GENOME
Perakitan skala kromosom dan analisis genom tanaman biomassa Miscanthus lutarioriparius
Urutan nanopori |Menerangi |Hai-C |Pengurutan RNA |Filogeni
Dalam studi ini, Biomarker Technologies memberikan dukungan teknis pada pengurutan Nanopore, perakitan genom de novo, perakitan berbantuan Hi-C, dll.
Abstrak
miskantus, tanaman tahunan rhizomatous, memiliki potensi besar untuk produksi bioenergi karena biomassanya yang tinggi dan toleransi terhadap stres.Kami melaporkan perakitan skala kromosomMiskantus lutarioripariusgenom dengan menggabungkan sekuensing Oxford Nanopore dan teknologi Hi-C.Rakitan 2,07-Gb mencakup 96,64% genom, dengan contig N50 sebesar 1,71 Mb.Urutan sentromer dan telomer dirakit untuk masing-masing 19 kromosom dan kromosom 10.Asal allotetraploid dari M. lutarioriparius dikonfirmasi menggunakan pengulangan satelit sentromerik.Struktur genom tetraploid dan beberapa penataan ulang kromosom relatif terhadap sorgum ditunjukkan dengan jelas.Gen duplikat tandem dariM. lutarioripariusdiperkaya secara fungsional tidak hanya dalam kaitannya dengan respons stres, tetapi juga biosintesis dinding sel.Keluarga gen yang terkait dengan ketahanan terhadap penyakit, biosintesis dinding sel, dan transpor ion logam telah berkembang dan berevolusi secara pesat.Perluasan keluarga-keluarga ini mungkin menjadi dasar genom yang penting untuk peningkatan sifat-sifat yang luar biasaM. lutarioriparius.
Statistik kunci perakitan genom
Angka.Ikhtisar perakitan genom M. lutarioriparius
Berita dan Sorotan bertujuan untuk berbagi kasus-kasus sukses terbaru dengan Biomarker Technologies, menangkap pencapaian ilmiah baru serta teknik-teknik terkemuka yang diterapkan selama penelitian.
Waktu posting: 05 Januari 2022