-
PacBio- Ամբողջական 16S/18S/ITS ամպլիկոնի հաջորդականություն
Amplicon (16S/18S/ITS) հարթակը մշակված է մանրէների բազմազանության նախագծի վերլուծության տարիների փորձով, որը պարունակում է ստանդարտացված հիմնական վերլուծություն և անհատականացված վերլուծություն. և վերլուծության արդյունքները ներկայացվում են ծրագրի հաշվետվությունների տեսքով.Անհատականացված վերլուծության բովանդակությունը բազմազան է:Նմուշները կարող են ընտրվել, և պարամետրերը կարող են ճկուն սահմանվել՝ համաձայն հիմնական վերլուծության զեկույցի և հետազոտության նպատակի՝ անհատականացված պահանջներն իրականացնելու համար:Windows օպերացիոն համակարգ՝ պարզ և արագ:
-
PacBio- Ամբողջական տրանսկրիպտոմ (ոչ հղում)
Որպես մուտքագրում ընդունելով Pacific Biosciences (PacBio) իզոֆորմային հաջորդականության տվյալները՝ այս հավելվածը կարող է նույնականացնել ամբողջական տառադարձության հաջորդականությունները (առանց հավաքման):Հղման գենոմի հետ ամբողջ երկարությամբ հաջորդականությունները քարտեզագրելով՝ տառադարձումները կարող են օպտիմիզացվել հայտնի գեների, տառադարձումների, կոդավորման շրջանների և այլնի միջոցով:NGS տրանսկրիպտոմի հաջորդականության տվյալների հետ համատեղ վերլուծությունը հնարավորություն է տալիս ավելի համապարփակ անոտացիա և ավելի ճշգրիտ քանակականացում արտագրման մակարդակում, ինչը մեծապես օգուտ է տալիս ներքևի դիֆերենցիալ արտահայտմանը և ֆունկցիոնալ վերլուծությանը:
-
Գործիքներ
BMKCloud-ը առաջատար բիոինֆորմատիկ հարթակ է, որը տրամադրում է միանվագ լուծում գենոմային ծրագրերի համար, որին լայնորեն վստահում են հետազոտողները տարբեր ասպարեզներում, այդ թվում՝ բժշկական, գյուղատնտեսական, բնապահպանական և այլն: , հաշվողական ռեսուրսներ, հանրային տվյալների բազա, բիոինֆորմատիկ առցանց դասընթացներ և այլն: BMKCloud-ն ունի տարբեր հաճախակի օգտագործվող բիոինֆորմատիկ գործիքներ՝ ներառյալ գեների անոտացիա, էվոլյուցիոն գենետիկ գործիքներ, ncRNA, տվյալների որակի վերահսկում, հավաքում, հավասարեցում, տվյալների արդյունահանում, մուտացիաներ, վիճակագրություն, պատկերների գեներատոր, հաջորդականություն: վերլուծություն և այլն:
-
փոքր ՌՆԹ
Փոքր ՌՆԹ-ները 18-30 նտ միջին երկարությամբ կարճ ոչ կոդավորող ՌՆԹ-ի տեսակ են, ներառյալ miRNA, siRNA և piRNA:Այս փոքր ՌՆԹ-ները զանգվածաբար ներգրավված են կենսաբանական տարբեր գործընթացներում, ինչպիսիք են mRNA-ի քայքայումը, թարգմանության արգելակումը, հետերոքրոմատինի ձևավորումը և այլն: հաջորդականության վերլուծության հարթակը բաղկացած է ստանդարտ վերլուծությունից և առաջադեմ տվյալների արդյունահանումից:RNA-seq տվյալների հիման վրա ստանդարտ վերլուծությունը կարող է հասնել miRNA-ի նույնականացման և կանխատեսման, miRNA-ի թիրախային գենի կանխատեսման, անոտացիայի և արտահայտման վերլուծության:Ընդլայնված վերլուծությունը հնարավորություն է տալիս հարմարեցված miRNA որոնում և արդյունահանում, Venn դիագրամի ստեղծում, miRNA և թիրախային գենային ցանցի ստեղծում:
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS-ը գենոմի վերահաշվարկային վերլուծության հարթակ է, որը մշակվել է Biomarker Technologies-ի հարուստ փորձի հիման վրա:Այս հեշտ օգտագործման հարթակը թույլ է տալիս արագ ներկայացնել ինտեգրված վերլուծության աշխատանքային հոսք՝ պարզապես սահմանելով մի քանի հիմնական պարամետր, որը համապատասխանում է ԴՆԹ-ի հաջորդականության տվյալներին, որոնք ստեղծվել են ինչպես Illumina հարթակից, այնպես էլ BGI հաջորդականության հարթակից:Այս հարթակը տեղակայված է բարձր արդյունավետությամբ հաշվողական սերվերի վրա, որը թույլ է տալիս շատ սահմանափակ ժամանակում տվյալների բարձր արդյունավետ վերլուծություն:Անհատականացված տվյալների արդյունահանումը հասանելի է ստանդարտ վերլուծության հիման վրա, ներառյալ մուտացված գենի հարցումը, PCR այբբենարանի ձևավորումը և այլն:
-
mRNA (Հղում)
Տրանսկրիպտոմը կապն է գենոմային գենետիկական տեղեկատվության և կենսաբանական ֆունկցիայի պրոտեոմի միջև:Տրանսկրիպցիոն մակարդակի կարգավորումը օրգանիզմների կարգավորման ամենակարևոր և ամենալայն ուսումնասիրված եղանակն է։Տրանսկրիպտոմի հաջորդականությունը կարող է հաջորդականացնել տրանսկրիպտոմը ժամանակի ցանկացած պահի կամ ցանկացած պայմանի դեպքում՝ մեկ նուկլեոտիդին ճշգրիտ լուծմամբ: Այն կարող է դինամիկ կերպով արտացոլել գեների տրանսկրիպցիայի մակարդակը, միաժամանակ բացահայտել և քանակականացնել հազվագյուտ և նորմալ տառադարձումները և տրամադրել կառուցվածքային տեղեկատվություն: նմուշառման հատուկ արտագրություններ.
Ներկայումս տրանսկրիպտոմների հաջորդականացման տեխնոլոգիան լայնորեն կիրառվում է ագրոնոմիայի, բժշկության և այլ հետազոտական ոլորտներում, ներառյալ կենդանիների և բույսերի զարգացման կարգավորումը, շրջակա միջավայրի հարմարեցումը, իմունային փոխազդեցությունը, գեների տեղայնացումը, տեսակների գենետիկական էվոլյուցիան և ուռուցքների ու գենետիկական հիվանդությունների հայտնաբերումը:
-
Մետագենոմիկա (NGS)
Այս վերլուծական հարթակը նախատեսված է որսորդական հրացանի մետագենոմիկ տվյալների վերլուծության համար՝ տարիների փորձի հիման վրա:Այն ներառում է ինտեգրված աշխատանքային հոսք, որը պարունակում է մետագենոմիկայի զանազան վերլուծություններ, ներառյալ տվյալների մշակումը, տեսակների մակարդակի ուսումնասիրությունները, գեների ֆունկցիայի մակարդակի ուսումնասիրությունները, մետագենոմի ներդիրը և այլն: Բացի այդ, տվյալների արդյունահանման հարմարեցված գործիքները հասանելի են ստանդարտ վերլուծության աշխատանքային հոսքի վրա, ներառյալ գեների և տեսակների հարցումները: , պարամետրերի կարգավորում, անհատականացված թվերի գեներացում և այլն:
-
LncRNA
Երկար չկոդավորող ՌՆԹ-ները (lncRNA) 200 նտ-ից ավելի երկարությամբ տառադարձումների տեսակ են, որոնք չեն կարողանում կոդավորել սպիտակուցները։Կուտակված ապացույցները ցույց են տալիս, որ lncRNA-ների մեծ մասը շատ հավանական է ֆունկցիոնալ լինել:Բարձր թողունակության հաջորդականության տեխնոլոգիաները և բիոինֆորմատիկական վերլուծության գործիքները մեզ հնարավորություն են տալիս բացահայտելու lncRNA հաջորդականությունները և տեղորոշման տեղեկատվությունը ավելի արդյունավետ և առաջնորդում մեզ բացահայտելու lncRNAs կարևոր կարգավորիչ գործառույթներով:BMKCloud-ը հպարտ է մեր հաճախորդներին տրամադրել lncRNA հաջորդականության վերլուծության հարթակ՝ արագ, հուսալի և ճկուն lncRNA վերլուծության հասնելու համար:
-
GWAS
Գենոմի լայն ասոցիացիայի ուսումնասիրությունը (GWAS) նպատակ ունի բացահայտելու գենետիկ տարբերակները (գենոտիպը), որոնք կապված են հատուկ հատկությունների (ֆենոտիպի) հետ:GWA-ի ուսումնասիրությունները հետազոտում են գենետիկական մարկերները, որոնք հատում են մեծ թվով անհատների ամբողջ գենոմը և կանխատեսում են գենոտիպ-ֆենոտիպ ասոցիացիաները՝ բնակչության մակարդակով վիճակագրական վերլուծության միջոցով:Ամբողջ գենոմի հաջորդականությունը կարող է պոտենցիալ բացահայտել բոլոր գենետիկ տարբերակները:Ֆենոտիպային տվյալների հետ զուգակցվելով՝ GWAS-ը կարող է մշակվել՝ բացահայտելու ֆենոտիպին առնչվող SNP-ները, QTL-ները և թեկնածու գեները, որոնք մեծապես պաշտպանում են ժամանակակից կենդանիների/բույսերի բուծումը:SLAF-ը ինքնուրույն մշակված պարզեցված գենոմի հաջորդականության ռազմավարություն է, որը բացահայտում է գենոմի ամբողջ բաշխված մարկերները՝ SNP:Այս SNP-ները, որպես մոլեկուլային գենետիկական մարկերներ, կարող են մշակվել նպատակային հատկանիշներով ասոցիացիայի ուսումնասիրությունների համար:Դա ծախսարդյունավետ ռազմավարություն է գենետիկական տատանումների հետ կապված բարդ հատկանիշները բացահայտելու համար:
-
Nanopore Ամբողջական տրանսկրիպտոմիկա
Օրգանիզմների բարդ և փոփոխական այլընտրանքային իզոֆորմները կարևոր գենետիկ մեխանիզմներ են գեների արտահայտման և սպիտակուցների բազմազանությունը կարգավորելու համար:Տրանսկրիպտի կառուցվածքների ճշգրիտ նույնականացումը հիմք է հանդիսանում գեների արտահայտման կարգավորման օրինաչափությունների խորը ուսումնասիրության համար:Nanopore հաջորդականության հարթակը հաջողությամբ հասցրել է տրանսկրիպտոմիական ուսումնասիրությունը իզոֆորմի մակարդակի:Այս վերլուծության հարթակը նախագծված է վերլուծելու RNA-Seq տվյալները, որոնք ստեղծվել են Nanopore պլատֆորմի վրա՝ հղումային գենոմի հիման վրա, որը որակական և քանակական վերլուծությունների է հասնում ինչպես գենային մակարդակի, այնպես էլ տառադարձումների մակարդակով:
-
circ-RNA
Շրջանաձև ՌՆԹ-ն (circRNA) չկոդավորող ՌՆԹ-ի տեսակ է, որը վերջերս պարզվել է, որ կենսական դեր է խաղում կարգավորիչ ցանցերում, որոնք ներգրավված են զարգացման, շրջակա միջավայրի դիմադրության և այլնի մեջ: Տարբերվում է ՌՆԹ-ի գծային մոլեկուլներից, օրինակ՝ mRNA, lncRNA, 3' և 5': circRNA-ի ծայրերը միացված են՝ ձևավորելով շրջանաձև կառուցվածք, որը փրկում է նրանց էկզոնուկլեազի մարսումից և ավելի կայուն է, քան գծային ՌՆԹ-ի մեծ մասը:Պարզվել է, որ CircRNA-ն տարբեր գործառույթներ ունի գեների արտահայտման կարգավորման գործում:CircRNA-ն կարող է գործել որպես ceRNA, որը մրցունակորեն կապում է miRNA-ն, որը հայտնի է որպես miRNA սպունգ:CircRNA հաջորդականության վերլուծության հարթակը հզորացնում է circRNA կառուցվածքի և արտահայտման վերլուծությունը, թիրախի կանխատեսումը և համատեղ վերլուծությունը ՌՆԹ-ի այլ տեսակի մոլեկուլների հետ
-
BSA
Bulked Segregant Analysis հարթակը բաղկացած է մեկ քայլ ստանդարտ վերլուծությունից և առաջադեմ վերլուծությունից՝ հարմարեցված պարամետրերով:BSA-ն տեխնիկա է, որն օգտագործվում է ֆենոտիպին առնչվող գենետիկ մարկերների արագ հայտնաբերման համար:BSA-ի հիմնական աշխատանքային հոսքը ներառում է.2. բոլոր անհատների ԴՆԹ-ի, ՌՆԹ-ի կամ SLAF-seq-ի (մշակված է Biomarker-ի կողմից) միավորում՝ ԴՆԹ-ի երկու հիմնական զանգված ձևավորելու համար;3. դիֆերենցիալ հաջորդականությունների նույնականացում հղումային գենոմի նկատմամբ կամ դրանց միջև, 4. Թեկնածուների կապակցված շրջանների կանխատեսում ED և SNP-ինդեքսի ալգորիթմով.5. Թեկնածու տարածաշրջաններում գեների ֆունկցիոնալ վերլուծություն և հարստացում և այլն: Հասանելի են նաև տվյալների ավելի առաջադեմ հանքարդյունաբերություն, ներառյալ գենետիկական մարկերների ցուցադրումը և այբբենարանի ձևավորումը:
