Բարձր թողունակության գենոտիպավորումը, հատկապես մեծ մասշտաբով պոպուլյացիայի համար, հիմնարար քայլ է գենետիկ ասոցիացիայի ուսումնասիրություններում, որը գենետիկ հիմք է տալիս ֆունկցիոնալ գեների հայտնաբերման, էվոլյուցիոն վերլուծության և այլնի համար: Ամբողջ գենոմի խորքային վերահաջորդականության փոխարեն, նվազեցված ներկայացուցչական գենոմի հաջորդականությունը (RRGS): ) ներդրվել է յուրաքանչյուր նմուշի հաջորդականության արժեքը նվազագույնի հասցնելու համար՝ միաժամանակ պահպանելով ողջամիտ արդյունավետությունը գենետիկական մարկերների հայտնաբերման հարցում:Սա սովորաբար ձեռք է բերվում տվյալ չափի միջակայքում սահմանափակող հատվածի արդյունահանմամբ, որը կոչվում է կրճատված ներկայացման գրադարան (RRL):Specific-locus amplified fragment sequencing (SLAF-Seq) ինքնուրույն մշակված ռազմավարություն է դե նոր SNP-ի հայտնաբերման և SNP-ի մեծ պոպուլյացիաների գենոտիպավորման համար:
Տեխնիկական աշխատանքի ընթացքը
SLAF ընդդեմ գոյություն ունեցող RRL մեթոդների
SLAF-ի առավելությունները
Գենետիկական մարկերների հայտնաբերման ավելի բարձր արդյունավետություն– Համակցված բարձր թողունակության հաջորդականության տեխնոլոգիայի հետ՝ SLAF-Seq-ը կարող է հասնել հարյուր հազարավոր պիտակների, որոնք հայտնաբերված են ամբողջ գենոմում, որպեսզի կատարի տարբեր հետազոտական նախագծերի պահանջը՝ կա՛մ մեր հղումային գենոմով, կա՛մ առանց դրա:
Անհատականացված և ճկուն փորձարարական ձևավորում- Տարբեր հետազոտական նպատակների կամ տեսակների համար մատչելի են ֆերմենտային մարսողության տարբեր ռազմավարություններ, ներառյալ մեկ ֆերմենտային, երկֆերմենտային և բազմաֆերմենտային մարսողությունը:Մարսողության ռազմավարությունը նախապես կգնահատվի սիլիկոյում՝ ապահովելու ֆերմենտի օպտիմալ դիզայնը:
Բարձր արդյունավետություն ֆերմենտային մարսողության մեջ– Նախապես մշակված ֆերմենտային մարսողությունը ապահովում է ավելի հավասարաչափ բաշխված SLAF-ներ քրոմոսոմի վրա:Դրվագների հավաքման արդյունավետությունը կարող է հասնել ավելի քան 95%:
Խուսափեք կրկնվող հաջորդականությունից– SLAF-Seq տվյալների մեջ կրկնվող հաջորդականության տոկոսը կրճատվել է մինչև 5%-ից ցածր, հատկապես կրկնվող տարրերի բարձր մակարդակ ունեցող տեսակների դեպքում, ինչպիսիք են ցորենը, եգիպտացորենը և այլն:
Ինքնուրույն մշակված բիոինֆորմատիկական աշխատանքային հոսք– BMK-ն մշակել է SLAF-Seq տեխնոլոգիայի համար կիրառելի ինտեգրված բիոինֆորմատիկական աշխատանքային հոսք՝ ապահովելու վերջնական արդյունքի հուսալիությունն ու ճշգրտությունը:
SLAF-ի կիրառում
Գենետիկական կապի քարտեզ
Բարձր խտության գենետիկական քարտեզի կառուցում և քրիզանտեմում ծաղիկների տիպի գծերը վերահսկող տեղանքների նույնականացում (Քրիզանթեմ x morifolium Ramat.)
Ամսագիր՝ Այգեգործության հետազոտություն Հրատարակված՝ 2020.7
GWAS
Սոյայի սերմերում իզոֆավոնի պարունակության հետ կապված թեկնածու գենի նույնականացում՝ օգտագործելով գենոմի ամբողջ ասոցիացիան և կապի քարտեզագրումը
Ամսագիր՝ The Plant Journal Հրատարակված՝ 2020.08
Էվոլյուցիոն գենետիկա
Բնակչության գենոմային վերլուծությունը և նոր հավաքումը բացահայտում են մոլախոտ բրնձի ծագումը որպես էվոլյուցիոն խաղ
Հանդես՝ Molecular Plant Հրատարակված՝ 2019.5
Զանգվածային տարանջատման վերլուծություն (BSA)
GmST1-ը, որը կոդավորում է սուլֆոտրանսֆերազը, դիմադրություն է հաղորդում սոյայի մոզաիկա վիրուսի G2 և G3 շտամներին:
Հանդես՝ Plant, Cell&Environment Հրատարակված՝ 2021.04
Հղում
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq. լայնածավալ de novo SNP-ի հայտնաբերման և գենոտիպավորման արդյունավետ մեթոդ՝ օգտագործելով բարձր թողունակության հաջորդականությունը[J]:Plos one, 2013, 8 (3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K և այլն:Բարձր խտության գենետիկական քարտեզի կառուցում և քրիզանտեմում (Chrysanthemum × morifolium Ramat).Hortic Res.2020; 7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Սոյայի սերմերում իզոֆլավոնի պարունակության հետ կապված թեկնածու գենի նույնականացում՝ օգտագործելով գենոմի ամբողջ ասոցիացիան և կապի քարտեզագրումը:Plant J. 2020;104 (4): 950-963 թթ.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Բնակչության գենոմային վերլուծությունը և De Novo ժողովը բացահայտում են Weedy Rice-ի ծագումը որպես էվոլյուցիոն խաղի:Մոլ բույս.2019; 12 (5): 632-647.Մոլ բույս.2018 թ.11 (11):1360-1376 թթ.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1-ը, որը կոդավորում է սուլֆոտրանսֆերազը, դիմադրություն է հաղորդում սոյայի մոզաիկա վիրուսի G2 և G3 շտամներին:Բույսերի բջիջների միջավայր.2021;10.1111/pce.14066
Հրապարակման ժամանակը՝ Հունվար-04-2022