa aligator telah diidentifikasi. 

Bahan dan metode:

Bahan

Fnaga laut kita bersama (P.taeniolatus) dan dua ikan pipa aligator (S.biaculeatus) spesimen.Dua individu naga laut biasa (satu jantan dan satu betina) dan dua individu ikan pipa aligator (satu jantan dan satu betina) digunakan untuk pengurutan seluruh genom, dan dua individu naga laut jantan lainnya digunakan untuk pengurutan ulang genom.

Strategi Pengurutan Genom

2Pustaka 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sekuel) atau Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).sequencing, dan dua individu seadragon jantan lainnya digunakan untuk pengurutan ulang genom.

Urutan Transkriptome

Fatau naga laut biasa, otak, mata, insang, hati, jantung, ginjal, mesenterium, usus, otot, sirip, kulit, pelengkap seperti daun, testis, dan ovarium dikumpulkan.

Strategi perakitan genome de novo

Canu (Koreksi) + WTDBG2 (Majelis) + Pilon(Polandia) + Lachesis (Hi-C).

Hasil utama

Gambar-1.-Fitur-utama-dari-naga-laut-P.-taeniolatus-dan-ikan-pipe-buaya-S

Gambar 1. Ciri-ciri utama naga laut (P. taeniolatus) dan ikan pipa aligator (S. biaculeatus) serta posisi filogenetiknya.

Gambar-2.-Morfologi-dan-susunan-genetik-pelengkap-seperti-daun-di-naga laut-umum-P

Gambar 2. Morfologi dan susunan genetik pelengkap mirip daun pada naga laut (P. taeniolatus).

Gambar-3.-Gen-penentuan-jenis kelamin-diduga-dalam-naga laut-umum-P.-taeniolatus-dan-buaya-pipefish-S.-biaculeatus

Gambar 3. Gen penentu jenis kelamin yang diduga pada naga laut (P. taeniolatus) dan ikan pipa aligator (S. biaculeatus).

Gambar-4

Gambar 4. Fenotipe gigi faring pada mutan homozigot ikan zebra scpp5.


Waktu posting: 08 Januari 2022

Kirim pesan Anda kepada kami: