Երկար չկոդավորող հաջորդականություն-Illumina
Ծառայության առավելությունները
● Ծառայության առավելությունները
● Բջջային և հյուսվածքային հատուկ
● Հատուկ փուլն արտահայտում և ներկայացնում է արտահայտության դինամիկ փոփոխություն
● Ժամանակի և տարածության արտահայտման ճշգրիտ օրինաչափություններ
● Համատեղ վերլուծություն mRNA տվյալների հետ:
● BMKCloud-ի վրա հիմնված արդյունքների առաքում. հարմարեցված տվյալների մշակում հասանելի է հարթակում:
● Վաճառքից հետո ծառայությունները գործում են 3 ամիս ծրագրի ավարտից հետո
Նմուշի պահանջներ և առաքում
| Գրադարան | Հարթակ | Առաջարկվող տվյալներ | Տվյալների QC |
| rRNA-ի սպառում | Illumina PE150 | 10 Գբ | Q30≥85% |
| խտ. (նգ/մլ) | Գումարը (մկգ) | Մաքրություն | Անարատություն |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Գելի վրա ցուցադրված է սպիտակուցի կամ ԴՆԹ-ի սահմանափակ կամ ոչ աղտոտվածություն: | Բույսերի համար՝ RIN≥6.5; Կենդանիների համար՝ RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; սահմանափակ կամ առանց բազային բարձրության |
Նուկլեոտիդներ:
Հյուսվածք՝ Քաշ (չոր)՝ ≥1 գ
*5 մգ-ից փոքր հյուսվածքի համար խորհուրդ ենք տալիս ուղարկել ֆլեշ սառեցված (հեղուկ ազոտի մեջ) հյուսվածքի նմուշ:
Բջջային կասեցում. բջիջների քանակը = 3×107
*Խորհուրդ ենք տալիս առաքել սառեցված բջիջների լիզատ:Այն դեպքում, երբ այդ բջիջը 5×10-ից փոքր է5, խորհուրդ է տրվում սառեցված հեղուկ ազոտի մեջ:
Արյան նմուշներ.
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIZol և 2mL արյուն (TRIzol:Blood=3:1)
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Բեռնարկղ՝ 2 մլ ցենտրիֆուգային խողովակ (անագե փայլաթիթեղը խորհուրդ չի տրվում)
Նմուշի պիտակավորում. Խումբ+կրկնօրինակ, օրինակ՝ A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Բարձում:
1. Չոր սառույց. նմուշները պետք է փաթեթավորվեն տոպրակների մեջ և թաղվեն չոր սառույցի մեջ:
2.ՌՆԹ կայուն խողովակներ. ՌՆԹ-ի նմուշները կարելի է չորացնել ՌՆԹ կայունացնող խողովակում (օրինակ՝ RNAstable®) և ուղարկել սենյակային ջերմաստիճանում:
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Փորձի ձևավորում
Նմուշի առաքում
ՌՆԹ արդյունահանում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
Կենսաինֆորմատիկա
1.LncRNA դասակարգում
Վերոնշյալ չորս ծրագրերի կողմից կանխատեսված LncRNA-ն դասակարգվել է 4 կատեգորիայի՝ lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;զգայական-LncRNA.LncRNA դասակարգումը ցուցադրվել է ստորև ներկայացված հիստոգրամում:
LncRNA դասակարգում
2. DE-lncRNA հարստացման վերլուծության Cis-ուղղված գեներ
ClusterProfiler-ը կիրառվել է GO-ի հարստացման վերլուծության մեջ դիֆերենցիալ արտահայտված lncRNA-ի (DE-lncRNA) cis-ուղղված գեների վրա՝ կենսաբանական գործընթացների, մոլեկուլային ֆունկցիաների և բջջային բաղադրիչների առումով:GO հարստացման վերլուծությունը գործընթաց է, որը թույլ է տալիս բացահայտել DEG-ով ուղղված զգալիորեն հարստացված GO տերմինները՝ ամբողջ գենոմի համեմատ:Հարստացված տերմինները ներկայացված են հիստոգրամով, պղպջակների գծապատկերով և այլն, ինչպես ցույց է տրված ստորև:
DE-lncRNA հարստացման վերլուծության Cis-ուղղված գեներ - Bubble chart
3. Համեմատելով mRNA-ի և lncRNA-ի երկարությունը, էկզոնի թիվը, ORF-ը և արտահայտման քանակը՝ մենք կարող ենք հասկանալ դրանց կառուցվածքի, հաջորդականության և այլնի տարբերությունները, ինչպես նաև ստուգել, թե արդյոք մեր կողմից կանխատեսված նոր lncRNA-ն համապատասխանում է ընդհանուր բնութագրերին:
BMK գործ
Ապակարգավորված lncRNA արտահայտման պրոֆիլը մկների թոքերի ադենոկարցինոմայում KRAS-G12D մուտացիայով և P53 նոկաուտով
Հրապարակված է:Բջջային և մոլեկուլային բժշկության ամսագիր,2019թ
Հերթականության ռազմավարություն
Իլյումինա
Նմուշների հավաքածու
NONMMUT015812-նոկդաուն KP (shRNA-2) բջիջները և բացասական վերահսկողության (sh-Scr) բջիջները ստացվել են հատուկ վիրուսային վարակի 6-րդ օրը:
Հիմնական արդյունքներ
Այս ուսումնասիրությունը ուսումնասիրում է շեղված արտահայտված lncRNA-ները մկների թոքերի ադենոկարկինոմայում՝ P53 նոկաուտով և KrasG12D մուտացիայով:
1,6424 lncRNAs տարբեր կերպ են արտահայտվել (≥ 2 անգամ փոփոխություն, P <0,05):
2. Բոլոր 210 lncRNAs (FC≥8) 11 lncRNAs-ի արտահայտությունը կարգավորվել է համապատասխանաբար P53-ով, 33 lncRNAs KRAS-ով և 13 lncRNAs առաջնային KP բջիջներում հիպոքսիայով:
3.NONMMUT015812-ը, որը նկատելիորեն կարգավորվել է մկան թոքերի ադենոկարցինոմայում և բացասաբար կարգավորվել է P53-ի վերարտահայտմամբ, հայտնաբերվել է նրա բջջային ֆունկցիան վերլուծելու համար:
4. NONMMUT015812-ի նոկդաունը shRNA-ների կողմից նվազեցրեց KP բջիջների տարածման և միգրացիայի կարողությունները:NONMMUT015812-ը պոտենցիալ օնկոգեն էր:
 NONMMUT015812-նոկդաուն KP բջիջներում դիֆերենցիալ արտահայտված գեների KEGG ուղիների վերլուծություն |  NONMMUT015812-նոկդաուն KP բջիջներում դիֆերենցիալ արտահայտված գեների գենային գոյաբանական վերլուծություն |
Հղում
Ապակարգավորված lncRNA արտահայտման պրոֆիլը մկների թոքերի ադենոկարցինոմաներում՝ KRAS-G12D մուտացիայով և P53 նոկաուտով [J]:Բջջային և մոլեկուլային բժշկության ամսագիր, 2019, 23 (10):DOI: 10.1111/jcmm.14584
