Berita

Amplifikasi elemen transposable (TE) telah diakui sebagai kekuatan pendorong yang memediasi perluasan dan evolusi ukuran genom, namun konsekuensinya terhadap pembentukan arsitektur genom 3D sebagian besar masih belum diketahui pada tanaman.Di sini, kami melaporkan kumpulan genom tingkat referensi untuk tiga spesies kapas dengan ukuran genom yang berkisar tiga kali lipat, yaituGossypium rotundifolium(K2),G.arboreum(A2), danG.raimondii(D5), menggunakan Teknologi Oxford Nanopore.Analisis genom komparatif mendokumentasikan rincian amplifikasi TE spesifik garis keturunan yang berkontribusi terhadap perbedaan ukuran genom yang besar (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb), dan menunjukkan konten gen yang relatif terpelihara dan hubungan sintaksis antar genom.Kami menemukan bahwa sekitar 17% gen sintenik menunjukkan perubahan status kromatin antara kompartemen aktif (“A”) dan tidak aktif (“B”), dan amplifikasi TE dikaitkan dengan peningkatan proporsi kompartemen A di wilayah gen (~ 7.000 gen ) di K2 dan A2 relatif terhadap D5.Hanya 42% dari batas topologically associating domain (TAD) yang dilestarikan di antara ketiga genom.Data kami mengimplikasikan amplifikasi TE baru-baru ini setelah pembentukan batas TAD khusus garis keturunan.Studi ini menyoroti peran ekspansi genom yang dimediasi transposon dalam evolusi struktur kromatin tingkat tinggi pada tanaman.