Ոչ հղման վրա հիմնված mRNA Sequencing-Illumina
Հատկություններ
● Անկախ ցանկացած հղումային գենոմից,
● Տվյալները կարող են օգտագործվել վերծանումների կառուցվածքն ու արտահայտությունը վերլուծելու համար
● Բացահայտեք փոփոխական կտրման կայքերը
Ծառայության առավելությունները
● BMKCloud-ի վրա հիմնված արդյունքների առաքում. արդյունքները տրամադրվում են որպես տվյալների ֆայլ և ինտերակտիվ հաշվետվություն BMKCloud պլատֆորմի միջոցով, որը թույլ է տալիս օգտագործողի համար հարմար ընթերցել բարդ վերլուծության արդյունքները և հարմարեցված տվյալների արդյունահանումը ստանդարտ կենսաինֆորմատիկական վերլուծության հիման վրա:
● Վաճառքից հետո ծառայություններ. Վաճառքից հետո ծառայությունները գործում են ծրագրի ավարտից հետո 3 ամիս, ներառյալ նախագծերի հետագծումը, խնդիրների վերացումը, արդյունքների հարցուպատասխանը և այլն:
Նմուշի պահանջներ և առաքում
Նմուշի պահանջներ.
Նուկլեոտիդներ:
| խտ. (նգ/մլ) | Գումարը (մկգ) | Մաքրություն | Անարատություն |
| ≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Գելի վրա ցուցադրված է սպիտակուցի կամ ԴՆԹ-ի սահմանափակ կամ ոչ աղտոտվածություն: | Բույսերի համար՝ RIN≥6.5; Կենդանիների համար՝ RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; սահմանափակ կամ առանց բազային բարձրության |
Հյուսվածք՝ Քաշ (չոր)՝ ≥1 գ
*5 մգ-ից փոքր հյուսվածքի համար խորհուրդ ենք տալիս ուղարկել ֆլեշ սառեցված (հեղուկ ազոտի մեջ) հյուսվածքի նմուշ:
Բջջային կասեցում. բջիջների քանակը = 3×107
*Խորհուրդ ենք տալիս առաքել սառեցված բջիջների լիզատ:Այն դեպքում, երբ այդ բջիջը 5×10-ից փոքր է5, խորհուրդ է տրվում սառեցված հեղուկ ազոտի մեջ:
Արյան նմուշներ.
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIZol և 2mL արյուն (TRIzol:Blood=3:1)
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Բեռնարկղ:
2 մլ ցենտրիֆուգային խողովակ (անագե փայլաթիթեղը խորհուրդ չի տրվում)
Նմուշի պիտակավորում. Խումբ+կրկնօրինակ, օրինակ՝ A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Բարձում:
1. Չոր սառույց. նմուշները պետք է փաթեթավորվեն տոպրակների մեջ և թաղվեն չոր սառույցի մեջ:
2.ՌՆԹ կայուն խողովակներ. ՌՆԹ-ի նմուշները կարելի է չորացնել ՌՆԹ կայունացնող խողովակում (օրինակ՝ RNAstable®) և ուղարկել սենյակային ջերմաստիճանում:
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Փորձի ձևավորում
Նմուշի առաքում
ՌՆԹ արդյունահանում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
Կենսաինֆորմատիկա
1.mRNA (denovo) Ասամբլեայի սկզբունք
Երրորդության կողմից ընթերցումները բաժանված են ավելի փոքր մասերի, որոնք հայտնի են որպես K-mer:Այս K-մերներն այնուհետև օգտագործվում են որպես սերմեր, որոնք պետք է երկարացվեն կոնտիգերի մեջ, այնուհետև բաղադրիչները հիմնված են կոնտիգերի համընկնումների վրա:Վերջապես, De Bruijn-ը կիրառվեց այստեղ՝ բաղադրիչներում տառադարձումները ճանաչելու համար:
mRNA (De novo) Երրորդության ակնարկ
2.mRNA (De novo) Գենի արտահայտման մակարդակի բաշխում
RNA-Seq-ն ի վիճակի է հասնել գեների արտահայտման բարձր զգայուն գնահատման:Սովորաբար, տառադարձումների FPKM արտահայտության հայտնաբերվող միջակայքը տատանվում է 10^-2-ից մինչև 10^6:
mRNA (De novo) FPKM խտության բաշխում յուրաքանչյուր նմուշում
3.mRNA (De novo) GO հարստացման վերլուծություն DEGs
GO (Gene Ontology) տվյալների բազան կառուցվածքային կենսաբանական անոտացիայի համակարգ է, որը պարունակում է գեների և գենային արտադրանքների գործառույթների ստանդարտ բառապաշար:Այն պարունակում է բազմաթիվ մակարդակներ, որտեղ որքան ցածր է մակարդակը, այնքան ավելի կոնկրետ են գործառույթները:
mRNA (De novo) DEG-ների GO դասակարգումը երկրորդ մակարդակում
BMK գործ
Սախարոզայի նյութափոխանակության տրանսկրիպտոմային վերլուծություն սոխի մեջ լամպերի այտուցվածության և զարգացման ընթացքում (Allium cepa L.)
Հրապարակված է: սահմանները բույսերի գիտության մեջ2016թ
Հերթականության ռազմավարություն
Illumina HiSeq2500
Նմուշների հավաքածու
Այս ուսումնասիրության մեջ օգտագործվել է Յուտա Դեղին Սվիթ Իսպանիա «Y1351» սորտը:Հավաքված նմուշների թիվը եղել է
Լամպի (2 սմ տրամագծով և 3–4 գ քաշով) ուռչելուց հետո (DAS) 15-րդ օրը (2 սմ տրամագծով և 3–4 գ քաշով), 30-րդ DAS (5 սմ տրամագծով և 100–110 գ քաշով) և 40-րդ ԴԱՍ-ի 30-րդ (7 սմ տրամագծով և 260–300 գրամ):
Հիմնական արդյունքներ
1. Վենի դիագրամում ընդհանուր 146 DEG հայտնաբերվել են զարգացման բոլոր երեք զույգ փուլերում
2. «Ածխաջրերի փոխադրումը և նյութափոխանակությունը» ներկայացված էր ընդամենը 585 միգենով (այսինքն՝ ծանոթագրված COG-ի 7%-ը):
3. GO տվյալների բազայում հաջողությամբ ծանոթագրված Unigenes դասակարգվել են երեք հիմնական կատեգորիաների լամպերի մշակման երեք տարբեր փուլերի համար:«Կենսաբանական գործընթաց» հիմնական կատեգորիայում ամենաշատը ներկայացված են «նյութափոխանակության գործընթացները», որին հաջորդում է «բջջային գործընթացները»:«Մոլեկուլային ֆունկցիայի» հիմնական կատեգորիայում առավել ներկայացված են երկու կատեգորիաները՝ «կապող» և «կատալիտիկ ակտիվություն»:
 Orthologous խմբերի (COG) դասակարգման կլաստերների հիստոգրամ |  Գենային գոյաբանության (GO) դասակարգման հիստոգրամ՝ լամպերից ստացված միգենների համար զարգացման երեք փուլերում |
 Վենի դիագրամ, որը ցույց է տալիս սոխի լամպի զարգացման ցանկացած երկու փուլերում տարբեր կերպով արտահայտված գեները |
Հղում
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Սախարոզայի նյութափոխանակության տրանսկրիպտոմային վերլուծություն սոխի մեջ լամպերի այտուցվածության և զարգացման ընթացքում (Allium cepa L.) [J]:Սահմանները բույսերի գիտության մեջ, 2016, 7:1425-.DOI՝ 10.3389/fpls.2016.01425
