Metagenomic Sequencing-Nanopore
Ծառայության առավելությունները
● Բարձրորակ հավաքում- Տեսակների նույնականացման և ֆունկցիոնալ գեների կանխատեսման ճշգրտության բարձրացում
● Բակտերիալ գենոմի փակ մեկուսացում
● Ավելի հզոր և հուսալի կիրառություն տարբեր ոլորտներում, օրինակ՝ պաթոգեն միկրոօրգանիզմների կամ հակաբիոտիկների նկատմամբ դիմադրողականության հետ կապված գեների հայտնաբերում
● Համեմատական մետագենոմի վերլուծություն
Ծառայության բնութագրերը
| Հարթակ | Հերթականություն | Առաջարկվող տվյալներ | Շրջադարձի ժամանակը |
| Նանոպոր | ՕՆՏ | 6 Գ/10 Գ | 65 աշխատանքային օր |
Կենսաինֆորմատիկական վերլուծություններ
● Հում տվյալների որակի վերահսկում
● Մետագենոմի հավաքում
● Ոչ ավելորդ գեների հավաքածու և անոտացիա
● Տեսակների բազմազանության վերլուծություն
● Գենետիկ ֆունկցիաների բազմազանության վերլուծություն
● Միջխմբային վերլուծություն
● Ասոցիացիայի վերլուծություն փորձարարական գործոնների դեմ
Նմուշի պահանջներ և առաքում
Նմուշի պահանջներ և առաքում
Նմուշի պահանջներ.
ՀամարԴՆԹ-ի քաղվածքներ:
| Նմուշի տեսակը | Գումարը | Համակենտրոնացում | Մաքրություն |
| ԴՆԹ-ի քաղվածքներ | 1-1,5 մկգ | ＞ 20 նգ/մլ | OD260/280= 1,6-2,5 |
Բնապահպանական նմուշների համար.
| Նմուշի տեսակը | Առաջարկվող նմուշառման կարգը |
| Հող | Նմուշառման քանակը՝ մոտ.5 գ;Մնացած չորացած նյութը պետք է հեռացվի մակերեսից.Մանրացրեք խոշոր կտորները և անցեք 2 մմ ֆիլտրով;Առանձին նմուշներ ստերիլ EP-խողովակում կամ ցիրոխողովակում ամրագրման համար: |
| Կղանք | Նմուշառման քանակը՝ մոտ.5 գ;Հավաքեք և տարանջատեք նմուշները ստերիլ EP-խողովակում կամ կրիոտողովակում՝ ամրագրման համար: |
| Աղիքային պարունակությունը | Նմուշները պետք է մշակվեն ասեպտիկ պայմաններում:Լվացեք հավաքված հյուսվածքը PBS-ով;Ցենտրիֆուգեք PBS-ը և հավաքեք նստվածքը EP-խողովակներում: |
| տիղմ | Նմուշառման քանակը՝ մոտ.5 գ;Հավաքեք և բաժանեք տիղմի նմուշը ստերիլ EP-խողովակում կամ կրիոտողովակում՝ ամրագրման համար |
| Ջրային մարմին | Մանրէների սահմանափակ քանակով նմուշի համար, ինչպիսիք են ծորակից ջուրը, ջրհորի ջուրը և այլն, հավաքեք առնվազն 1 լ ջուր և անցեք 0,22 մկմ ֆիլտրով՝ թաղանթի վրա մանրէները հարստացնելու համար:Պահպանեք թաղանթը ստերիլ խողովակի մեջ: |
| Մաշկ | Զգուշորեն քերեք մաշկի մակերեսը ստերիլ բամբակյա շվաբրով կամ վիրահատական շեղբով և դրեք այն ստերիլ խողովակի մեջ: |
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Նմուշները սառեցրեք հեղուկ ազոտի մեջ 3-4 ժամ և պահեք հեղուկ ազոտում կամ -80 աստիճանով մինչև երկարաժամկետ պահպանում:Պահանջվում է նմուշի առաքում չոր սառույցով:
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Նմուշի առաքում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
1. Ջերմային քարտեզ. Տեսակների հարստության կլաստերավորում
2. Ֆունկցիոնալ գեներ, որոնք նշում են KEGG նյութափոխանակության ուղիները
3. Տեսակների հարաբերակցության ցանց
4. CARD հակաբիոտիկների դիմադրության գեների ցիրկոսներ
BMK գործ
Nanopore metagenomics-ը թույլ է տալիս արագ կլինիկական ախտորոշել ստորին շնչուղիների բակտերիալ վարակը
Հրապարակված է:Բնության կենսատեխնոլոգիա, 2019 թ
Տեխնիկական կարևորագույն կետեր
Հաջորդականություն՝ Nanopore MinION
Կլինիկական մետագենոմիկայի կենսաինֆորմատիկա. հյուրընկալող ԴՆԹ-ի սպառում, WIMP և ARMA վերլուծություն
Արագ հայտնաբերում` 6 ժամ
Բարձր զգայունություն՝ 96.6%
Հիմնական արդյունքներ
2006 թվականին ստորին շնչուղիների վարակը (LR) ամբողջ աշխարհում 3 միլիոն մարդու մահվան պատճառ դարձավ:LR1 պաթոգեն հայտնաբերելու տիպիկ մեթոդը մշակումն է, որն ունի վատ զգայունություն, երկար շրջադարձային ժամանակաշրջան և վաղ հակաբիոտիկ թերապիայի ուղեցույցի բացակայություն:Արագ և ճշգրիտ մանրէաբանական ախտորոշումը վաղուց հրատապ անհրաժեշտություն է:Դոկտոր Ջասթինը Արևելյան Անգլիայի համալսարանից և նրա գործընկերները հաջողությամբ մշակել են պաթոգենների հայտնաբերման Nanopore-ի վրա հիմնված մետագենոմիկ մեթոդ:Ըստ նրանց աշխատանքի ընթացքի՝ հյուրընկալող ԴՆԹ-ի 99,99%-ը կարող է սպառվել:Պաթոգենների և հակաբիոտիկների դիմացկուն գեների հայտնաբերումը կարող է ավարտվել 6 ժամում:
Հղում
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Nanopore metagenomics-ը թույլ է տալիս արագ կլինիկական ախտորոշել ստորին շնչուղիների բակտերիալ վարակը:Բնության կենսատեխնոլոգիա, 37(7), 1:
