-
Միակ միջուկային ՌՆԹ-ի հաջորդականություն
Մեկ բջիջների գրավման և անհատական գրադարանների կառուցման տեխնիկայի առաջընթացը, որը զուգորդվում է բարձր թողունակությամբ հաջորդականության հետ, թույլ է տալիս գեների արտահայտման ուսումնասիրություններ բջիջ առ բջիջ:Այն թույլ է տալիս ավելի խորը և ամբողջական համակարգային վերլուծություն կատարել բարդ բջիջների պոպուլյացիաների վրա, որոնցում հիմնականում խուսափում է դրանց տարասեռությունը քողարկելուց՝ հաշվի առնելով բոլոր բջիջների միջինը:
Այնուամենայնիվ, որոշ բջիջներ հարմար չեն միաբջջային կասեցման պատրաստման համար, ուստի անհրաժեշտ են նմուշի պատրաստման այլ մեթոդներ՝ միջուկի արդյունահանումը հյուսվածքներից, այսինքն՝ միջուկը ուղղակիորեն հանվում է հյուսվածքներից կամ բջջից և պատրաստվում է մեկ միջուկային կասեցման՝ մեկ-միջուկի համար: բջիջների հաջորդականություն.
BMK-ն տրամադրում է 10× Genomics ChromiumTM-ի վրա հիմնված միաբջիջ ՌՆԹ-ի հաջորդականացման ծառայություն:Այս ծառայությունը լայնորեն օգտագործվել է հիվանդությունների հետ կապված հետազոտությունների համար, ինչպիսիք են իմունային բջիջների տարբերակումը, ուռուցքի տարասեռությունը, հյուսվածքների զարգացումը և այլն:
Տարածական տրանսկրիպտոմային չիպ՝ 10× Genomics
Պլատֆորմ՝ Illumina NovaSeq հարթակ
-
Բույսերի/կենդանիների ամբողջ գենոմի հաջորդականությունը
Ամբողջ գենոմի վերահերթականավորումը, որը նաև հայտնի է որպես WGS, հնարավորություն է տալիս բացահայտել ինչպես ընդհանուր, այնպես էլ հազվագյուտ մուտացիաները ողջ գենոմում, ներառյալ մեկ նուկլեոտիդային պոլիմորֆիզմը (SNP), ներդրման ջնջումը (InDel), կառուցվածքի փոփոխությունը (SV) և պատճենի թվի փոփոխությունը (CNV): ).SV-ները կազմում են փոփոխական բազայի ավելի մեծ մասը, քան SNP-ները և ավելի մեծ ազդեցություն ունեն գենոմի վրա, ինչը զգալի ազդեցություն ունի կենդանի օրգանիզմների վրա:Երկար ընթերցված հաջորդականությունը թույլ է տալիս ավելի ճշգրիտ նույնականացնել մեծ բեկորները և բարդ տատանումները, քանի որ երկար ընթերցումները շատ ավելի հեշտ են դարձնում քրոմոսոմային հատումը բարդ շրջաններով, ինչպիսիք են տանդեմ կրկնությունները, GC/AT հարուստ շրջանները և հիպեր-փոփոխական շրջանները:
Պլատֆորմ՝ Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Տարածական տրանսկրիպտոմ
Տարածական տրանսկրիպտոմիկան կանգնած է գիտական նորարարության առաջնագծում, որը հնարավորություն է տալիս հետազոտողներին խորանալ հյուսվածքների ներսում գեների արտահայտման բարդ ձևերի մեջ՝ պահպանելով դրանց տարածական համատեքստը:Տարբեր հարթակների միջով BMKGene-ը մշակել է BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip-ը՝ պարծենալովուժեղացված լուծում5 մկմ, հասնելով ենթաբջջային տիրույթին և հնարավորություն տալովբազմամակարդակ լուծման կարգավորումներ.S1000 չիպը, որն ունի մոտավորապես 2 միլիոն բծեր, օգտագործում է միկրոհորեր, որոնք շերտավորված են ուլունքներով, որոնք բեռնված են տարածականորեն շտրիխ կոդավորված գրավման զոնդերով:CDNA գրադարանը, որը հարստացված է տարածական շտրիխ կոդերով, պատրաստվում է S1000 չիպից և այնուհետև հաջորդականացվում Illumina NovaSeq հարթակում:Տարածական շտրիխ կոդավորված նմուշների և UMI-ների համադրությունն ապահովում է ստեղծվող տվյալների ճշգրտությունն ու առանձնահատկությունը:BMKManu S1000 չիպի եզակի հատկանիշը կայանում է նրանում, որ դրա բազմակողմանիությունը, առաջարկելով բազմաստիճան լուծաչափի կարգավորումներ, որոնք կարող են մանրակրկիտ կարգավորվել տարբեր հյուսվածքների և մանրամասների մակարդակի վրա:Այս հարմարվողականությունը դիրքավորում է չիպը որպես տարբեր տարածական տրանսկրիպտոմիկայի ուսումնասիրությունների ակնառու ընտրություն՝ ապահովելով ճշգրիտ տարածական կլաստերավորում նվազագույն աղմուկով:
Օգտագործելով BMKManu S1000 չիպը և տարածական տրանսկրիպտոմիկայի այլ տեխնոլոգիաները՝ հետազոտողները կարող են ավելի լավ պատկերացում կազմել բջիջների տարածական կազմակերպման և հյուսվածքների ներսում տեղի ունեցող բարդ մոլեկուլային փոխազդեցությունների մասին՝ տալով անգնահատելի պատկերացումներ կենսաբանական գործընթացների հիմքում ընկած մեխանիզմների վերաբերյալ մի շարք ոլորտներում, այդ թվում՝ ուռուցքաբանություն, նյարդաբանություն, զարգացման կենսաբանություն, իմունոլոգիա և բուսաբանական հետազոտություններ։
Պլատֆորմ՝ BMKManu S1000 չիպ և Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Տարածական տրանսկրիպտոմիկան նորագույն տեխնոլոգիա է, որը թույլ է տալիս հետազոտողներին ուսումնասիրել գեների արտահայտման ձևերը հյուսվածքներում՝ պահպանելով դրանց տարածական համատեքստը:Այս տիրույթում հզոր հարթակներից մեկը 10x Genomics Visium-ն է՝ զուգորդված Illumina հաջորդականությամբ:10X Visium-ի սկզբունքը ընկած է մասնագիտացված չիպի վրա՝ հատուկ գրավման տարածքով, որտեղ տեղադրվում են հյուսվածքների հատվածները:Այս գրավման տարածքը պարունակում է շտրիխ կոդավորված բծեր, որոնցից յուրաքանչյուրը համապատասխանում է հյուսվածքի ներսում եզակի տարածական դիրքին:Հյուսվածքից գրավված ՌՆԹ մոլեկուլները այնուհետև պիտակավորվում են եզակի մոլեկուլային նույնացուցիչներով (UMIs) հակադարձ տառադարձման գործընթացում:Այս շտրիխ կոդավորված բծերը և UMI-ները հնարավորություն են տալիս ճշգրիտ տարածական քարտեզագրում և գեների արտահայտման քանակականացում մեկ բջջի լուծաչափով:Տարածական շտրիխ կոդավորված նմուշների և UMI-ների համադրությունն ապահովում է ստեղծվող տվյալների ճշգրտությունն ու առանձնահատկությունը:Օգտագործելով այս Spatial Transcriptomics տեխնոլոգիան՝ հետազոտողները կարող են ավելի խորը պատկերացում կազմել բջիջների տարածական կազմակերպման և հյուսվածքների ներսում տեղի ունեցող բարդ մոլեկուլային փոխազդեցությունների մասին՝ առաջարկելով անգնահատելի պատկերացումներ բազմաթիվ ոլորտներում կենսաբանական գործընթացների հիմքում ընկած մեխանիզմների մասին՝ ներառյալ ուռուցքաբանությունը, նյարդաբանությունը, զարգացման կենսաբանությունը, իմունոլոգիան: , և բուսաբանական ուսումնասիրություններ։
Պլատֆորմ՝ 10X Genomics Visium և Illumina NovaSeq
-
Ամբողջ երկարությամբ mRNA հաջորդականություն-Նանոպոր
Թեև NGS-ի վրա հիմնված mRNA հաջորդականությունը ծառայում է որպես գեների արտահայտման քանակականացման բազմակողմանի գործիք, դրա կախվածությունը կարճ ընթերցումների վրա սահմանափակում է դրա արդյունավետությունը բարդ տրանսկրիպտոմիկ անալիզներում:Մյուս կողմից, նանոպորների հաջորդականությունը օգտագործում է երկար կարդացվող տեխնոլոգիա՝ հնարավորություն տալով ամբողջական երկարությամբ mRNA տառադարձումների հաջորդականությունը:Այս մոտեցումը նպաստում է այլընտրանքային զուգավորման, գեների միաձուլման, պոլիադենիլացման և mRNA իզոֆորմների քանակականացմանը:
Նանոպորների հաջորդականությունը հիմնված է նանոպորով մեկ մոլեկուլ իրական ժամանակի էլեկտրական ազդանշանների վրա:Ղեկավարվելով շարժիչային սպիտակուցներով՝ երկշղթա ԴՆԹ-ն կապվում է կենսաթաղանթի մեջ ներկառուցված նանոպորային սպիտակուցների հետ՝ լարման տարբերության տակ անցնելիս նանոպորային միջանցքով անցնելիս:ԴՆԹ-ի շղթայի տարբեր հիմքերի կողմից գեներացված տարբերակիչ էլեկտրական ազդանշանները հայտնաբերվում և դասակարգվում են իրական ժամանակում՝ հեշտացնելով նուկլեոտիդների ճշգրիտ և շարունակական հաջորդականությունը:Այս նորարարական մոտեցումը հաղթահարում է կարճ ընթերցման սահմանափակումները և ապահովում է դինամիկ հարթակ բարդ գենոմային վերլուծության համար, ներառում է բարդ տրանսկրիպտոմիական ուսումնասիրություններ:
Պլատֆորմ՝ Nanopore Promethion P48
-
Ամբողջ երկարությամբ mRNA հաջորդականություն - PacBio
Թեև NGS-ի վրա հիմնված mRNA-ի հաջորդականությունը բազմակողմանի գործիք է գեների արտահայտման քանակականացման համար, դրա կախվածությունը կարճ ընթերցումների վրա սահմանափակում է դրա օգտագործումը բարդ տրանսկրիպտոմիկ վերլուծություններում:Մյուս կողմից, PacBio հաջորդականացումը (Iso-Seq) օգտագործում է երկար կարդացվող տեխնոլոգիա՝ հնարավորություն տալով ամբողջական երկարությամբ mRNA տառադարձումների հաջորդականությունը:Այս մոտեցումը հեշտացնում է այլընտրանքային զուգավորման, գեների միաձուլման և պոլիադենիլացման համապարփակ ուսումնասիրությունը, թեև դա գեների արտահայտման քանակականացման համար առաջնային ընտրություն չէ՝ պահանջվող տվյալների մեծ քանակի պատճառով:
PacBio հաջորդականության տեխնոլոգիան հենվում է մեկ մոլեկուլային, իրական ժամանակի (SMRT) հաջորդականության վրա, ինչը հստակ առավելություն է տալիս ամբողջական երկարությամբ mRNA տառադարձումները գրավելու համար:Այս նորարարական մոտեցումը ներառում է զրոյական ռեժիմի ալիքատարների (ZMWs) օգտագործումը՝ միկրոֆաբրիկացված հորեր, որոնք հնարավորություն են տալիս իրական ժամանակում դիտարկել ԴՆԹ պոլիմերազի ակտիվությունը հաջորդականության ընթացքում:Այս ZMW-ներում PacBio-ի ԴՆԹ պոլիմերազը սինթեզում է ԴՆԹ-ի լրացուցիչ շղթա՝ առաջացնելով երկար ընթերցումներ, որոնք ընդգրկում են mRNA տառադարձումների ամբողջությունը:PacBio-ի աշխատանքը Circular Consensus sequencing (CCS) ռեժիմում բարձրացնում է ճշգրտությունը՝ միևնույն մոլեկուլը բազմիցս հաջորդականացնելով:Ստեղծված HiFi ընթերցումները ունեն NGS-ի հետ համեմատելի ճշգրտություն, ինչը հետագայում նպաստում է բարդ տրանսկրիպտոմիական հատկանիշների համապարփակ և հուսալի վերլուծությանը:Պլատֆորմ՝ PacBio Sequel II
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
mRNA հաջորդականությունը թույլ է տալիս բջիջների ներսում բոլոր mRNA տառադարձումների համապարփակ պրոֆիլավորումը հատուկ պայմաններում:Այս գերժամանակակից տեխնոլոգիան ծառայում է որպես հզոր գործիք՝ բացահայտելով գեների արտահայտման բարդ պրոֆիլներ, գենային կառուցվածքներ և մոլեկուլային մեխանիզմներ՝ կապված տարբեր կենսաբանական գործընթացների հետ:Լայնորեն ընդունված հիմնարար հետազոտությունների, կլինիկական ախտորոշման և դեղերի մշակման մեջ՝ mRNA հաջորդականությունը տալիս է պատկերացումներ բջջային դինամիկայի և գենետիկական կարգավորման բարդությունների վերաբերյալ:
Հարթակ՝ Illumina NovaSeq X
-
Ոչ հղման վրա հիմնված mRNA Sequencing-Illumina
mRNA հաջորդականությունը թույլ է տալիս բջիջների ներսում բոլոր mRNA տառադարձումների համապարփակ պրոֆիլավորումը հատուկ պայմաններում:Այս գերժամանակակից տեխնոլոգիան ծառայում է որպես հզոր գործիք՝ բացահայտելով գեների արտահայտման բարդ պրոֆիլներ, գենային կառուցվածքներ և մոլեկուլային մեխանիզմներ՝ կապված տարբեր կենսաբանական գործընթացների հետ:Լայնորեն ընդունված հիմնարար հետազոտությունների, կլինիկական ախտորոշման և դեղերի մշակման մեջ՝ mRNA հաջորդականությունը տալիս է պատկերացումներ բջջային դինամիկայի և գենետիկական կարգավորման բարդությունների վերաբերյալ:
Հարթակ՝ Illumina NovaSeq X
-
Երկար չկոդավորող հաջորդականություն-Illumina
Երկար չկոդավորող ՌՆԹ-ները (lncRNAs) 200 նուկլեոտիդից ավելի երկար ՌՆԹ-ներ են, որոնք ունեն նվազագույն կոդավորման ներուժ և առանցքային տարրեր են ոչ կոդավորող ՌՆԹ-ում:Միջուկում և ցիտոպլազմայում հայտնաբերված այս ՌՆԹ-ները վճռորոշ դեր են խաղում էպիգենետիկ, տրանսկրիպցիոն և հետտրանսկրիպցիոն կարգավորման մեջ՝ ընդգծելով դրանց նշանակությունը բջջային և մոլեկուլային գործընթացների ձևավորման գործում:LncRNA հաջորդականությունը հզոր գործիք է բջիջների տարբերակման, օնտոգենեզի և մարդու հիվանդությունների համար:
Հարթակ՝ Illumina NovaSeq
-
Փոքր ՌՆԹ-ի հաջորդականություն-Illumina
Փոքր ՌՆԹ (sRNA) մոլեկուլները, սովորաբար 200 նուկլեոտիդների երկարությամբ, ներառում են միկրոՌՆԹ-ներ (miRNAs), փոքր միջամտող ՌՆԹ-ներ (siRNAs) և piwi-փոխազդող ՌՆԹ-ներ (piRNAs):Դրանցից 20-24 նուկլեոտիդների երկարությամբ miRNA-ները հատկապես ուշագրավ են տարբեր բջջային գործընթացներում իրենց առանցքային կարգավորիչ դերերով:Հյուսվածքային և փուլային արտահայտման ձևերով, miRNA-ները բարձր պահպանվածություն են ցուցաբերում տարբեր տեսակների մեջ:
Հարթակ՝ Illumina NovaSeq
-
circRNA sequencing-Illumina
Շրջանաձև ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը (circRNA-seq) շրջանաձև ՌՆԹ-ների պրոֆիլավորումն ու վերլուծությունն է, ՌՆԹ մոլեկուլների դաս, որոնք փակ օղակներ են կազմում ոչ կանոնական զուգավորման իրադարձությունների պատճառով՝ ապահովելով այդ ՌՆԹ-ի կայունությունը:Թեև որոշ circRNA-ներ գործում են որպես միկրոՌՆԹ-ի սպունգներ՝ անջատելով միկրոՌՆԹ-ները և թույլ չեն տալիս նրանց կարգավորել իրենց թիրախային mRNA-ները, մյուս circRNA-ները կարող են փոխազդել սպիտակուցների հետ, փոփոխել գեների արտահայտությունը կամ դեր ունենալ բջջային գործընթացներում:circRNA արտահայտման վերլուծությունը հնարավորություն է տալիս պատկերացում կազմել այս մոլեկուլների կարգավորիչ դերերի և դրանց նշանակության մասին տարբեր բջջային գործընթացներում, զարգացման փուլերում և հիվանդության պայմաններում՝ նպաստելով գեների արտահայտման համատեքստում ՌՆԹ կարգավորման բարդության ավելի խորը ըմբռնմանը:
-
Ամբողջ տրանսկրիպտոմի հաջորդականություն – Illumina
Ամբողջ տրանսկրիպտոմային հաջորդականությունը առաջարկում է համապարփակ մոտեցում ՌՆԹ-ի տարբեր մոլեկուլների պրոֆիլավորման համար՝ ընդգրկելով և՛ կոդավորող (mRNA) և՛ ոչ կոդավորող ՌՆԹ-ներ (lncRNA, circRNA և miRNA):Այս տեխնիկան ֆիքսում է կոնկրետ բջիջների ամբողջական տրանսկրիպտոմը տվյալ պահին, ինչը թույլ է տալիս ամբողջական պատկերացում կազմել բջջային գործընթացների մասին:Նաև հայտնի է որպես «ընդհանուր ՌՆԹ-ի հաջորդականություն», այն նպատակ ունի բացահայտել բարդ կարգավորիչ ցանցերը տրանսկրիպտոմի մակարդակում՝ թույլ տալով խորը վերլուծություն, ինչպիսիք են մրցակցող էնդոգեն ՌՆԹ-ն (ceRNA) և համատեղ ՌՆԹ վերլուծությունը:Սա նախանշում է ֆունկցիոնալ բնութագրման սկզբնական քայլը, մասնավորապես, կարգավորիչ ցանցերի բացահայտման գործում, որոնք ներառում են circRNA-miRNA-mRNA վրա հիմնված ceRNA փոխազդեցությունները:
