-
Kromatin immunprecipitációs szekvenálás (ChIP-seq)
A ChIP-Seq biztosítja a DNS-célpontok genomszintű profilozását hisztonmódosításhoz, transzkripciós faktorokhoz és más DNS-hez kapcsolódó fehérjékhez.Egyesíti a kromatin immunprecipitáció (ChIP) szelektivitását a specifikus fehérje-DNS komplexek visszanyerésére, valamint a következő generációs szekvenálás (NGS) erejét a kinyert DNS nagy áteresztőképességű szekvenálásához.Ezen túlmenően, mivel a fehérje-DNS komplexeket élő sejtekből nyerik ki, a kötőhelyek összehasonlíthatók különböző sejttípusokban és szövetekben, vagy eltérő körülmények között.Az alkalmazások a transzkripciós szabályozástól a fejlődési utakon át a betegségmechanizmusokig és azon túl is terjednek.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Metagenomikus szekvenálás -NGS
A metagenom egy vegyes organizmusközösség teljes genetikai anyagának gyűjteményére utal, mint például a környezeti metagenom, az emberi metagenom stb. Mind tenyészthető, mind nem tenyészthető mikroorganizmusok genomjait tartalmazza.A metagenomikus szekvenálás a környezeti mintákból kinyert vegyes genomiális anyagok elemzésére szolgáló molekuláris eszköz, amely részletes információkat nyújt a fajok diverzitásáról és abundanciájáról, a populáció szerkezetéről, a filogenetikai rokonságról, a funkcionális génekről és a környezeti tényezőkkel való korrelációs hálózatról.
Felület:Illumina NovaSeq platform
-
Metagenomikus szekvenálás-nanopórus
A Metagenomics a környezeti mintákból kinyert vegyes genomi anyagok elemzésére használt molekuláris eszköz, amely részletes információkat nyújt a fajok sokféleségéről és abundanciájáról, a populáció szerkezetéről, a filogenetikai kapcsolatról, a funkcionális génekről és a környezeti tényezőkkel való korrelációs hálózatról stb. metagenomikai vizsgálatokhoz.Az olvasási hosszban nyújtott kiemelkedő teljesítménye nagymértékben javította a lefelé irányuló metagenomikai elemzést, különösen a metagenom összeállítást.Az olvasási hossz előnyeit kihasználva a Nanopore alapú metagenomikai vizsgálat folyamatosabb összeszerelést tesz lehetővé, mint a sörétes metagenomikával.Kiadták, hogy a nanopórus alapú metagenomika sikeresen generált teljes és zárt bakteriális genomokat mikrobiomokból (Moss, EL, et. al,Természet Biotech, 2020)
Felület:Nanopore PromethION P48
-
A teljes genom biszulfit szekvenálása
A citozin (5-mC) ötödik pozíciójában lévő DNS-metiláció alapvetően befolyásolja a génexpressziót és a sejtaktivitást.A rendellenes metilációs mintázatokat számos állapothoz és betegséghez, például rákhoz kapcsolták.A WGBS a genomszintű metiláció egybázisú felbontású tanulmányozásának aranyszabványává vált.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Transzpozáz-hozzáférhető kromatin vizsgálata nagy áteresztőképességű szekvenálással (ATAC-seq)
Az ATAC-seq egy nagy áteresztőképességű szekvenálási módszer a genomszintű kromatin hozzáférhetőségének elemzésére, amely fontos a génexpresszió globális epigenetikai szabályozásában.A szekvenáló adaptereket a hiperaktív Tn5 transzpozáz a nyitott kromatin régiókba helyezi be.A PCR-amplifikáció után egy szekvenáló könyvtárat készítünk.Az összes nyitott kromatin régió egy adott tér-idő körülmény között megszerezhető, nem csak egy transzkripciós faktor kötőhelyére vagy egy bizonyos hiszton módosított régióra korlátozva.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
A 16S és 18S rRNS-en lévő, erősen konzervált és hipervariábilis régiókat egyaránt tartalmazó alegység tökéletes molekuláris ujjlenyomat a prokarióta és eukarióta szervezetek azonosításához.A szekvenálás előnyeit kihasználva ezek az amplikonok megcélozhatók a konzervált részek alapján, és a hipervariábilis régiók teljes mértékben jellemezhetők a mikrobiális azonosításhoz, hozzájárulva a mikrobiális diverzitás-analízis, taxonómia, filogenetika stb. vizsgálatához. Egymolekula valós idejű (SMRT) ) a PacBio platform szekvenálása rendkívül pontos hosszú leolvasásokat tesz lehetővé, amelyek lefedhetik a teljes hosszúságú amplikonokat (kb. 1,5 Kb).A genetikai mező szélesebb látásmódja nagymértékben javította a fajok annotációjának felbontását a baktériumok vagy gombák közösségében.
Felület:PacBio folytatása II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
A 16S/18S/ITS amplikon szekvenálás célja, hogy feltárja a törzsfejlődést, a taxonómiát és a fajbőséget egy mikrobiális közösségben a háztartási genetikai markerek PCR-termékeinek vizsgálatával, amelyek mind erősen konverziós, mind hipervariábilis részeket tartalmaznak.A tökéletes molekuláris ujjlenyomatok Woeses és munkatársai (1977) általi bevezetése lehetővé teszi az izolációmentes mikrobióm-profilalkotást.A 16S (baktériumok), 18S (gombák) és a belső átírt spacer (ITS, gombák) szekvenálása lehetővé teszi mind a bőséges, mind a ritka és azonosítatlan fajok azonosítását.Ez a technológia széles körben alkalmazott és fő eszközzé vált a különböző környezetekben, például emberi szájban, belekben, székletben stb.
Felület:Illumina NovaSeq platform
-
Bakteriális és gombás teljes genom újraszekvenálása
A bakteriális és gombás teljes genom újraszekvenálása kritikus eszköz az ismert baktériumok és gombák genomjának kiegészítéséhez, valamint több genom összehasonlításához vagy új szervezetek genomjainak feltérképezéséhez.Nagyon fontos a baktériumok és gombák teljes genomjának szekvenálása a pontos referenciagenomok létrehozása, a mikrobiális azonosítás és egyéb összehasonlító genom vizsgálatok elvégzése érdekében.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
PacBio-teljes hosszúságú 16S/18S/ITS amplikon szekvenálás
Az Amplicon (16S/18S/ITS) platform a mikrobiális diverzitás projektelemzésben szerzett több éves tapasztalattal készült, amely szabványos alapelemzést és személyre szabott elemzést tartalmaz: az alapelemzés lefedi a jelenlegi mikrobiális kutatások főbb elemzési tartalmát, az elemzési tartalom gazdag és átfogó, és az elemzési eredményeket projektjelentések formájában mutatják be;A személyre szabott elemzés tartalma sokrétű.A minták kiválaszthatók és a paraméterek rugalmasan beállíthatók az alapelemzési jelentésnek és a kutatási célnak megfelelően, a személyre szabott igények megvalósításához.Windows operációs rendszer, egyszerű és gyors.
-
PacBio-teljes hosszúságú transzkriptum (nem referencia)
A Pacific Biosciences (PacBio) Isoform szekvenálási adatait bemenetként figyelembe véve ez az alkalmazás képes azonosítani a teljes hosszúságú átirat szekvenciákat (összeszerelés nélkül).A teljes hosszúságú szekvenciák referencia genommal való feltérképezésével a transzkriptumok ismert gének, transzkriptumok, kódoló régiók stb. segítségével optimalizálhatók. Ebben az esetben az mRNS-struktúrák pontosabb azonosítása érhető el, például alternatív splicing stb.Az NGS transzkripciós szekvenálási adatokkal végzett közös elemzés átfogóbb annotációt és pontosabb kvantifikációt tesz lehetővé az expresszió transzkriptum szintjén, ami nagymértékben előnyös a downstream differenciális expressziós és funkcionális elemzésben.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
A DNS-metiláció kutatása mindig is forró téma volt a betegségkutatásban, és szorosan kapcsolódik a génexpresszióhoz és a fenotípusos tulajdonságokhoz.Az RRBS egy pontos, hatékony és gazdaságos módszer a DNS-metiláció kutatására.A promoter és a CpG-sziget régiók enzimatikus hasítással (Msp I) történő feldúsítása, a biszulfit szekvenálással kombinálva, nagy felbontású DNS-metiláció detektálást biztosít.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Prokarióta mRNS szekvenálás
Az mRNS-szekvenálás lehetővé teszi az összes mRNS-transzkriptum átfogó profilalkotását a sejten belül meghatározott körülmények között.Ez az élvonalbeli technológia hatékony eszközként szolgál, feltárva a különféle biológiai folyamatokhoz kapcsolódó bonyolult génexpressziós profilokat, génstruktúrákat és molekuláris mechanizmusokat.Az alapkutatásban, a klinikai diagnosztikában és a gyógyszerfejlesztésben széles körben alkalmazott mRNS-szekvenálás betekintést nyújt a sejtdinamika és a genetikai szabályozás bonyolultságába.A prokarióta mRNS mintafeldolgozásunk a prokarióta transzkriptomokhoz van szabva, beleértve az rRNS kimerülését és az irányított könyvtár előkészítését.
Platform: Illumina NovaSeq X
