Metagenomic Sequencing -NGS
Ծառայության առավելությունները
● Մեկուսացում և մշակում առանց մանրէաբանական համայնքի պրոֆիլավորման համար
● Բնապահպանական նմուշներում ցածր առատ տեսակների հայտնաբերման բարձր լուծաչափություն
● «Մետա»-ի գաղափարը միավորում է բոլոր կենսաբանական հատկանիշները ֆունկցիոնալ մակարդակի, տեսակների մակարդակի և գենի մակարդակում, որն արտացոլում է իրականությանը ավելի մոտ դինամիկ տեսակետ:
● BMK-ն հսկայական փորձ է կուտակում տարբեր նմուշների տեսակներում՝ մշակված ավելի քան 10,000 նմուշներով:
Ծառայության բնութագրերը
| Հարթակ | Հերթականություն | Առաջարկվող տվյալներ | Շրջադարձի ժամանակը |
| Illumina NovaSeq հարթակ | PE150 | 6 Գ/10 Գ/20 Գ | 45 աշխատանքային օր |
Կենսաինֆորմատիկական վերլուծություններ
● Հում տվյալների որակի վերահսկում
● Մետագենոմի հավաքում
● Ոչ ավելորդ գեների հավաքածու և անոտացիա
● Տեսակների բազմազանության վերլուծություն
● Գենետիկ ֆունկցիաների բազմազանության վերլուծություն
● Միջխմբային վերլուծություն
● Ասոցիացիայի վերլուծություն փորձարարական գործոնների դեմ
Նմուշի պահանջներ և առաքում
Նմուշի պահանջներ.
ՀամարԴՆԹ-ի քաղվածքներ:
| Նմուշի տեսակը | Գումարը | Համակենտրոնացում | Մաքրություն |
| ԴՆԹ-ի քաղվածքներ | ＞ 30 նգ | ＞ 1 նգ/մլ | OD260/280= 1,6-2,5 |
Բնապահպանական նմուշների համար.
| Նմուշի տեսակը | Առաջարկվող նմուշառման կարգը |
| Հող | Նմուշառման քանակը՝ մոտ.5 գ;Մնացած չորացած նյութը պետք է հեռացվի մակերեսից.Մանրացրեք խոշոր կտորները և անցեք 2 մմ ֆիլտրով;Առանձին նմուշներ ստերիլ EP-խողովակում կամ ցիրոխողովակում ամրագրման համար: |
| Կղանք | Նմուշառման քանակը՝ մոտ.5 գ;Հավաքեք և տարանջատեք նմուշները ստերիլ EP-խողովակում կամ կրիոտողովակում՝ ամրագրման համար: |
| Աղիքային պարունակությունը | Նմուշները պետք է մշակվեն ասեպտիկ պայմաններում:Լվացեք հավաքված հյուսվածքը PBS-ով;Ցենտրիֆուգեք PBS-ը և հավաքեք նստվածքը EP-խողովակներում: |
| տիղմ | Նմուշառման քանակը՝ մոտ.5 գ;Հավաքեք և տարանջատեք տիղմի նմուշը ստերիլ EP-խողովակում կամ կրիոտողովում՝ ամրագրման համար |
| Ջրային մարմին | Մանրէների սահմանափակ քանակով նմուշի համար, ինչպիսիք են ծորակից ջուրը, ջրհորի ջուրը և այլն, հավաքեք առնվազն 1 լ ջուր և անցեք 0,22 մկմ ֆիլտրով՝ թաղանթի վրա մանրէները հարստացնելու համար:Պահպանեք թաղանթը ստերիլ խողովակի մեջ: |
| Մաշկ | Զգուշորեն քերեք մաշկի մակերեսը ստերիլ բամբակյա շվաբրով կամ վիրահատական շեղբով և դրեք այն ստերիլ խողովակի մեջ: |
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Նմուշները սառեցրեք հեղուկ ազոտի մեջ 3-4 ժամ և պահեք հեղուկ ազոտում կամ -80 աստիճանով մինչև երկարաժամկետ պահպանում:Պահանջվում է նմուշի առաքում չոր սառույցով:
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Նմուշի առաքում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
1. Հիստոգրամ. Տեսակների բաշխում
2. Ֆունկցիոնալ գեներ, որոնք նշում են KEGG նյութափոխանակության ուղիները
3. Ջերմային քարտեզ. դիֆերենցիալ ֆունկցիաներ՝ հիմնված գեների հարաբերական առատության վրա
4. CARD հակաբիոտիկների դիմադրության գեների ցիրկոսներ
BMK գործ
Հակաբիոտիկների դիմադրության գեների և բակտերիալ պաթոգենների տարածվածությունը հող-մանգրովի արմատային շարունակականության երկայնքով
Հրապարակված է:Journal of Hazardous Materials, 2021 թ
Հերթականության ռազմավարություն.
Նյութեր՝ մանգրոյի արմատի հետ կապված նմուշների չորս բեկորների ԴՆԹ քաղվածքներ՝ չտնկված հող, ռիզոսֆերա, էպիսֆերա և էնդոսֆերային բաժանմունքներ
Հարթակ՝ Illumina HiSeq 2500
Թիրախները՝ մետագենոմ
16S rRNA գենի V3-V4 շրջան
Հիմնական արդյունքներ
Մանգրովի տնկիների հող-արմատային շարունակականության վրա մետագենոմիական հաջորդականությունը և մետաշտրիխ պրոֆիլավորումը մշակվել են՝ ուսումնասիրելու հակաբիոտիկների դիմադրողականության գեների (ARGs) տարածումը հողից բույսեր:Մետագենոմիկ տվյալները ցույց են տվել, որ հակաբիոտիկների նկատմամբ կայունության գեների 91.4%-ը սովորաբար հայտնաբերվել է վերը նշված հողի բոլոր չորս հատվածներում, որոնք ցույց են տվել շարունակական ձև:16S rRNA ամպլիկոնի հաջորդականությունը ստեղծեց 29285 հաջորդականություն, որոնք ներկայացնում են 346 տեսակ:Համակցվելով ամպլիկոնների հաջորդականությամբ տեսակների պրոֆիլավորման հետ՝ պարզվեց, որ այս տարածումը անկախ է արմատի հետ կապված միկրոբիոտայից, այնուամենայնիվ, այն կարող է նպաստել գենետիկական տարրերի շարժունակությանը:Այս ուսումնասիրությունը բացահայտեց ARG-ների և պաթոգենների հոսքը հողից դեպի բույսեր փոխկապակցված հող-արմատ շարունակականության միջոցով:
Տեղեկանք
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020):Հակաբիոտիկների նկատմամբ կայունության գեների և բակտերիաների պաթոգենների տարածվածությունը հող-մանգրովի արմատների շարունակականության երկայնքով:Վտանգավոր նյութերի ամսագիր, 408 թ, 124985։
