Էվոլյուցիոն գենետիկա
Ծառայության առավելությունները
Takagi et al.,Բույսերի ամսագիր, 2013 թ
● Տեսակների դիվերգենցիայի ժամանակի և արագության գնահատում` հիմնված նուկլեոտիդների և ամինաթթուների մակարդակի տատանումների վրա
● Տեսակների միջև ավելի հուսալի ֆիլոգենետիկ կապի բացահայտում կոնվերգենտ էվոլյուցիայի և զուգահեռ էվոլյուցիայի նվազագույն ազդեցությամբ
● Գենետիկական փոփոխությունների և ֆենոտիպերի միջև կապի ստեղծում՝ գծերի հետ կապված գեները բացահայտելու համար
● Գենետիկական բազմազանության գնահատում, որն արտացոլում է տեսակների էվոլյուցիոն ներուժը
● Ավելի արագ շրջադարձային ժամանակ
● Մեծ փորձ. BMK-ն կուտակել է զանգվածային փորձ բնակչության և էվոլյուցիոն ոլորտի հետ կապված նախագծերում ավելի քան 12 տարի՝ ընդգրկելով հարյուրավոր տեսակներ և այլն, և մասնակցել է ավելի քան 80 բարձր մակարդակի նախագծերին, որոնք հրապարակվել են Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal և այլն:
Ծառայության բնութագրերը
Նյութեր:
Սովորաբար առաջարկվում է առնվազն երեք ենթապոպուլյացիաներ (օրինակ՝ ենթատեսակներ կամ շտամներ):Յուրաքանչյուր ենթապոպուլյացիան պետք է պարունակի ոչ պակաս, քան 10 առանձնյակ (բույսեր ＞15, կարող են կրճատվել հազվագյուտ տեսակների համար):
Հերթականության ռազմավարություն.
* WGS-ը կարող է կիրառվել բարձրորակ հղման գենոմով տեսակների համար, մինչդեռ SLAF-Seq-ը կիրառելի է կամ տեղեկատու գենոմով կամ առանց տեղեկատու գենոմով, կամ ցածր որակի տեղեկատու գենոմով տեսակների համար:
| Կիրառելի է գենոմի չափի համար | WGS | SLAF-Տեգեր (×10000) |
| ≤ 500 Մբ | 10×/անհատ | WGS-ն ավելի խորհուրդ է տրվում |
| 500 Մբ - 1 Գբ | 10 | |
| 1 Գբ - 2 Գբ | 20 | |
| ≥2 Գբ | 30 |
Կենսաինֆորմատիկական վերլուծություններ
● Էվոլյուցիոն վերլուծություն
● Ընտրովի մաքրում
● Գենային հոսք
● Ժողովրդագրական պատմություն
● Դիվերգենցիա ժամանակ
Նմուշի պահանջներ և առաքում
Նմուշի պահանջներ.
| Տեսակներ | Հյուսվածք | WGS-NGS | SLAF |
| Կենդանական
| Վիսցերալ հյուսվածք |
0,5-1 գ
|
0,5 գ
|
| Մկանային հյուսվածք | |||
| Կաթնասունների արյուն | 1,5 մլ
| 1,5 մլ
| |
| Թռչնի/Ձկան արյուն | |||
| Գործարան
| Թարմ տերեւ | 1~2 գ | 0,5-1 գ |
| Ծաղկաթերթ/ցողուն | |||
| Արմատ/Սերմ | |||
| Բջիջներ | Մշակված բջիջ |
| gDNA | Համակենտրոնացում | Գումարը (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Փորձի ձևավորում
Նմուշի առաքում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
*Այստեղ ցուցադրված ցուցադրական արդյունքները բոլորը BMKGENE-ով հրապարակված գենոմներից են
1. Էվոլյուցիոն վերլուծությունը պարունակում է ֆիլոգենետիկ ծառի, պոպուլյացիայի կառուցվածքի և PCA-ի կառուցում՝ հիմնված գենետիկ տատանումների վրա:
Ֆիլոգենետիկ ծառը ներկայացնում է ընդհանուր նախահայր ունեցող տեսակների տաքսոնոմիկ և էվոլյուցիոն հարաբերությունները:
PCA-ն նպատակ ունի պատկերացնել ենթապոպուլյացիաների միջև մտերմությունը:
Բնակչության կառուցվածքը ցույց է տալիս գենետիկորեն տարբեր ենթապոպուլյացիայի առկայությունը ալելների հաճախականության առումով:
Չենը և այլն:ալ.,PNAS, 2020 թ
2. Ընտրովի ավլում
Ընտրովի մաքրումը վերաբերում է մի գործընթացին, որով ընտրվում է շահավետ կայք և ավելանում են կապված չեզոք կայքերի հաճախականությունները, իսկ չկապակցված կայքերի հաճախականությունը նվազում է, ինչը հանգեցնում է տարածաշրջանի կրճատմանը:
Ընտրովի մաքրման շրջաններում գենոմի հայտնաբերումը մշակվում է՝ հաշվարկելով բոլոր SNP-ների բնակչության գենետիկական ինդեքսը (π，Fst, Tajima's D) սահող պատուհանում (100 Կբ) որոշակի քայլում (10 Կբ):
Նուկլեոտիդների բազմազանություն (π）
Տաջիմայի Դ
Ֆիքսացիոն ինդեքս (Fst)
Վու, և.ալ.,Մոլեկուլային գործարան, 2018 թ
3. Gene Flow
Վու, և.ալ.,Մոլեկուլային գործարան, 2018 թ
4. Ժողովրդագրական պատմություն
Ժանգը և այլն։ալ.,Բնության էկոլոգիա և էվոլյուցիա, 2021 թ
5. Շեղման ժամանակը
Ժանգը և այլն։ալ.,Բնության էկոլոգիա և էվոլյուցիա, 2021 թ
BMK գործ
Գենոմային տատանումների քարտեզը պատկերացումներ է տալիս գարնանային չինական կաղամբի (Brassica rapa ssp. Pekinensis) ընտրության գենետիկական հիմքի մասին:
Հրապարակված է: Մոլեկուլային գործարան, 2018 թ
Հերթականության ռազմավարություն.
Resequencing՝ հաջորդականության խորությունը՝ 10×
Հիմնական արդյունքներ
Այս հետազոտության ընթացքում 194 չինական կաղամբ վերամշակվել է 10× միջին խորությամբ վերասարքավորման համար, որը տվել է 1,208,499 SNP և 416,070 InDels:Այս 194 տողերի ֆիլոգենետիկ վերլուծությունը ցույց է տվել, որ այդ գծերը կարելի է բաժանել երեք էկոտիպերի՝ գարնանային, ամառային և աշնանային:Բացի այդ, բնակչության կառուցվածքը և PCA-ի վերլուծությունը ցույց տվեցին, որ գարնանային չինական կաղամբը ծագել է Չինաստանի Շանդուն քաղաքի աշնանային կաղամբից:Հետագայում դրանք ներմուծվեցին Կորեա և Ճապոնիա, խաչվեցին տեղական գծերի հետ, և դրանցից որոշ ուշ պտտվող սորտեր վերադարձվեցին Չինաստան և վերջապես դարձան գարնանային չինական կաղամբ:
Գարնանային չինական կաղամբների և աշնանային կաղամբների վրա գենոմի սկանավորումը բացահայտեց 23 գենոմային տեղանքներ, որոնք անցել են ուժեղ ընտրության միջով, որոնցից երկուսը համընկնում էին պտտման ժամանակի վերահսկման շրջանի հետ՝ հիմնված QTL-ի քարտեզագրման վրա:Պարզվել է, որ այս երկու շրջանները պարունակում են հիմնական գեներ, որոնք կարգավորում են ծաղկումը` BrVIN3.1 և BrFLC1:Այս երկու գեները հետագայում հաստատվել են, որ ներգրավված են պտտման ժամանակում՝ տրանսկրիպտոմային ուսումնասիրության և տրանսգենային փորձերի միջոցով:
 Բնակչության կառուցվածքի վերլուծություն չինական կաղամբի վրա |  Գենետիկական տեղեկատվություն չինական կաղամբի ընտրության վերաբերյալ |
Tongbing, et al.«Գենոմային տատանումների քարտեզը պատկերացումներ է տալիս գարնանային չինական կաղամբի (Brassica rapa ssp.pekinensis) ընտրության գենետիկ հիմքի վերաբերյալ»:Մոլեկուլային բույսեր,11 (2018):1360-1376 թթ.
