Genotipe dengan throughput tinggi, terutama pada populasi skala besar, merupakan langkah mendasar dalam studi asosiasi genetik, yang memberikan dasar genetik untuk penemuan gen fungsional, analisis evolusi, dll. Daripada melakukan pengurutan ulang seluruh genom secara mendalam, lebih baik melakukan pengurutan genom representasi tereduksi (RRGS). ) diperkenalkan untuk meminimalkan biaya pengurutan per sampel, sekaligus menjaga efisiensi yang wajar dalam penemuan penanda genetik.Hal ini biasanya dicapai dengan mengekstraksi fragmen pembatasan dalam rentang ukuran tertentu, yang disebut perpustakaan representasi tereduksi (RRL).Pengurutan fragmen yang diperkuat lokus spesifik (SLAF-Seq) adalah strategi yang dikembangkan sendiri untuk penemuan SNP de novo dan genotipe SNP pada populasi besar.
Alur kerja teknis
SLAF vs Metode RRL yang Ada
Kelebihan SLAF
Efisiensi penemuan penanda genetik yang lebih tinggi– Dikombinasikan dengan teknologi pengurutan throughput tinggi, SLAF-Seq dapat mencapai ratusan ribu tag yang ditemukan dalam seluruh genom untuk memenuhi permintaan beragam proyek penelitian, baik dengan atau tanpa genom referensi kami.
Desain eksperimental yang disesuaikan & fleksibel– Untuk tujuan atau spesies penelitian yang berbeda, tersedia strategi pencernaan enzimatik yang berbeda termasuk pencernaan enzim tunggal, enzim ganda, dan multi-enzim.Strategi pencernaan akan dievaluasi terlebih dahulu secara silico untuk memastikan desain enzim yang optimal.
Efisiensi tinggi dalam pencernaan enzimatik– Pencernaan enzimatik yang dirancang sebelumnya menghasilkan SLAF yang lebih merata pada kromosom.Pengumpulan fragmen yang efisien dapat mencapai lebih dari 95%.
Hindari urutan yang berulang– Persentase urutan berulang dalam data SLAF-Seq dikurangi menjadi lebih rendah dari 5%, terutama pada spesies dengan elemen berulang tingkat tinggi, seperti gandum, jagung, dll.
Alur kerja bioinformatika yang dikembangkan sendiri– BMK mengembangkan alur kerja bioinformatika terintegrasi yang dapat diterapkan pada teknologi SLAF-Seq untuk memastikan keandalan dan keakuratan hasil akhir.
Penerapan SLAF
Peta keterkaitan genetik
Konstruksi peta genetik kepadatan tinggi dan identifikasi lokus yang mengendalikan ciri-ciri tipe bunga pada Krisan (Krisan x morifolium Ramat.)
Jurnal: Penelitian Hortikultura Diterbitkan: 2020.7
GWAS
Identifikasi kandidat gen terkait kandungan isofavon pada benih kedelai menggunakan genome-wide Association dan linkage map
Jurnal: Jurnal Tumbuhan Diterbitkan: 2020.08
Genetika Evolusioner
Analisis genom populasi dan perakitan de novo mengungkap asal usul padi kurus sebagai permainan evolusi
Jurnal: Tumbuhan Molekuler Diterbitkan: 2019.5
Analisis Segregant Massal (BSA)
GmST1, yang mengkode sulfotransferase, memberikan resistensi terhadap virus mosaik kedelai strain G2 dan G3
Jurnal: Tumbuhan, Sel & Lingkungan Diterbitkan: 2021.04
Referensi
Sun X, Liu D, Zhang X, dkk.SLAF-Seq: metode efisien untuk penemuan dan genotipe SNP de novo skala besar menggunakan pengurutan throughput tinggi [J].Plos satu, 2013, 8(3):e58700
Lagu X, Xu Y, Gao K, dkk.Konstruksi peta genetik kepadatan tinggi dan identifikasi lokus pengontrol sifat tipe bunga pada Krisan (Krisan × morifolium Ramat.).Res Hortik.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, dkk.Identifikasi kandidat gen terkait kandungan isoflavon pada biji kedelai menggunakan genome-wide Association dan linkage map.Pabrik J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, dkk.Analisis Genomik Populasi dan Majelis De Novo Mengungkap Asal Usul Padi Kurma sebagai Permainan Evolusioner.Pabrik Mol.2019;12(5):632-647.Pabrik Mol.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, dkk.GmST1, yang mengkode sulfotransferase, memberikan resistensi terhadap virus mosaik kedelai strain G2 dan G3.Lingkungan Sel Tumbuhan.2021;10.1111/pce.14066
Waktu posting: 04 Januari 2022