Produk

Urutan DNA/RNA -PacBio Sequencer

Pengurutan DNA/RNA -Gambar Unggulan Pengurut PacBio

Platform pengurutan PacBio adalah platform pengurutan yang telah lama dibaca, yang juga dikenal sebagai salah satu teknologi Pengurutan Generasi Ketiga (TGS).Teknologi inti, single-molekul real-time (SMRT), memberdayakan generasi pembacaan dengan panjang basis puluhan kilo.Berdasarkan “Sequencing-by-Synthesis”, resolusi nukleotida tunggal dicapai dengan Zero-mode waveguide (ZMW), di mana hanya volume terbatas di bagian bawah (tempat sintesis molekul), yang diterangi.Selain itu, pengurutan SMRT sebagian besar menghindari bias spesifik urutan dalam sistem NGS, karena sebagian besar langkah amplifikasi PCR tidak diperlukan dalam proses pembangunan perpustakaan.

Platform: Sekuel II, Revio

Hubungi kami

Detail Layanan

Hasil Demo

Fitur

Dua mode pengurutan pada sequencer PacBio: Continuous Long Read (CLR) dan Circular Consensus Read (CCS)

Mode Urutan

Ukuran Perpustakaan

Data TeoritisHasil (Per Sel)

Basis tunggalKetepatan

Aplikasi

CLR

20Kb, 30Kb, dll.

80 Gb hingga 130 Gb

Kira-kira.85%

Baru-baru ini, panggilan SV, dll.

CCS

15-20 Kb

14 hingga 40 Gb/Sel (Sekuel II)

70 hingga 110 Gb/Sel (Revio)

Tergantung pada sampelnya

Kira-kira.99%

Baru-baru ini, panggilan SNP/Indel/SV, Iso-Seq,

Perbandingan performa dan fitur Revio dan Sekuel II

Ketentuan	Sistem sekuel II	sistem Revio	Meningkatkan
Kepadatan lebih tinggi	8 juta ZMW	25 juta ZMW	3x
Tahapan mandiri	1	4	4x
Waktu pengoperasian lebih singkat	30 jam	24 jam	1,25x
Genom manusia HiFi 30X/tahun	88	1.300	15x secara keseluruhan

Keunggulan Layanan

● Lebih dari 8 tahun pengalaman pada platform pengurutan PacBio dengan ribuan proyek tertutup dengan berbagai spesies.

● Dilengkapi sepenuhnya dengan platform PacBio Sequencing terbaru, Revio untuk menjamin throughput sequencing yang memadai.

● Waktu penyelesaian lebih cepat, hasil data lebih tinggi, dan data lebih akurat.

● Berkontribusi dalam ratusan publikasi berbasis PacBio yang berdampak tinggi.

Persyaratan Sampel

Jenis Sampel

Jumlah

Konsentrasi （Qubit®）

Volume

Kemurnian

Yang lain

DNA genom

Tergantung pada Kebutuhan Data

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1,8-2,5；
Hapus puncak pada 260 nm,tidak ada kontaminasi

Konsentrasi perlu diukur dengan Qubit dan Qubit/Nanopore = 0,8-2,5

Jumlah RNA

≥1,2μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5；tidak ada kontaminasi

Nilai RIN ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Alur Kerja Layanan

Persiapan sampel

Pembangunan perpustakaan

Pengurutan

Analisis data

Pengiriman proyek

Sebelumnya: Produsen OEM Layanan Pengurutan Mrna - Pengurutan non-coding panjang-Illumina – Biomarker

Berikutnya: Iluminasi dan BGI

1. Hasil Data In-house

Data dihasilkan dari 63 sel CCS (dari 26 spesies)

DATA-PacBio-CCS-15 Kb	Rata-rata	Maks	Minimal	median
Hasil - subbaca (Gb)	421.12	544.27	221.38	426.58
Yiled - CCS(Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polimerase N50	145.651	175.430	118.118	144.689
Subbaca N50	17.509	23.924	12.485	17.584
CCS N50	14.490	19.034	9.876	14.747
Panjang rata-rata-Polimerase	67.995	89.379	49.664	66.433
Panjang rata-rata-Subreads	15.866	21.036	11.657	16.012
Panjang rata-rata-CCS	14.489	19.074	8.575	14.655

Data dihasilkan dari 16 sel CLR (dari 76 spesies)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Rata-rata	Maks	Minimal	median
Hasil - subbaca (Gb)	142.20	291.40	50,55	142.49
Polimerase N50	39.456	121.191	15.389	35.231
Subbaca N50	28.490	41.012	14.430	29.063
Panjang rata-rata-Polimerase	22.063	48.886	8.747	21.555
Panjang rata-rata-Subreads	17.720	27.225	8.293	17.779

2.QC Data – DemoStatistik hasil data

Sampel	ccs Dibaca Nomor	Total ccs Basis (bp)	ccs Dibaca N50 (bp)	ccs Rata-rata Panjang (bp)	ccs Bacaan Terpanjang (bp)	subbaca Basis (bp)	tingkat ccs (%)
PB_BMKxxx	3.444.159	54.164.122.586	15.728	15.726	36.110	863.326.330.465	6.27