Selidiki potensi mempelajari keanekaragaman spesies penelitian liar, yang dicontohkan oleh kasus penting dari klien BMKGENE.Baru-baru ini diterbitkan dalam Jurnal Bioteknologi Tanaman edisi tahun ini, artikel berjudul “Genom Hevea brasiliensis Liar Tingkat Kromosom: Pemberdayaan Pembiakan Berbantuan Genomik dan Menggali Lokus Vital untuk Peningkatan Hasil Karet” merupakan referensi yang berharga.
Pohon karet Brazil (Hevea brasiliensis) berdiri tegak sebagai sumber karet alam yang penting.Sepanjang abad terakhir, metodologi pemuliaan tradisional memicu peningkatan produksi karet sebanyak enam kali lipat.Namun, landasan genetik yang mendasari potensi peningkatan hasil karet masih misterius.
Studi ini memulai pembuatan genom tingkat kromosom untuk pohon karet liar, menggunakan sinergi pengurutan Nanopore yang sudah lama dibaca, pengurutan Illumina NGS, dan teknologi Hi-C.
Secara paralel, kumpulan 147 sumber daya plasma nutfah, yang mencakup variasi hasil tinggi, strain liar, dan spesies terkait, dikumpulkan untuk resequencing genom keseluruhan (WGS) yang komprehensif menggunakan platform Illumina.Data pengurutan berikutnya menjalani analisis genetika populasi yang ketat, sehingga memungkinkan pembedahan struktur populasi, keanekaragaman, dan ketidakseimbangan keterkaitan.Analisis ini menyoroti variasi domestikasi antar populasi.
Investigasi lebih lanjut mencakup analisis yang mencakup Fst, π, D Tajima, dan LD, yang bertujuan untuk mengungkap sinyal seleksi yang timbul dari peningkatan hasil lateks, terutama berfokus pada klon Wickham.
Puncaknya adalah Analisis Asosiasi Seluruh Genom (GWAS), penanda yang terkait dengan sifat-sifat hasil dan kemudian gen-gen yang terkait dengan hasil ditunjukkan dengan tepat.Validasi awal mengungkap aktivitas transkripsional yang berbeda pada mutan yang berbeda untuk dua gen ERF, memberikan gambaran awal tentang signifikansi fungsionalnya.Bukti lebih lanjut dijadwalkan dalam penelitian yang akan datang.
BMKGENE bangga berkontribusi terhadap pengurutan ulang seluruh genom populasi yang cukup besar ini, bersama dengan peran penting dalam analisis bioinformatika.Pengalaman kami yang luas mencakup pengurutan NGS/TGS dan analisis bioinformatika multiomik pada lebih dari 1000 spesies.Kami menantikan prospek bermitra dengan Anda dalam proyek mendatang Anda.
Klik disini untukpelajari lebih lanjut tentang penelitian ini
Waktu posting: 29 Agustus-2023