T2T ԳԵՆՈՄԻ ՀԱՎԱՔՈՒՄ, ԳԱՊ ԱԶԱՏ ԳԵՆՈՄ
1stԵրկու բրնձի գենոմ1
Վերնագիր. Xian/indica բրնձի համար երկու առանց բացթողման գենոմների հավաքում և վավերացում, որը բացահայտում է բույսերի կենտրոնական ճարտարապետության պատկերացումները
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Տեղադրման ժամանակը՝ հունվարի 01, 2021 թ.
Ինստիտուտ: Huazhong գյուղատնտեսական համալսարան, Չինաստան
Նյութեր
O. sativa xian/indicaբրնձի տեսակներ «Zhenshan 97 (ZS97)» և «Minghui 63 (MH63)
Հերթականության ռազմավարություն
NGS ընթերցումներ + HiFi ընթերցումներ + CLR ընթերցումներ + BioNano + Hi-C
Տվյալներ:
ZS97՝ 8,34 Գբ (~ 23x) HiFi ընթերցում + 48,39 Գբ (~ 131x ) CLR ընթերցում + 25 Գբ (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys բջիջ
MH63՝ 37,88 Գբ (~ 103x) HiFi ընթերցում + 48,97 Գբ (~ 132x) CLR ընթերցում + 28 Գբ (~ 76x) NGS + 2 BioNano Irys բջիջ
Նկար 1 Բրնձի երկու բաց գենոմներ (MH63 և ZS97)
2ndԲանանի գենոմ2
Վերնագիր՝ բանանի տելոմերից տելոմեր առանց բացթողումների քրոմոսոմներ՝ օգտագործելով նանոպորների հաջորդականությունը
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Տեղադրման ժամանակը ՝ 17 ապրիլի, 2021 թ.
Ինստիտուտ: Université Paris-Saclay, Ֆրանսիա
Նյութեր
Կրկնակի հապլոիդՄուսա ակումինատաsppմալակցենսիս(ԴՀ-Պահանգ)
Հերթականության ռազմավարություն և տվյալներ.
HiSeq2500 PE250 ռեժիմ + MinION/ PromethION (93 Գբ, ~ 200X )+ Օպտիկական քարտեզ (DLE-1+BspQ1)
Աղյուսակ 1 Musa acuminata (DH-Pahang) գենոմի հավաքների համեմատություն
Նկար 2 Մուսայի գենոմների ճարտարապետության համեմատություն
3rdPhaeodactylum tricornutum գենոմը3
Վերնագիր. Telomere-to-telomere genome assembly ofP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Տեղադրման ժամանակը՝ մայիսի 04, 2021թ
Ինստիտուտ: Արևմտյան համալսարան, Կանադա
Նյութեր
Phaeodactylum tricornutum(Culture Collection of Algae and Protozoa CCAP 1055/1)
Հերթականության ռազմավարություն և տվյալներ.
1 Oxford Nanopore minION հոսքի բջիջ + 2×75 զուգակցված վերջի միջին ելքային NextSeq 550 գործարկում
Նկար 3 Աշխատանքային ընթացք տելոմեր-տելոմեր գենոմի հավաքման համար
4thՄարդու CHM13 գենոմը4
Վերնագիր՝ Մարդու գենոմի ամբողջական հաջորդականությունը
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Տեղադրման ժամանակը՝ մայիսի 27, 2021թ
Ինստիտուտ: Առողջապահության ազգային ինստիտուտներ (NIH), ԱՄՆ
Նյութեր՝ բջջային գիծ CHM13
Հերթականության ռազմավարություն և տվյալներ.
30× PacBio շրջանաձև կոնսենսուսային հաջորդականություն (HiFi), 120× Oxford Nanopore ծայրահեղ երկար ընթերցման հաջորդականություն, 100× Illumina PCR-Free հաջորդականություն (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-Ctical), եւ Strand-seq
Աղյուսակ 2 GRCh38 և T2T-CHM13 մարդու գենոմի հավաքների համեմատություն
Հղում
1.Սերգեյ Նուրք և այլք.Մարդու գենոմի ամբողջական հաջորդականությունը.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Քերոլայն Բելսեր և այլք.Բանանի տելոմեր-տելոմեր առանց բացթողումների քրոմոսոմներ՝ օգտագործելով նանոպորների հաջորդականությունը:bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Phaeodactylum tricornutum-ի տելոմերից տելոմեր գենոմի հավաքում:bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et al.Xian/indica բրնձի համար երկու բացթողումներ չունեցող գենոմների հավաքում և վավերացում բացահայտում է բույսերի ցենտրոմերային ճարտարապետության պատկերացումները:bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Հրապարակման ժամանակը՝ Հունվար-06-2022