Platform | Ukuran Perpustakaan | Hasil Data Teoritis (Per Sel) | Akurasi Basis Tunggal | Aplikasi |
nanopori | 8Kb, 10kb, 20kb, Sangat panjang, cDNA-PCR | 70-90Gb/Sel | 85-92% | Panggilan SV, De novo, Urutan lengkap, Iso-Seq, Anotasi gen, Deteksi metilasi DNA |
● Pengalaman lebih dari 5 tahun pada platform pengurutan PacBio dengan ribuan proyek tertutup dengan berbagai spesies.
● BMKGENE adalah mitra resmi Oxford Nanopore, dengan sertifikasi RNA/DNA platform ganda.
● Terdapat model sequencer mainstream dengan peralatan lengkap dan throughput sequencing yang memadai.
● Berdasarkan platform Nanopore, lebih dari 10 penelitian Denovo pada hewan dan tumbuhan telah dipublikasikan di jurnal ternama internasional.
Jenis Sampel | Jumlah | Konsentrasi (Qubit ®) | Volume | Kemurnian | Yang lain |
DNA genom | Tergantung pada Kebutuhan Data | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1,5; Hapus puncak pada 260 nm, tidak ada kontaminasi | Konsentrasi perlu diukur dengan Qubit dan Qubit/Nanopore ≤ 2 |
Jumlah RNA | ≥1,2μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5;tidak ada kontaminasi | Nilai RIN ≥7,5 |
Penilaian Kualitas Data Sampel DNA
Tabel 1. Statistik data bersih.
BMKID | mentahSeqNum | mentahSumBase | bersihkanSeqNum | cleanSumBase | bersihN50Len | bersihN90Len | bersihBerartiLen | bersihkanMaxLen | bersihMeanQual |
DNA_BMK01 | 1.218.239 | 26.37 | 1.121.736 | 25.90 | 28.014 | 15.764 | 23.090 | 143.181 | 9 |
Penilaian Kualitas Data Sampel RNA
Tabel 1. Statistik data bersih.
Nama file | ID Klien | BacaNum | Nomor Dasar | N50 | Panjang Berarti | Panjang maksimal | Skor rata-rata |
RNA_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129.227 | Q12 |
Gambar 1. Distribusi panjang baca
Gambar 2. Distribusi skor kualitas data bersih
Gambar 3. Distribusi panjang dan skor kualitas data bersih