Analisis Segregant Massal
Keunggulan Layanan
Takagi dkk., Jurnal tumbuhan, 2013
● Lokalisasi yang akurat: Mencampur ikan massal dengan 30+30 hingga 200+200 individu untuk meminimalkan kebisingan di latar belakang;prediksi wilayah kandidat berbasis mutasi non-sinonim.
● Analisis komprehensif: Anotasi fungsi gen kandidat yang mendalam, termasuk NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, dll.
● Waktu penyelesaian lebih cepat: Lokalisasi gen cepat dalam 45 hari kerja.
● Pengalaman yang luas: BMK telah berkontribusi dalam ribuan lokalisasi sifat, mencakup beragam spesies seperti tanaman pangan, hasil perairan, hutan, bunga, buah-buahan, dll.
Spesifikasi Layanan
Populasi:
Memisahkan keturunan dari orang tua yang fenotipenya berlawanan.
misalnya keturunan F2, Backcrossing (BC), galur inbrida rekombinan (RIL)
Kolam pencampuran
Untuk sifat kualitatif: 30 hingga 50 individu (minimal 20)/massal
Untuk tratis kuantitatif: 5% hingga 10% individu teratas dengan salah satu fenotipe ekstrem di seluruh populasi (minimal 30+30).
Kedalaman urutan yang disarankan
Setidaknya 20X/induk dan 1X/keturunan (misalnya untuk kelompok pencampuran keturunan 30+30 individu, kedalaman pengurutan akan menjadi 30X per massal)
Analisis bioinformatika
● Pengurutan ulang seluruh genom
● Pemrosesan data
● Panggilan SNP/Indel
● Penyaringan kandidat wilayah
● Anotasi fungsi gen kandidat
Persyaratan Sampel dan Pengiriman
Persyaratan Sampel:
Nukleotida:
| sampel gDNA | Sampel jaringan |
| Konsentrasi: ≥30 ng/μl | Tanaman: 1-2 gram |
| Jumlah: ≥2 μg (Volume ≥15 μl) | Hewan: 0,5-1 gram |
| Kemurnian: OD260/280= 1,6-2,5 | Darah utuh: 1,5 ml |
Alur Kerja Layanan
Desain percobaan
Pengiriman sampel
Ekstraksi RNA
Pembangunan perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
1. Analisis asosiasi berdasarkan Euclidean Distance (ED) untuk mengidentifikasi calon wilayah.Pada gambar berikut
Sumbu X: Nomor kromosom;Setiap titik mewakili nilai ED dari SNP.Garis Hitam sesuai dengan nilai ED yang dipasang.Nilai ED yang lebih tinggi menunjukkan hubungan yang lebih signifikan antara situs dan fenotipe.Garis putus-putus merah mewakili ambang batas hubungan yang signifikan.
2.Analisis asosiasi berdasarkan tanpa indeks SNP
Sumbu X: Nomor kromosom;Setiap titik mewakili nilai indeks SNP.Garis hitam berarti nilai indeks SNP yang dipasang.Semakin besar nilainya maka semakin signifikan hubungannya.
Kasus BMK
Lokus sifat kuantitatif efek utama Fnl7.1 mengkodekan protein berlimpah embriogenesis akhir yang terkait dengan panjang leher buah pada mentimun
Diterbitkan: Jurnal Bioteknologi Tanaman, 2020
Strategi pengurutan:
Orangtua (Jin5-508, YN): Urutan ulang seluruh genom untuk 34× dan 20×.
Kumpulan DNA (50 Leher Panjang dan 50 Leher Pendek): Pengurutan ulang untuk 61× dan 52×
Hasil utama
Dalam penelitian ini, populasi segregasi (F2 dan F2:3) dihasilkan dari persilangan galur mentimun leher panjang Jin5-508 dan YN leher pendek.Dua kumpulan DNA dibangun oleh 50 individu berleher panjang ekstrem dan 50 individu berleher pendek ekstrem.QTL efek besar diidentifikasi pada Chr07 dengan analisis BSA dan pemetaan QTL tradisional.Wilayah kandidat semakin dipersempit dengan pemetaan halus, kuantifikasi ekspresi gen, dan eksperimen transgenik, yang mengungkap gen kunci dalam mengendalikan panjang leher, CsFnl7.1.Selain itu, polimorfisme di wilayah promotor CsFnl7.1 ditemukan terkait dengan ekspresi yang sesuai.Analisis filogenetik lebih lanjut menunjukkan bahwa lokus Fnl7.1 kemungkinan besar berasal dari India.
 Pemetaan QTL dalam analisis BSA untuk mengidentifikasi kandidat wilayah yang berhubungan dengan panjang leher mentimun |  Profil LOD QTL sepanjang leher mentimun diidentifikasi pada Chr07 |
Xu, X., dkk.“Lokus sifat kuantitatif efek utama Fnl7.1 mengkodekan protein berlimpah embriogenesis akhir yang terkait dengan panjang leher buah pada mentimun.”Jurnal Bioteknologi Tanaman 18.7(2020).
