ԳԵՆՈՄԻ ԷՎՈԼՈՒՑԻԱ, ՊԱՆԳԵՆՈՄ
Ի՞նչ է Պան-գենոմը:
Կուտակված ապացույցները ցույց են տալիս, որ տեսակների տարբեր շտամների միջև տարբերությունը կարող է հսկայական լինել:Մեկ գենոմը բավական չէ մեկ տեսակի գենետիկական տեղեկատվության ամբողջական պատկերը ստանալու համար:Պան-գենոմի ուսումնասիրության նպատակն է ստանալ տեսակների ավելի համապարփակ գենոմային գրաֆիկ և վերծանել գծերի և գենետիկ կոդի միջև կապերը՝ իրականացնելով բազմաթիվ շտամների գենոմի de novo հավաքում, ինչը թույլ է տալիս ավելի խորը և լայն արդյունահանել տատանումները:
Պան-գենոմի ուսումնասիրության միտումները
Նկար 1 Պան-գենոմի հրապարակված հետազոտական աշխատանքների միտումները:
Ծանոթագրություն. Նկարը ցույց է տալիս «pan-genome»-ը որպես բանալի բառ ընդունելու արդյունքը՝ Nature, Cell and Science շարքի ամսագրերում հրապարակված հոդվածների վերնագրերը որոնելու համար։
ա.Բազմաթիվ նմուշներից ընթերցվածները հավասարեցվում են հղմանը, իսկ չհավասարեցվածները հավաքվում են նոր բովանդակության մեջ:Այս նոր կոնտիգները ավելացնելով սկզբնական տեղեկանքի հաջորդականությանը, կարելի է կառուցել պանգենոմի հղում:Բացառիկ շրջանները որոշվում են՝ հիմնվելով պանգենոմի բոլոր ընթերցումների քարտեզագրման վրա:
բ.Բազմաթիվ միացումների գենոմների դե նոր հավաքումը թույլ է տալիս ամբողջ գենոմի հավասարեցման մոտեցումները բացահայտելու անփոխարինելի գենոմային շրջանները:
գ.Համագենոմի գրաֆիկը կարող է կառուցվել գենոմի ամբողջական հավասարեցումներից կամ դե նոր գրաֆիկի հավաքման միջոցով, որն արդյունավետ կերպով պահպանում է անփոխարինելի շրջանների տարբեր տեղեկությունները որպես գրաֆիկի եզակի ուղիներ:
Ինչպե՞ս կառուցել պան-գենոմ:
Նկար 2 Համագենոմային մոտեցումների համեմատություն1
ա.Բազմաթիվ նմուշներից ընթերցվածները հավասարեցվում են հղմանը, իսկ չհավասարեցվածները հավաքվում են նոր բովանդակության մեջ:Այս նոր կոնտիգները ավելացնելով սկզբնական տեղեկանքի հաջորդականությանը, կարելի է կառուցել պանգենոմի հղում:Բացառիկ շրջանները որոշվում են՝ հիմնվելով պանգենոմի բոլոր ընթերցումների քարտեզագրման վրա:
բ.Բազմաթիվ միացումների գենոմների դե նոր հավաքումը թույլ է տալիս ամբողջ գենոմի հավասարեցման մոտեցումները բացահայտելու անփոխարինելի գենոմային շրջանները:
գ.Համագենոմի գրաֆիկը կարող է կառուցվել գենոմի ամբողջական հավասարեցումներից կամ դե նոր գրաֆիկի հավաքման միջոցով, որն արդյունավետ կերպով պահպանում է անփոխարինելի շրջանների տարբեր տեղեկությունները որպես գրաֆիկի եզակի ուղիներ:
Վերջերս հրապարակված Pan-genomes
● Բռնաբարության պան-գենոմներ2
● Լոլիկի պան-գենոմներ 3
● Ռայսի համահայկական գենոմ4
● Արևածաղկի Պան-գենոմ5
● Սոյայի պան-գենոմ 6
● Ռայսի պան-գենոմ7
● Գարու Պան-գենոմ8
● Ցորենի պան-գենոմ9
● Սորգո Պան-գենոմ10
● Ֆիտոպլանկտոն Պան-գենոմ11
Հղում
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Բույսերի համագենոմները նոր հղում են:Նատ բույսեր.2020; 6 (8): 914-920:doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al.Ութ բարձրորակ գենոմներ բացահայտում են պանգենոմային ճարտարապետությունը և Brassica napus-ի էկոտիպային տարբերակումը:Նատ բույսեր.2020; 6 (1): 34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H և այլն:Լոլիկի պան-գենոմը բացահայտում է նոր գեներ և հազվագյուտ ալել, որը կարգավորում է մրգի համը:Նատ Ժենետ.2019; 51 (6): 1044-1051:doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Համագենոմի վերլուծությունը ընդգծում է մշակովի և վայրի բրնձի գենոմային տատանումների չափը [հրապարակված ուղղումը հայտնվում է Nat Genet-ում:2018 օգոստոսի; 50 (8): 1196]:Նատ Գենետ.2018; 50 (2): 278-284:doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Արևածաղկի համագենոմի վերլուծությունը ցույց է տալիս, որ հիբրիդացումը փոխում է գենի պարունակությունը և հիվանդությունների դիմադրությունը:Նատ բույսեր.2019; 5 (1): 54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Վայրի և մշակովի սոյայի համագենոմը:Բջջ.2020; 182 (1): 162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.Բրինձի 33 գենետիկորեն բազմազան միացությունների համագենոմային վերլուծությունը բացահայտում է թաքնված գենոմային տատանումները [հրապարակված առցանց տպագրությունից առաջ, 2021 թ. մայիսի 25]:Բջջ.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.Գարու համագենոմը բացահայտում է մուտացիաների բուծման թաքնված ժառանգությունը:Բնություն.2020; 588 (7837): 284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Ցորենի բազմաթիվ գենոմները բացահայտում են ժամանակակից բուծման գլոբալ տատանումները:Բնություն.2020; 588 (7837): 277-283:doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.Կուլտուրական և վայրի սորգոի համագենոմի լայնածավալ տատանումները [հրապարակված առցանց տպագրությունից առաջ, 2021 թվականի մայիսի 20]:Նատ բույսեր.2021; 10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Ֆիտոպլանկտոնի պանգենոմը բացահայտում է տարբեր գործառույթների լայնածավալ պրոկարիոտ հորիզոնական գենային փոխանցում:Sci Adv.2020; 6 (18): eaba0111.Հրապարակված է 2020 ապրիլի 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Հրապարակման ժամանակը՝ Հունվար-04-2022