BMKGENE menyediakan layanan pengurutan transkriptome spasial untuk penelitian “STEEL memungkinkan penggambaran data transkriptomik spatiotemporal resolusi tinggi”, yang diterbitkan dalam Briefings in Bioinformatics.
Studi ini mengusulkan algoritma berbasis pembelajaran tanpa pengawasan dan berjenis, Spatial Transcriptome cEll type clustering (STEEL), yang mengidentifikasi domain dari transkriptome spasial dengan mengelompokkan manik-manik yang menunjukkan profil ekspresi gen yang sangat mirip dan jarak spasial yang dekat dalam bentuk grafik.
Evaluasi komprehensif terhadap STEEL pada kumpulan data transkriptomik spasial dari platform 10X Visium menunjukkan bahwa STEEL tidak hanya mencapai resolusi tinggi untuk mengkarakterisasi struktur halus otak tikus, tetapi juga memungkinkan integrasi beberapa slide jaringan yang dianalisis secara individual ke dalam struktur yang lebih besar.
Dengan kemajuan teknologi transkriptome spasial, metode kami akan memiliki penerapan yang luas dalam identifikasi domain dan rekonstruksi atlas ekspresi gen.
KlikDi Siniuntuk mempelajari lebih lanjut tentang penelitian ini.
Waktu posting: 20 Oktober 2023