Բույսերի/կենդանիների ամբողջ գենոմի հաջորդականությունը
1.Ծառայության առավելությունները
Ավելի քան 1000 տեսակների համար գենոմի հաջորդականության մեծ փորձ:
Ավելի քան 800 հրապարակված գործ՝ 4000-ից ավելի կուտակային ազդեցության գործակցով։
Համապարփակ կենսաինֆորմատիկական վերլուծություն տատանումների կանչման և ֆունկցիայի վերլուծության վերաբերյալ:
2. Ծառայության Տեխնիկական պայմաններ
| Հարթակ | Գրադարան | Առաջարկվող հաջորդականության խորությունը | |
| Իլյումինա | PE 150 | SNP-ի համար InDel-ի զանգերը ≥ 10x SV, CNY զանգերի համար ≥ 30x
| |
| Նանոպոր
| 8 կբ | SV-ի համար CNY զանգեր ≥ 20x | |
| Պակբիո | CCS | 15 կբ | SNP, InDel, SV, CNY զանգերի համար ≥ 10x |
3. Նմուշի պահանջներ
| Հարթակ | Conc.(ng/μL)
| Գումարը (նգ)
| Մաքրություն
| Ագարոզա գել
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Մաքրել հիմնական խումբը առանց կամ սահմանափակդեգրադացիա նկատվում է գելի վրա: 2. ՌՆԹ-ի կամ սպիտակուցի աղտոտվածություն չկա կամ սահմանափակ է
| ||||
| Իլյումինա | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Նանոպոր
| ≥30 | Կախված է տվյալների եկամտաբերությունից 10 մկգ/բջջ | 1.7-2.2 | ≥1.5 | ||
| Պակբիո | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1.8-2.5 | ||
4. Կենսատեղեկատվության վերլուծություն
5. Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Նմուշի առաքում
ԴՆԹ արդյունահանում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Տվյալների առաքում
1) գենոմի քարտեզագրման վիճակագրություն
Աղյուսակ 1 Քարտեզագրման արդյունքների վիճակագրություն
Նկար 1 Ներդիրի չափի և ընթերցումների ծածկույթի բաշխումը:
2) Variate Detection
Նկար 2 SNP/INDEL/SV-ի վիճակագրությունը և ծանոթագրությունը նմուշների մեջ
Գծապատկեր 3 Վատիացիաների գենոմի ամբողջ բաշխումը
3) տատանումների ֆունկցիոնալ անոտացիա
| 2019թ | Բնության հաղորդակցություններ | Ամբողջ գենոմի վերադասավորումը բացահայտում է Brassica napus-ի ծագումը և դրա բարելավման մեջ ներգրավված գենետիկական տեղանքները |
| 2020 թ | PNAS | Ոսկե ձկների էվոլյուցիոն ծագումը և ընտելացման պատմությունը (Carassius auratus) |
| 2021 թ | Plant Biotechnology Journal | Մշակված ջուտի երկու տեսակների տեղեկատու գենոմները |
| 2021 թ | Plant Biotechnology Journal | Բուսական և յուղոտ սերմերի ալոպոլիպլոիդ Brassicajuncea-ի գենոմային նշանները և գլյուկոզինոլատների կուտակումը վերահսկող գենետիկական տեղանքները |
| 2019թ | Մոլեկուլային գործարան | Համաշխարհային մասշտաբով ռեփասերի հավաքածուի ամբողջական գենոմի կրկնությունը բացահայտում է դրանց էկոտիպային տարբերության գենետիկական հիմքերը |
| 2022 թ | Այգեգործության հետազոտություն | Գենոմի ամբողջ ասոցիացիայի վերլուծությունը մոլեկուլային պատկերացումներ է տալիս ձմերուկի սերմի չափի բնական փոփոխության վերաբերյալ |
| 2021 թ | Journal of Experimental Botany | Գենոմի լայն ասոցիացիայի ուսումնասիրությունը բացահայտում է GhSAD1-ի տարբերակները, որոնք բամբակի մեջ սառը հանդուրժողականություն են հաղորդում |
| 2021 թ | Journal of Experimental Botany | Գենոմի ամբողջ ասոցիացիայի ուսումնասիրությունը և տրանսկրիպտոմի համեմատությունը բացահայտում են նոր QTL և թեկնածու գեներ, որոնք վերահսկում են ծաղկաթերթիկների չափը ռապևի սերմերում |
