Ամբողջ տրանսկրիպտոմի հաջորդականություն – Illumina
Հատկություններ
● Կրկնակի գրադարան՝ ամբողջական տրանսկրիպտոմը հաջորդականացնելու համար. rRNA-ի սպառում, որին հաջորդում է PE150 գրադարանի պատրաստումը և չափի ընտրությունը, որին հաջորդում է SE50 գրադարանի պատրաստումը
● mRNA-ի, lncRNA-ի, circRNA-ի և miRNA-ի ամբողջական կենսաինֆորմատիկական վերլուծություն առանձին կենսաինֆորմատիկայի զեկույցներում
● ՌՆԹ-ի ամբողջ արտահայտման համատեղ վերլուծություն համակցված զեկույցում, ներառյալ ceRNA ցանցերի վերլուծությունը:
Ծառայության առավելությունները
●Կարգավորող ցանցերի խորը վերլուծությունceRNA ցանցի վերլուծությունը միացված է mRNA-ի, lncRNA-ի, circRNA-ի և miRNA-ի համատեղ հաջորդականացման և սպառիչ կենսաինֆորմատիկական աշխատանքի միջոցով:
●Համապարփակ ծանոթագրությունՄենք օգտագործում ենք բազմաթիվ տվյալների շտեմարաններ՝ դիֆերենցիալ արտահայտված գեները (DEGs) ֆունկցիոնալ կերպով ծանոթագրելու և համապատասխան հարստացման վերլուծություն կատարելու համար՝ տրամադրելով պատկերացումներ տրանսկրիպտոմի պատասխանի հիմքում ընկած բջջային և մոլեկուլային գործընթացների վերաբերյալ:
●Ընդարձակ փորձաքննությունՏարբեր հետազոտական տիրույթում ավելի քան 2000 ամբողջական տրանսկրիպտոմային նախագծեր հաջողությամբ փակելու փորձառությամբ՝ մեր թիմը հարուստ փորձ է բերում յուրաքանչյուր նախագծին:
●Որակի խիստ հսկողությունՄենք իրականացնում ենք հիմնական վերահսկման կետերը բոլոր փուլերում՝ նմուշների և գրադարանների պատրաստումից մինչև հաջորդականություն և կենսաինֆորմատիկա:Այս մանրակրկիտ մոնիտորինգը ապահովում է հետևողականորեն բարձրորակ արդյունքների ապահովում:
● Համապարփակ ծանոթագրությունՄենք օգտագործում ենք բազմաթիվ տվյալների շտեմարաններ՝ դիֆերենցիալ արտահայտված գեները (DEGs) ֆունկցիոնալ կերպով ծանոթագրելու և համապատասխան հարստացման վերլուծություն կատարելու համար՝ տրամադրելով պատկերացումներ տրանսկրիպտոմի պատասխանի հիմքում ընկած բջջային և մոլեկուլային գործընթացների վերաբերյալ:
●Վաճառքից հետո աջակցությունՄեր պարտավորությունը տարածվում է ծրագրի ավարտից դուրս՝ վաճառքից հետո սպասարկման 3 ամիս ժամկետով:Այս ընթացքում մենք առաջարկում ենք ծրագրի հետևում, անսարքությունների վերացման օգնություն և հարցուպատասխանի նիստեր՝ արդյունքների հետ կապված ցանկացած հարցում լուծելու համար։
Նմուշի պահանջներ և առաքում
| Գրադարան | Հերթականության ռազմավարություն | Առաջարկվող տվյալներ | Որակի հսկողություն |
| rRNA-ն սպառված է | Illumina PE150 | 16 Գբ | Q30≥85% |
| Ընտրված է չափը | Illumina SE50 | 10-20M ընթերցում |
Նմուշի պահանջներ.
Նուկլեոտիդներ:
| խտ. (նգ/մլ) | Գումարը (մկգ) | Մաքրություն | Անարատություն |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Գելի վրա ցուցադրված է սպիտակուցի կամ ԴՆԹ-ի սահմանափակ կամ ոչ աղտոտվածություն: | Բույսեր՝ RIN≥6.5 Կենդանի՝ RIN≥7.0 5.0≥28S/18S≥1.0; սահմանափակ կամ առանց բազային բարձրության |
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Բեռնարկղ:
2 մլ ցենտրիֆուգային խողովակ (անագե փայլաթիթեղը խորհուրդ չի տրվում)
Նմուշի պիտակավորում. Խումբ+կրկնօրինակ, օրինակ՝ A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Բարձում:
1. Չոր սառույց. նմուշները պետք է փաթեթավորվեն տոպրակների մեջ և թաղվեն չոր սառույցի մեջ:
2.ՌՆԹ կայուն խողովակներ. ՌՆԹ-ի նմուշները կարելի է չորացնել ՌՆԹ կայունացնող խողովակում (օրինակ՝ RNAstable®) և ուղարկել սենյակային ջերմաստիճանում:
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Փորձի ձևավորում
Նմուշի առաքում
ՌՆԹ արդյունահանում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
Կենսաինֆորմատիկա
ՌՆԹ-ի արտահայտման ակնարկ
Դիֆերենցիալ արտահայտված գեներ
ceRNA վերլուծություն
Դիֆերենցիալ արտահայտված miRNA-ներ և հարակից ՌՆԹ-ներ
Բացահայտեք BMKGene-ի ամբողջ տրանսկրիպտոմային հաջորդականության ծառայությունների կողմից իրականացվող հետազոտական առաջընթացները՝ հրապարակումների համադրված հավաքածուի միջոցով:
Dai, Y. et al.(2022) «mRNAs, lncRNAs և miRNAs-ի համապարփակ արտահայտչական պրոֆիլները Կաշին-Բեկ հիվանդության մեջ, որոնք բացահայտված են ՌՆԹ-ի հաջորդականությամբ», Molecular Omics, 18(2), էջ 154–166:doi՝ 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al.(2022) «Apis cerana-ի ցրտին դիմադրության ամբողջական երկարությամբ տրանսկրիպտոմների վերլուծություն Չանգբայ լեռան վրա ձմեռման ժամանակաշրջանում», Gene, 830, էջ 146503–146503:doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al.(2022) «Մուլտի-օմիկական ինտեգրման վրա հիմնված առաջնահերթություն մրցակցող էնդոգեն ՌՆԹ-ի կարգավորման ցանցերի փոքր բջջային թոքերի քաղցկեղում. մոլեկուլային բնութագրեր և դեղերի թեկնածուներ», Սահմաններ ուռուցքաբանության մեջ, 12, էջ.904865. doi՝ 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX:
Xu, P. et al.(2022) «lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA արտահայտման պրոֆիլների ինտեգրված վերլուծությունը բացահայտում է նոր պատկերացումներ պոտենցիալ մեխանիզմների վերաբերյալ՝ ի պատասխան գետնանուշի արմատային հանգույցների նեմատոդների», BMC Genomics, 23(1), էջ 1–12:doi՝ 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al.(2022) «Ամբողջ տրանսկրիպտոմային ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը ընդգծում է մոլեկուլային մեխանիզմները, որոնք կապված են բրոկկոլիում հետբերքահավաքի որակի պահպանման հետ կարմիր LED ճառագայթման միջոցով», Postharvest Biology and Technology, 188, p.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
