BMKCloud Log in
条形 banner-03

Նորություններ

ԳԵՆՈՄԻ ԷՎՈԼՈՒՑԻԱ

բնության գենետիկա

Բարձրորակ գենոմային հավաքույթն ընդգծում է տարեկանի գենոմային բնութագրերը և ագրոնոմիկ կարևոր գեները

PacBio |Illumina |Bionano օպտիկական քարտեզ |Hi-C գենոմի հավաքում |Գենետիկական քարտեզ |Ընտրովի ավլումներ |RNA-Seq |ISO-seq |SLAF-հաջ

Biomarker Technologies-ը տեխնիկական աջակցություն է տրամադրել Pacbio-ի հաջորդականացման, Hi-C հաջորդականության և տվյալների վերլուծության վերաբերյալ այս ուսումնասիրության մեջ:

Առանձնահատկություններ

1. Ստացվել է քրոմոսոմային մակարդակի առաջին բարձրորակ տարեկանի գենոմը, որն ունի մեկ քրոմոսոմի չափս ավելի քան 1 Գբ:

2. Համեմատած Tu, Aet և Hv գենոմի հետ, տարեկանի գենոմում նկատվել է LTR-RT եզակի իրադարձություն, որը պատասխանատու էր տարեկանի գենոմի չափի ընդլայնման համար:

3. Տարեկանի և դիպլոիդ ցորենի միջև տարբերությունը տեղի է ունեցել գարու ցորենից բաժանվելուց հետո, ընդ որում երկու իրադարձությունների համար շեղման ժամանակները կազմում են մոտավորապես 9,6 և 15 MYA:
FT գեների ֆոսֆորիլացումը կարող է վերահսկել տարեկանի վաղ վերնագրի հատկանիշը:

4. Ընտրովի մաքրման վերլուծությունը ցույց է տալիս ScID1-ի հնարավոր ներգրավվածությունը վերնագրի ամսաթվի կարգավորմանը և դրա հավանական ընտրությունը տարեկանի ընտելացման միջոցով:
Նախապատմություն

Նախապատմություն

Տարեկանը արժեքավոր պարենային և կերային մշակաբույս ​​է, կարևոր գենետիկ ռեսուրս ցորենի և տրիտիկալի բարելավման համար և անփոխարինելի նյութ խոտերի համեմատական ​​գենոմիկայի արդյունավետ ուսումնասիրությունների համար:Վինինգ աշորան, վաղ ծաղկող սորտը, որը մշակվում է Չինաստանում, աչքի է ընկնում իր լայն սպեկտրով դիմադրությամբ թե՛ փոշոտ բորբոսին, թե՛ շերտավոր ժանգին:Հասկանալու համար տարեկանի էլիտային հատկանիշների գենետիկական և մոլեկուլային հիմքերը և նպաստելու տարեկանի և հարակից մշակաբույսերի գենոմային և բուծման ուսումնասիրություններին, մենք այստեղ դասավորեցինք և վերլուծեցինք Վայնինգ տարեկանի գենոմը:

Ձեռքբերումներ

Տարեկանի գենոմ

Տարեկանի գենոմը կառուցվել է PacBio SMRT ընթերցումների, Illumina-ի կարճ ընթերցման հաջորդականության, ինչպես նաև քրոմատինի կոնֆորմացիայի հավաքման (Hi-C), գենետիկական քարտեզագրման և BioNano վերլուծության միջոցով:Հավաքված կոնտիգները (7,74 Գբ) կազմում էին գենոմի գնահատված չափի 98,47%-ը (7,86 Գբ), ընդ որում 93,67%-ը (7,25 Գբ) վերագրված էր յոթ քրոմոսոմներին:Կրկնվող տարրերը կազմում էին հավաքված գենոմի 90,31%-ը:

1-2

Տարեկանի գենոմ

2-3-1024x416

Գենետիկական կապի քարտեզ (WJ) մշակվել է 295 F2 բույսերի միջոցով, որոնք ստացվել են երկու տարեկանի լանդշաֆտի խաչմերուկից (Վայնինգ × Ջինչժոու)

3-3

Hi-C կոնտակտային քարտեզ յոթ հավաքված Weining տարեկանի քրոմոսոմների (1R – 7R)

4-2-1024x511

Վայնինգ տարեկանի յոթ հավաքված քրոմոսոմների և տարեկանի յոթ կապող խմբերի միջև հավասարեցումը մշակվել է Lo7 x Lo255 RIL պոպուլյացիայի միջոցով

Տարեկանի գենոմի LTR ժողովի ինդեքսի (LAI) արժեքը պարզվել է, որ 18,42 է, և 1,393 (96,74%) 1,440 բարձր պահպանված BUSCO գեներից բացահայտվել են: Այս արդյունքները ցույց են տալիս, որ Վայնինգ տարեկանի գենոմի հաջորդականությունը բարձր որակի է և միջգենային: և գենետիկ շրջաններ։Ընդհանուր առմամբ կանխատեսվել է 86,991 սպիտակուցը կոդավորող գեն, ներառյալ 45,596 բարձր վստահության (HC) գեներ և 41,395 ցածր վստահության գեներ (LC) գեներ:

2. TE-ների վերլուծություն

TE-ների վերլուծություն.Ընդհանուր 6,99 Գբ, որը ներկայացնում է Weining հավաքի 90,31%-ը, նշվել է որպես TE-ներ, որոնք ներառում են 537 ընտանիքներին պատկանող 2,671,941 տարր:Այս TE պարունակությունը ակնհայտորեն ավելի բարձր էր, քան նախկինում հաղորդված Ta (84.70%), Tu (81.42%), Aet (84.40%), WEW (82.20%) կամ Hv (80.80%) համար:Երկար տերմինալ կրկնվող ռետրոտրանսպոզոնները (LTR-RTs), ներառյալ Gypsy, Copia և չդասակարգված RT տարրերը, գերիշխող TE-ներն էին, և 1 զբաղեցրեցին ծանոթագրված TE պարունակության 84,49%-ը և հավաքված Վայնինգի գենոմի 76,29%-ը;CACTA ԴՆԹ-ի տրանսպոզոնները երկրորդ ամենաառատ TE-ներն էին, որոնք կազմում էին ծանոթագրված TE պարունակության 11,68%-ը և հավաքված Վայնինգի գենոմի 10,55%-ը:

5-2

Տարեկանի տրանսպոզոնային տարրերի վերլուծություն

Վինինգ տարեկանի համեմատաբար բարձր մասնաբաժինն է եղել LTR-RT-ների վերջին ներդիրումներով, որոնց ուժեղացման գագաթնակետը հայտնվել է մոտ 0,5 միլիոն տարի առաջ (MYA), որն ամենավերջինն էր չորս տեսակների մեջ;մյուս գագաթնակետը, որը տեղի է ունեցել մոտավորապես 1.7 MYA-ով, ավելի հին էր և նկատվում էր նաև գարու մեջ:Գերընտանիքի մակարդակում հայտնաբերվել են Copia տարրերի շատ վերջերս պոռթկումներ Weining rye-ում 0,3 MYA-ով, մինչդեռ Gypsy RT-ների ուժեղացումները գերակշռում են ձևավորել LTR-RT պոռթկման դինամիկայի երկմոդալ բաշխման օրինաչափությունը:

3. Տարեկանի գենոմի էվոլյուցիայի և քրոմոսոմների սինթենիայի հետազոտություն

Տարեկանի և դիպլոիդ ցորենի միջև տարբերությունը տեղի է ունեցել գարու ցորենից բաժանումից հետո, ընդ որում երկու իրադարձությունների համար շեղման ժամանակները համապատասխանաբար կազմում են մոտավորապես 9.6 և 15 MYA:1R, 2R, 3R-ն ամբողջությամբ համակցված էին ցորենի 1, 2 և 3 խմբերի քրոմոսոմների հետ, համապատասխանաբար:4R, 5R, 6R, 7R հայտնաբերվել են լայնածավալ միաձուլումներ և հատվածներ:

4. Գենային կրկնօրինակումների վերլուծություն և դրանց ազդեցությունը օսլայի կենսասինթեզի գեների վրա

Հատկանշական է, որ Weining աշորայի հաջորդաբար կրկնվող գեների (TDGs) և proximally duplicated գեների (PDGs) թիվը երկուսն էլ ավելի մեծ էին, քան հայտնաբերվածները Tu, Aet, Hv, Bd և Os-ի համար:Փոխադրված կրկնօրինակված գեները (TrDGs) նույնպես ավելի շատ էին, քան հատուկ հայտնաբերվածները Tu-ի և Aet-ի համար:Տարեկանի գենոմի ընդլայնումը ուղեկցվում է գենային կրկնօրինակումների ավելի մեծ թվով:Աշորայի մեջ TE-ի աճը կարող է հանգեցրել TrDG-ների քանակի բարձրացման:

6-2

Տարեկանի գենոմի էվոլյուցիոն և քրոմոսոմային սինթենի վերլուծություն

7-2

Տարեկանի գեների կրկնօրինակումների վերլուծություն և դրանց ազդեցությունը օսլայի կենսասինթեզի հետ կապված գեների (SBRGs) բազմազանության վրա

5. Տարեկանի սերմերի պահպանման սպիտակուցի (SSP) գենային տեղաբաշխման դիսեկցիա

Չորս քրոմոսոմային տեղամասեր (Sec-1-ից Sec-4), որոնք նշում են տարեկանի SSP-ները, հայտնաբերվել են 1R կամ 2R-ի վրա:α-գլիադինի գեները միայն վերջերս են ձևավորվել ցորենի և սերտորեն կապված տեսակների մեջ՝ ցորենի տարանջատումից հետո:

6. Տրանսկրիպցիոն գործոնի (TF) և հիվանդությունների դիմադրության գեների հետազոտություն

8

Տարեկանի սեկալինի տեղանքների վերլուծություն

Աշորան ուներ ավելի շատ հիվանդությունների դիմադրության հետ կապված (DRA) գեներ (1,989, լրացուցիչ տվյալներ 3), քան Tu (1,621), Aet (1,758), Hv (1,508), Bd (1,178), Os (1,575) և A (1,836): Սովորական ցորենի B (1728) և D (1888) ենթագենոմները։

9-1024x449

7. Վաղ վերնագրի հատկանիշի հետ կապված գենային արտահայտման առանձնահատկությունների ուսումնասիրություն

Երկար օրվա պայմաններում համեմատաբար բարձր արտահայտվածությամբ երկու FT գեներ՝ ScFT1 և ScFT2, նշվել են Weining գենոմի հավաքման մեջ:Հայտնաբերվել է, որ ScFT2 (S76 և T132) ֆոսֆորիլացման երկու ամինաթթուների մնացորդներ կապված են ժամանակի վերահսկման հետ

10

Զարգացման և գենային արտահայտման առանձնահատկությունները կապված են Վայնինգ տարեկանի վաղ վերնագրի հատկանիշի հետ

8. Քրոմոսոմային շրջանների և տեղանքների արդյունահանում, որոնք պոտենցիալ ներգրավված են տարեկանի ընտելացման մեջ

Ընդհանուր առմամբ 123,647 SNP-ներ են օգտագործվել աճեցված տարեկանի և S. vavilovii-ի միջև սելեկտիվ մաքրման վերլուծություն իրականացնելու համար:11 ընտրովի մաքրման ազդանշաններ, որոնք բացահայտված են կրճատման ինդեքսով (DRI), ամրագրման ինդեքսով (FST) և XP-CLR մեթոդով:Հայտնաբերվել է, որ ScID1-ը հնարավոր է մասնակցություն վերնագրի ամսաթվի կարգավորմանը:

11

Տարեկանի ընտելացման հետ պոտենցիալ առնչվող քրոմոսոմային շրջանների և տեղանքների նույնականացում և վերլուծություն

Հղում

Li GW et al.Բարձրորակ գենոմի հավաքը ընդգծում է տարեկանի գենոմային բնութագրերը և ագրոնոմիկ կարևոր գեները:Բնության գենետիկա (2021)

Նորություններ և կարևոր իրադարձություններ նպատակն է կիսել վերջին հաջողված դեպքերը Biomarker Technologies-ի հետ՝ ֆիքսելով նոր գիտական ​​ձեռքբերումները, ինչպես նաև ուսումնասիրության ընթացքում կիրառվող նշանավոր տեխնիկան:


Հրապարակման ժամանակը՝ Հունվար-05-2022

Ուղարկեք ձեր հաղորդագրությունը մեզ.