Urutan non-coding yang panjang-Illumina
Keunggulan Layanan
● Keunggulan Layanan
● Spesifik seluler dan jaringan
● Tahap tertentu mengungkapkan dan menyajikan perubahan ekspresi yang dinamis
● Pola ekspresi ruang dan waktu yang tepat
● Analisis gabungan dengan data mRNA.
● Pengiriman hasil berbasis BMKCloud: Penambangan data yang disesuaikan tersedia di platform.
● Layanan purna jual berlaku selama 3 bulan setelah proyek selesai
Persyaratan Sampel dan Pengiriman
| Perpustakaan | Platform | Data yang direkomendasikan | QC Data |
| penipisan rRNA | Menerangi PE150 | 10 GB | Q30≥85% |
| Konsentrasi (ng/μl) | Jumlah (μg) | Kemurnian | Integritas |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Kontaminasi protein atau DNA terbatas atau tidak ada pada gel. | Untuk tanaman: RIN≥6.5; Untuk hewan: RIN≥7.0; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevasi dasar yang terbatas atau tidak ada sama sekali |
Nukleotida:
Jaringan: Berat (kering): ≥1 g
*Untuk jaringan yang lebih kecil dari 5 mg, kami menyarankan untuk mengirimkan sampel jaringan beku (dalam nitrogen cair).
Suspensi sel: Jumlah sel = 3×107
*Kami menyarankan untuk mengirimkan lisat sel beku.Jika jumlah sel tersebut lebih kecil dari 5×105, disarankan untuk dibekukan dalam nitrogen cair.
Sampel darah:
PA×genBloodRNATube;
6mLTRIzol dan 2mL darah (TRIzol:Darah=3:1)
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Wadah: tabung centrifuge 2 ml (tidak disarankan menggunakan kertas timah)
Contoh pelabelan: Grup+replikasi misalnya A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Pengiriman:
1.Es kering: Sampel harus dikemas dalam kantong dan dikubur dalam es kering.
2. Tabung RNAstabil: Sampel RNA dapat dikeringkan dalam tabung stabilisasi RNA (misalnya RNAstable®) dan dikirim dalam suhu kamar.
Alur Kerja Layanan
Desain percobaan
Pengiriman sampel
Ekstraksi RNA
Pembangunan perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
Bioinformatika
1.Klasifikasi LncRNA
LncRNA yang diprediksi oleh keempat software di atas diklasifikasikan menjadi 4 kategori: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;rasa-LncRNA.Klasifikasi LncRNA ditunjukkan pada histogram di bawah ini.
Klasifikasi LncRNA
2. Gen yang ditargetkan untuk analisis pengayaan DE-lncRNA
ClusterProfiler digunakan dalam analisis pengayaan GO pada gen bertarget cis dari lncRNA yang diekspresikan secara berbeda (DE-lncRNA), dalam hal proses biologis, fungsi molekuler, dan komponen seluler.Analisis pengayaan GO adalah proses untuk mengidentifikasi istilah GO yang diperkaya secara signifikan yang diarahkan oleh DEG dibandingkan dengan keseluruhan genom.Istilah yang diperkaya disajikan dalam histogram, diagram gelembung, dll seperti yang ditunjukkan di bawah ini.
Gen yang ditargetkan Cis dari analisis pengayaan DE-lncRNA -Bagan gelembung
3. Dengan membandingkan panjang, nomor ekson, ORF dan jumlah ekspresi mRNA dan lncRNA, kita dapat memahami perbedaan struktur, urutan, dan sebagainya di antara keduanya, dan juga memverifikasi apakah lncRNA baru yang kita prediksi sesuai dengan karakteristik umum.
Kasus BMK
Profil ekspresi lncRNA yang dideregulasi pada adenokarsinoma paru tikus dengan mutasi KRAS-G12D dan KO P53
Diterbitkan:Jurnal Kedokteran Seluler dan Molekuler,2019
Strategi pengurutan
menerangi
Pengumpulan sampel
Sel NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) dan sel kontrol negatif (sh-Scr) diperoleh pada hari ke 6 dari infeksi virus tertentu.
Hasil utama
Studi ini menyelidiki lncRNA yang diekspresikan secara menyimpang pada adenokarsinoma paru tikus dengan KO P53 dan mutasi KrasG12D.
1,6424 lncRNA diekspresikan secara berbeda (≥ perubahan 2 kali lipat, P <0,05).
2.Di antara 210 lncRNA (FC≥8), ekspresi 11 lncRNA diatur oleh P53, 33 lncRNA oleh KRAS dan 13 lncRNA oleh hipoksia pada sel KP primer.
3.NONMMUT015812, yang diatur secara signifikan pada adenokarsinoma paru tikus dan diatur secara negatif oleh ekspresi ulang P53, terdeteksi untuk menganalisis fungsi selulernya.
4.Knockdown NONMMUT015812 oleh shRNA menurunkan kemampuan proliferasi dan migrasi sel KP.NONMMUT015812 merupakan onkogen potensial.
 Analisis jalur KEGG dari gen yang diekspresikan secara berbeda dalam sel KP knockdown NONMMUT015812 |  Analisis Ontologi Gen dari gen yang diekspresikan secara berbeda dalam sel KP knockdown NONMMUT015812 |
Referensi
Profil ekspresi lncRNA yang dideregulasi pada adenokarsinoma paru tikus dengan mutasi KRAS-G12D dan KO P53 [J].Jurnal Kedokteran Seluler dan Molekuler, 2019, 23(10).DOI： 10.1111/jcmm.14584
