Urutan Amplikon 16S/18S/ITS-PacBio
Keunggulan Layanan
● Pembacaan panjang mengungkapkan urutan 16S/18S/ITS secara penuh
● Panggilan dasar yang sangat akurat dengan pengurutan mode PacBio CCS
● Resolusi tingkat spesies dalam anotasi OTU/ASV
● Alur analisis QIIME2 terbaru dengan beragam analisis dalam hal database, anotasi, OTU/ASV.
● Berlaku untuk studi komunitas mikroba yang beragam
● BMK memiliki pengalaman luas dengan lebih dari 100.000 sampel/tahun, meliputi tanah, air, gas, lumpur, feses, usus, kulit, kaldu fermentasi, serangga, tumbuhan, dll.
● BMKCloud memfasilitasi interpretasi data yang berisi 45 alat analisis yang dipersonalisasi
Spesifikasi Layanan
| PengurutanPlatform | Perpustakaan | Data yang direkomendasikan | Waktu penyelesaian |
| Sekuel PacBio II | SMRT-bel | Tag 5K/10K/20K | 44 hari kerja |
Analisis bioinformatika
● Kontrol kualitas data mentah
● Pengelompokan OTU/Penghilangan Kebisingan (ASV)
● Anotasi OTU
● Keanekaragaman alfa
● Keanekaragaman beta
● Analisis antar kelompok
● Analisis asosiasi terhadap faktor eksperimen
● Prediksi gen fungsi
Persyaratan Sampel dan Pengiriman
Persyaratan Sampel:
UntukEkstrak DNA:
| Jenis Sampel | Jumlah | Konsentrasi | Kemurnian |
| Ekstrak DNA | ＞ 1 mikrogram | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Untuk sampel lingkungan:
| Jenis sampel | Prosedur pengambilan sampel yang direkomendasikan |
| Tanah | Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Bahan yang tersisa yang layu perlu dihilangkan dari permukaan;Giling potongan besar dan lewati filter 2 mm;Sampel aliquot dalam tabung EP atau cyrotube steril untuk reservasi. |
| Kotoran | Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Kumpulkan dan alikuot sampel dalam tabung EP atau cryotube steril untuk reservasi. |
| Isi usus | Sampel perlu diproses dalam kondisi aseptik.Cuci jaringan yang dikumpulkan dengan PBS;Sentrifugasi PBS dan kumpulkan endapan dalam tabung EP. |
| Lumpur | Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Kumpulkan dan kumpulkan sampel lumpur dalam tabung EP atau cryotube steril untuk reservasi |
| badan air | Untuk sampel dengan jumlah mikroba terbatas, seperti air keran, air sumur, dll., Kumpulkan setidaknya 1 L air dan lewati filter 0,22 μm untuk memperkaya mikroba pada membran.Simpan membran dalam tabung steril. |
| Kulit | Kikis permukaan kulit dengan hati-hati menggunakan kapas steril atau pisau bedah dan masukkan ke dalam tabung steril. |
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Bekukan sampel dalam nitrogen cair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cair atau -80 derajat untuk reservasi jangka panjang.Diperlukan pengiriman sampel dengan es kering.
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Pembangunan perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
1.Tingkat anotasi pembuatan profil komunitas mikroba berbasis V3+V4(Illumina) vs. pembuatan profil berbasis durasi penuh (PacBio).
(Data dari 30 proyek yang dipilih secara acak diterapkan untuk statistik)
2. Tingkat anotasi pengurutan amplikon panjang penuh pada tingkat spesies dalam jenis sampel yang berbeda
3. Distribusi spesies
4.Pohon filogenetik
Kasus BMK
Paparan arsenik menginduksi kerusakan penghalang usus dan akibatnya aktivasi poros usus-hati yang menyebabkan peradangan dan piroptosis hati pada bebek
Diterbitkan:Ilmu Lingkungan Total,2021
Strategi pengurutan:
Sampel: Kontrol vs kelompok yang terpapar ATO 8 mg/kg
Hasil data pengurutan: total 102.583 rangkaian CCS mentah
Pengendalian: 54.518 ± 747 CCS efektif
Terkena ATO : 45.050 ± 1675 CCS efektif
Hasil utama
Keanekaragaman alfa:Paparan ATO secara signifikan mengubah kekayaan dan keanekaragaman mikroba usus pada bebek.
Analisis metastasis:
Pada tingkat filum: 2 filum bakteri hanya terdeteksi pada kelompok kontrol
Pada tingkat genus: ditemukan 6 genera yang berbeda nyata dalam kelimpahan relatifnya
Pada tingkat spesies: total 36 spesies teridentifikasi, dengan 6 di antaranya berbeda nyata dalam kelimpahan relatifnya
Referensi
Thingholm, LB, dkk.“Orang yang mengalami obesitas dengan dan tanpa Diabetes Tipe 2 Menunjukkan Kapasitas dan Komposisi Fungsi dan Komposisi Mikroba Usus yang Berbeda.”Host Sel & Mikroba26.2(2019).
