ԴՆԹ/ՌՆԹ հաջորդականություն - PacBio Sequencer
Հատկություններ
PacBio sequencer-ի հաջորդականացման երկու ռեժիմ՝ Continuous Long Read (CLR) և Circular Consensus Read (CCS)
| Հերթականության ռեժիմ | Գրադարանի չափը | Տեսական տվյալներԵլք (մեկ բջջի հաշվով) | Մեկ հիմքովՃշգրտություն | Դիմումներ |
| CLR | 20Kb, 30Kb և այլն: | 80 Գբ-ից մինչև 130 Գբ | Մոտ.85% | De novo, SV զանգ և այլն: |
| CCS | 15-20 Կբ | 14-ից 40 Գբ/բջջ (շարունակություն II) 70-ից 110 Գբ/բջջ (Revio) Կախված նմուշներից | Մոտ.99% | De novo, SNP/Indel/SV զանգ, Iso-Seq, |
Revio-ի և Sequel II-ի կատարման և առանձնահատկությունների համեմատություն
| Պայմանները | Շարունակություն II համակարգ | Revio համակարգ | Աճ |
| Ավելի բարձր խտություն | 8 միլիոն ZMW | 25 միլիոն ZMW | 3x |
| Անկախ փուլեր | 1 | 4 | 4x |
| Ավելի կարճ ժամկետներ | 30 ժամ | 24 ժամ | 1,25x |
| 30X HiFi մարդու գենոմներ / տարի | 88 | 1300 | 15 անգամ ընդհանուր |
Ծառայության առավելությունները
● PacBio հաջորդականության հարթակում ավելի քան 8 տարվա փորձ՝ տարբեր տեսակների հազարավոր փակ նախագծերով:
● Լիովին հագեցած PacBio Sequencing-ի վերջին պլատֆորմներով, Revio-ն երաշխավորում է հաջորդականության բավարար թողունակությունը:
● Շրջադարձի ավելի արագ ժամանակ, ավելի մեծ տվյալների ստացում և ավելի ճշգրիտ տվյալներ:
● Մասնակցել է PacBio-ի վրա հիմնված հարյուրավոր մեծ ազդեցություն ունեցող հրատարակություններին:
Նմուշի պահանջներ
| Նմուշի տեսակը | Գումարը | Համակենտրոնացում (Qubit®) | Ծավալը | Մաքրություն | Մյուսները |
| Գենոմային ԴՆԹ | Կախված տվյալների պահանջից | ≥50 նգ/մլ | ≥15 մկլ | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5; Մաքուր գագաթնակետը 260 նմ,ոչ մի աղտոտվածություն | Համակենտրոնացումը պետք է չափվի Qubit-ով և Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 |
| Ընդհանուր ՌՆԹ | ≥1,2 մկգ | ≥120 նգ/մլ | ≥15 մկլ | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5;ոչ մի աղտոտվածություն | RIN արժեքը ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Նմուշի պատրաստում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Ծրագրի առաքում
1. Ներքին տվյալների եկամտաբերություն
63 CCS բջիջներից ստացված տվյալներ (26 տեսակներից)
| ՏՎՅԱԼՆԵՐ-PacBio-CCS-15 Կբ | Միջին | Մաքս | Min | Միջին |
| Եկամտաբերություն - ենթաընթերցումներ (Գբ) | 421.12 | 544,27 | 221.38 | 426,58 |
| Յիլեդ - CCS (Գբ) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Պոլիմերազ N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144689 |
| Ենթաընթերցումներ N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17584 |
| CCS N50 | 14490 | 19034 | 9876 | 14747 |
| Միջին երկարությունը - Պոլիմերազ | 67,995 | 89,379 | 49664 | 66433 |
| Միջին երկարությունը- Ենթահաց | 15866 | 21036 | 11657 | 16012 |
| Միջին երկարությունը-CCS | 14,489 | 19074 | 8575 | 14655 |
16 CLR բջիջներից ստացված տվյալներ (76 տեսակներից)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Միջին | Մաքս | Min | Միջին |
| Եկամտաբերություն - ենթաընթերցումներ (Գբ) | 142.20 | 291.40 | 50,55 | 142.49 |
| Պոլիմերազ N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35231 |
| Ենթաընթերցումներ N50 | 28490 | 41,012 | 14430 | 29063 |
| Միջին երկարությունը - Պոլիմերազ | 22063 | 48886 | 8747 | 21,555 |
| Միջին երկարությունը- Ենթահաց | 17720 | 27225 | 8293 | 17779 |
2.Տվյալների QC – ԴեմոՏվյալների եկամտաբերության վիճակագրություն
| Նմուշ | ccs Կարդում է համարը | Ընդհանուր ccs հիմքերը (bp) | ccs ընթերցումներ N50 (bp) | ccs միջին երկարություն (bp) | ccs Ամենաերկար կարդացված (bp) | ենթաընթերցումներ Հիմքեր (bp) | ccs տոկոսադրույքը (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15728 | 15726 | 36110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
