Majelis Genom berbasis Hi-C
Keunggulan Layanan
Ikhtisar Hi-C
(Lieberman-Aiden E dkk.,Sains, 2009)
● Tidak perlu membangun populasi genetik untuk contig Anchoring;
● Kepadatan penanda yang lebih tinggi menyebabkan rasio penahan contigs lebih tinggi di atas 90%;
● Memungkinkan evaluasi dan koreksi pada kumpulan genom yang ada;
● Waktu penyelesaian yang lebih singkat dengan akurasi yang lebih tinggi dalam perakitan genom;
● Pengalaman berlimpah dengan lebih dari 1000 perpustakaan Hi-C yang dibangun untuk lebih dari 500 spesies;
● Lebih dari 100 kasus berhasil dengan faktor dampak akumulatif yang dipublikasikan lebih dari 760;
● Perakitan genom berbasis Hi-C untuk genom poliploid, tingkat penahan 100% telah dicapai pada proyek sebelumnya;
● Paten internal dan hak cipta perangkat lunak untuk eksperimen Hi-C dan analisis data;
● Perangkat lunak penyetelan data visual yang dikembangkan sendiri, memungkinkan pemindahan, pembalikan, pencabutan, dan pengulangan blok secara manual.
Spesifikasi Layanan
|
Jenis Perpustakaan
|
Platform | Panjang Baca | Merekomendasikan Strategi |
| Hai-C | Menerangi NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Analisis bioinformatika
● Kontrol kualitas data mentah
● Kontrol kualitas perpustakaan Hi-C
● Perakitan genom berbasis Hi-C
● Evaluasi pasca-pertemuan
Persyaratan Sampel dan Pengiriman
Persyaratan Sampel:
| Satwa | Jamur | Tanaman
|
| Tisu beku: 1-2g per perpustakaan Sel: 1x 10^7 sel per perpustakaan | Jaringan beku: 1g per perpustakaan | Tisu beku: 1-2g per perpustakaan
|
| *Kami sangat menyarankan untuk mengirimkan setidaknya 2 alikuot (masing-masing 1 g) untuk eksperimen Hi-C. | ||
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Wadah: tabung centrifuge 2 ml (tidak disarankan menggunakan kertas timah)
Untuk sebagian besar sampel, kami menyarankan untuk tidak mengawetkannya dalam etanol.
Pelabelan sampel: Sampel harus diberi label dengan jelas dan identik dengan formulir informasi sampel yang diserahkan.
Pengiriman: Es kering: Sampel harus dikemas dalam kantong terlebih dahulu dan dikubur dalam es kering.
Alur Kerja Layanan
Desain percobaan
Pengiriman sampel
Ekstraksi DNA
Pembangunan perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
*Hasil demo yang ditampilkan di sini semuanya berasal dari genom yang diterbitkan oleh Biomarker Technologies
1. Peta panas interaksi Hi-CCamptotheca acuminatagenom.Seperti yang ditunjukkan pada peta, intensitas interaksi berkorelasi negatif dengan jarak linier, yang menunjukkan perakitan tingkat kromosom yang sangat akurat.(Rasio penahan: 96,03%)
Kang M dkk.,Komunikasi Alam, 2021
2.Hi-C memfasilitasi validasi inversi antarGossypium hirsutumL.TM-1 A06 danG.arboreumBab06
Yang Z dkk.,Komunikasi Alam, 2019
3. Perakitan dan diferensiasi biallelic genom singkong SC205.Peta panas Hi-C menunjukkan perpecahan yang jelas pada kromosom homolog.
Hu W dkk.,Tumbuhan Molekuler, 2021
4.Peta panas Hi-C pada dua kumpulan genom spesies Ficus:F.microcarpa(rasio penahan: 99,3%) danF.hispida (rasio penahan: 99,7%)
Zhang X dkk.,Sel, 2020
Kasus BMK
Genom Pohon Beringin dan Tawon Penyerbuk Memberikan Wawasan Tentang Koevolusi Fig-tawon
Diterbitkan: Sel, 2020
Strategi pengurutan:
F. mikrokarpa genom: Kira-kira.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F.hispidagenom: Kira-kira.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenom: Kira-kira.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Hasil utama
1. Dua genom pohon beringin dan satu genom tawon penyerbuk dibuat menggunakan pengurutan PacBio, Hi-C, dan peta keterkaitan.
(1)F. mikrokarpagenom: Kumpulan 426 Mb (97,7% dari perkiraan ukuran genom) dibuat dengan contig N50 sebesar 908 Kb, skor BUSCO sebesar 95,6%.Total 423 rangkaian Mb ditambatkan ke 13 kromosom oleh Hi-C.Anotasi genom menghasilkan 29.416 gen penyandi protein.
(2)F.Hispidagenom: Perakitan 360 Mb (97,3% dari perkiraan ukuran genom) dihasilkan dengan contig N50 sebesar 492 Kb dan skor BUSCO sebesar 97,4%.Sebanyak 359 rangkaian Mb ditambatkan pada 14 kromosom oleh Hi-C dan sangat identik dengan peta hubungan kepadatan tinggi.
(3)Eupristina verticillatagenom: Kumpulan 387 Mb (Perkiraan ukuran genom: 382 Mb) dibuat dengan contig N50 sebesar 3,1 Mb dan skor BUSCO sebesar 97,7%.
2. Analisis genomik komparatif mengungkapkan sejumlah besar variasi struktur antara keduanyaFikusgenom, yang menyediakan sumber daya genetik yang sangat berharga untuk studi evolusi adaptif.Studi ini, untuk pertama kalinya, memberikan wawasan tentang koevolusi Gambar-tawon pada tingkat genom.
 Diagram Circos tentang fitur genom duaFikusgenom, termasuk kromosom, duplikasi segmental (SD), transposon (LTR, TEs, DNA TEs), ekspresi gen dan sintesis |  Identifikasi gen kandidat kromosom Y dan penentuan jenis kelamin |
Zhang, X., dkk.“Genom Pohon Beringin dan Tawon Penyerbuk Memberikan Wawasan tentang Koevolusi Fig-Tawon.”Sel 183.4(2020).
