Plant/Animal De Novo Genome Sequencing
Ծառայության առավելությունները
Հերթականացման հարթակների և կենսաինֆորմատիկայի մշակումde novoգենոմի հավաքում
(Amarasinghe SL et al.,Գենոմի կենսաբանություն, 2020)
● Նոր գենոմների կառուցում և հետաքրքրություն ներկայացնող տեսակների համար առկա տեղեկատու գենոմների բարելավում:
● Հավաքման ավելի բարձր ճշգրտություն, շարունակականություն և ամբողջականություն
● Հերթականության պոլիմորֆիզմի, QTL-ների, գեների խմբագրման, բուծման և այլնի հետազոտության հիմնարար ռեսուրսների կառուցում:
● Հագեցած է երրորդ սերնդի հաջորդականացման հարթակների ամբողջական սպեկտրով՝ գենոմի հավաքման մեկ կանգառ լուծում
● Ճկուն հաջորդականության և հավաքման ռազմավարություններ, որոնք կատարում են տարբեր գենոմներ՝ տարբեր հատկանիշներով
● Բարձր որակավորում ունեցող բիոինֆորմատիկոսների թիմ, որը մեծ փորձ ունի բարդ գենոմային հավաքների, ներառյալ պոլիպլոիդների, հսկա գենոմների և այլնի մեջ:
● Ավելի քան 100 հաջողված դեպք 900-ից ավելի կուտակային հրապարակված ազդեցության գործակցով
● Քրոմոսոմային մակարդակի գենոմի հավաքման համար պտտվող ժամանակը 3 ամիս է:
● Համապարփակ տեխնիկական աջակցություն մի շարք արտոնագրերով և ծրագրային ապահովման հեղինակային իրավունքներով ինչպես փորձարարական, այնպես էլ բիոինֆորմատիկայի ոլորտում:
Ծառայության բնութագրերը
|
Բովանդակություն
|
Հարթակ
|
Կարդացեք երկարությունը
|
Ծածկույթ
|
| Գենոմի հետազոտություն
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Գենոմի հաջորդականություն
| PacBio Revio
| 15 կբ HiFi-ի ընթերցումներ
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Աշխատանքային հոսք
Նմուշի պահանջներ և առաքում
Նմուշի պահանջներ.
| Տեսակներ | Հյուսվածք | PacBio-ի համար | Nanopore-ի համար |
| Կենդանիներ | Ներքին օրգաններ (լյարդ, փայծաղ և այլն) | ≥ 1.0 գ | ≥ 3,5 գ |
| Մկանային | ≥ 1,5 գ | ≥ 5.0 գ | |
| Կաթնասունների արյուն | ≥ 1,5 մլ | ≥ 5.0 մլ | |
| Ձկների կամ թռչունների արյուն | ≥ 0.2 մլ | ≥ 0,5 մլ | |
| Բույսեր | Թարմ տերևներ | ≥ 1,5 գ | ≥ 5.0 գ |
| Ծաղկաթերթ կամ ցողուն | ≥ 3,5 գ | ≥ 10.0 գ | |
| Արմատներ կամ սերմեր | ≥ 7.0 գ | ≥ 20.0 գ | |
| Բջիջներ | Բջջային կուլտուրա | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Բեռնարկղ՝ 2 մլ ցենտրիֆուգային խողովակ (անագե փայլաթիթեղը խորհուրդ չի տրվում)
Նմուշների մեծ մասի համար խորհուրդ ենք տալիս չպահել էթանոլի մեջ:
Նմուշի պիտակավորում. Նմուշները պետք է լինեն հստակ պիտակավորված և նույնական լինեն ներկայացված նմուշի տեղեկատվության ձևին:
Առաքում. չոր սառույց. նմուշները նախ պետք է փաթեթավորվեն տոպրակների մեջ և թաղվեն չոր սառույցի մեջ:
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Փորձի ձևավորում
Նմուշի առաքում
ԴՆԹ արդյունահանում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
*Այստեղ ցուցադրված ցուցադրական արդյունքները բոլորը Biomarker Technologies-ի հետ հրապարակված գենոմներից են
1. Circos քրոմոսոմային մակարդակի գենոմի հավաքման վրաG. rotundifoliumNanopore հաջորդականացման հարթակի կողմից
Վանգ Մ և այլք,Մոլեկուլային կենսաբանություն և էվոլյուցիա, 2021 թ
2. Վայնինգ տարեկանի գենոմի հավաքման և անոտացիայի վիճակագրություն
Լի Գ և այլք,Բնության գենետիկա, 2021 թ
3.Գենի կանխատեսումSechium eduleգենոմը, որը ստացվում է կանխատեսման երեք մեթոդներից.De novoկանխատեսում, Հոմոլոգիայի վրա հիմնված կանխատեսում և RNA-Seq տվյալների վրա հիմնված կանխատեսում
Ֆու Ա և այլք,Այգեգործության հետազոտություն, 2021 թ
4. Երեք բամբակի գենոմներում անձեռնմխելի երկար տերմինալի կրկնությունների նույնականացում
Վանգ Մ և այլք,Մոլեկուլային կենսաբանություն և էվոլյուցիա, 2021 թ
5.Hi-C ջերմային քարտեզըC. acuminataգենոմը, որը ցույց է տալիս գենոմի բոլոր փոխազդեցությունները:Hi-C փոխազդեցությունների ինտենսիվությունը համաչափ է կոնտիգների միջև գծային հեռավորությանը:Այս ջերմային քարտեզի մաքուր ուղիղ գիծը ցույց է տալիս քրոմոսոմների վրա կոնտիգների խիստ ճշգրիտ խարսխվածությունը:(Միավոր խարսխման հարաբերակցությունը` 96.03%)
kang M և այլք,Բնության հաղորդակցություն,2021 թ
BMK գործ
Բարձրորակ գենոմային հավաքույթն ընդգծում է տարեկանի գենոմային բնութագրերը և ագրոնոմիկ կարևոր գեները
Հրապարակված է: Բնության գենետիկա, 2021 թ
Հերթականության ռազմավարություն.
Գենոմի հավաքում. PacBio CLR ռեժիմ՝ 20 կբ գրադարանով (497 Գբ, մոտ 63×)
Հերթականության ուղղում. NGS 270 bp ԴՆԹ գրադարանով (430 Գբ, մոտ 54×) Illumina հարթակում
Կառուցվում է խարսխված՝ Hi-C գրադարան (560 Գբ, մոտ 71×) Illumina հարթակում
Օպտիկական քարտեզ՝ (779,55 Գբ, մոտ 99×) Bionano Irys-ի վրա
Հիմնական արդյունքներ
1. Հրապարակվել է Վեյնինգ տարեկանի գենոմի հավաքածու՝ 7,74 Գբ ընդհանուր գենոմի չափով (գնահատված գենոմի չափի 98,74%-ը՝ ըստ հոսքի ցիտոմետրիայի):Այս հավաքի փայտամած N50-ը հասել է 1,04 Գբ:Կոնտիգների 93,67%-ը հաջողությամբ խարսխվել է 7 կեղծ քրոմոսոմների վրա:Այս ժողովը գնահատվել է կապի քարտեզի, LAI-ի և BUSCO-ի միջոցով, ինչը հանգեցրել է բարձր միավորների բոլոր գնահատումներում:
2. Այս գենոմի հիման վրա իրականացվել են համեմատական գենոմիկայի, գենետիկ կապի քարտեզի, տրանսկրիպտոմիական ուսումնասիրություններ:Բացահայտվել են մի շարք գծերի՝ կապված գենոմային առանձնահատկությունների հետ, ներառյալ գենոմի ամբողջ գեների կրկնօրինակումները և դրանց ազդեցությունը օսլայի կենսասինթեզի գեների վրա.Բարդ պրոլամինային տեղանքների ֆիզիկական կազմակերպումը, գենային արտահայտման առանձնահատկությունները, որոնք հիմքում ընկած են վաղ վերնագրի հատկանիշը և ենթադրյալ ընտելացման հետ կապված քրոմոսոմային շրջանները և տեղանքները տարեկանի մեջ:
 Վայնինգ տարեկանի գենոմի գենոմային առանձնահատկությունների վերաբերյալ Circos դիագրամ |  Տարեկանի գենոմի էվոլյուցիոն և քրոմոսոմային սինթենիայի վերլուծություն |
Լի, Գ., Վանգ, Լ., Յանգ, Ջ.et al.Բարձրորակ գենոմի հավաքը ընդգծում է տարեկանի գենոմային բնութագրերը և ագրոնոմիկ կարևոր գեները:Նատ Ժենետ 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
