Produk

10x Transkriptome Spasial Visium Genomik

10x Gambar Unggulan Transkriptome Spasial Visium Genomics

Transkriptomik spasial adalah teknologi mutakhir yang memungkinkan peneliti menyelidiki pola ekspresi gen dalam jaringan sambil menjaga konteks spasialnya.Salah satu platform kuat dalam domain ini adalah 10x Genomics Visium ditambah dengan pengurutan Illumina.Prinsip Visium 10X terletak pada chip khusus dengan area penangkapan khusus di mana bagian jaringan ditempatkan.Area pengambilan ini berisi titik-titik yang diberi kode batang, masing-masing sesuai dengan lokasi spasial unik di dalam jaringan.Molekul RNA yang ditangkap dari jaringan kemudian diberi label dengan pengidentifikasi molekul unik (UMI) selama proses transkripsi terbalik.Bintik-bintik dan UMI yang diberi kode batang ini memungkinkan pemetaan spasial yang tepat dan kuantifikasi ekspresi gen pada resolusi sel tunggal.Kombinasi sampel dengan barcode spasial dan UMI memastikan keakuratan dan spesifisitas data yang dihasilkan.Dengan menggunakan teknologi Transkriptomik Spasial ini, para peneliti dapat memperoleh pemahaman yang lebih mendalam tentang organisasi spasial sel dan interaksi molekuler kompleks yang terjadi di dalam jaringan, sehingga menawarkan wawasan berharga mengenai mekanisme yang mendasari proses biologis di berbagai bidang, termasuk onkologi, ilmu saraf, biologi perkembangan, dan imunologi. , dan studi botani.

Platform: 10X Genomics Visium dan Illumina NovaSeq

FOB Harga:US$0,5 - 9.999 / Potong

Jumlah Pesanan Minimum:100 Potongan/potongan

Kemampuan Pasokan:10000 Potongan/potongan per Bulan

Hubungi kami

Detail Layanan

Bioinformatika

Hasil Demo

Publikasi unggulan

Fitur

● Resolusi: 100 µM

● Diameter Titik: 55 µM

● Jumlah tempat: 4992

● Area pengambilan: 6,5 x 6,5 mm

● Setiap titik yang diberi kode batang diisi dengan primer yang terdiri dari 4 bagian:

- ekor poli(dT) untuk priming mRNA dan sintesis cDNA

- Unique Molecular Identifier (UMI) untuk mengoreksi bias amplifikasi

- Kode batang spasial

- Urutan pengikatan primer sekuensing baca 1 parsial

● Pewarnaan bagian dengan H&E

Keuntungan

●Layanan satu atap: mengintegrasikan semua langkah berbasis pengalaman dan keterampilan, termasuk cryo-sectioning, pewarnaan, optimasi jaringan, barcode spasial, persiapan perpustakaan, pengurutan dan bioinformatika.

● Tim teknis yang sangat terampil: dengan pengalaman di lebih dari 250 jenis jaringan dan 100+ spesies termasuk manusia, tikus, mamalia, ikan, dan tumbuhan.

●Pembaruan waktu nyata pada keseluruhan proyek: dengan kontrol penuh atas kemajuan eksperimen.

●Bioinformatika standar yang komprehensif:paket mencakup 29 analisis dan 100+ angka berkualitas tinggi.

●Analisis dan visualisasi data yang disesuaikan: tersedia untuk permintaan penelitian yang berbeda.

●Analisis gabungan opsional dengan sekuensing mRNA sel tunggal

Spesifikasi

Persyaratan Sampel

Perpustakaan

Strategi pengurutan

Data direkomendasikan

Kontrol kualitas

Sampel cryo yang tertanam di OCT, sampel FFPE

(Diameter optimal: kira-kira 6x6x6 mm3)

3 blok per sampel

Perpustakaan cDNA Visium 10X

Menerangi PE150

50K PE dibaca per tempat

( 60Gb )

RIN>7

Untuk rincian lebih lanjut tentang panduan persiapan sampel dan alur kerja layanan, silakan berbicara dengan aPakar BMKGENE

Alur Kerja Layanan

Pada tahap persiapan sampel, percobaan ekstraksi RNA massal awal dilakukan untuk memastikan RNA berkualitas tinggi dapat diperoleh.Pada tahap optimasi jaringan, bagian-bagian tersebut diwarnai dan divisualisasikan dan kondisi permeabilisasi untuk pelepasan mRNA dari jaringan dioptimalkan.Protokol yang dioptimalkan kemudian diterapkan selama pembangunan perpustakaan, diikuti dengan pengurutan dan analisis data.

Alur kerja layanan yang lengkap melibatkan pembaruan waktu nyata dan konfirmasi klien untuk mempertahankan umpan balik yang responsif, memastikan kelancaran pelaksanaan proyek.

Sebelumnya: Sequencing mRNA Panjang Penuh-Nanopore

Berikutnya: Transkriptome Spasial BMKMANU S1000

Termasuk analisis berikut:

Kontrol Kualitas Data:

o Keluaran data dan distribusi skor kualitas

o Deteksi gen per titik

o Cakupan jaringan

Analisis sampel dalam:

o Kekayaan gen

o Pengelompokan titik, termasuk analisis dimensi yang dikurangi

o Analisis ekspresi diferensial antar cluster: identifikasi gen penanda

o Anotasi fungsional dan pengayaan gen penanda

Analisis antar kelompok

o Penggabungan kembali titik-titik dari kedua sampel (misal: penyakit dan kontrol) dan pengelompokan ulang

o Identifikasi gen penanda untuk setiap cluster

o Anotasi fungsional dan pengayaan gen penanda

o Ekspresi Diferensial cluster yang sama antar kelompok

Analisis Sampel Dalam

Pengelompokan titik

10x (10)

Identifikasi gen penanda dan distribusi spasial

10x (12)

Analisis Antar Kelompok

Kombinasi data dari kedua kelompok dan re-cluster

Gen penanda cluster baru

Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan transkriptomik spasial BMKGene melalui 10X Visium Dalam publikasi unggulan berikut:

Chen, D.dkk.(2023) 'mthl1, homolog Drosophila potensial dari GPCR adhesi mamalia, terlibat dalam reaksi antitumor terhadap sel onkogenik yang disuntikkan pada lalat', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), hal.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120

Chen, Y. dkk.(2023) 'STEEL memungkinkan penggambaran data transkriptomik spatiotemporal resolusi tinggi', Briefings in Bioinformatics, 24(2), hlm.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.

Liu, C. dkk.(2022) 'Atlas organogenesis spatiotemporal dalam perkembangan bunga anggrek', Penelitian Asam Nukleat, 50(17), hlm.9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.

Wang, J. dkk.(2023) 'Mengintegrasikan Transkriptomik Spasial dan Pengurutan RNA Inti Tunggal Mengungkap Potensi Strategi Terapi untuk Leiomioma Uterus', International Journal of Biological Sciences, 19(8), hlm.2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.