-
Egymagvú RNS szekvenálás
Az egysejt-rögzítés és az egyedi könyvtár-építési technika fejlődése a nagy áteresztőképességű szekvenálással kombinálva lehetővé teszi a génexpressziós vizsgálatokat sejtenként.Lehetővé teszi a komplex sejtpopulációk mélyebb és teljesebb rendszerelemzését, amelyben nagyrészt elkerüli heterogenitásuk elfedését az összes sejt átlagának felvételével.
Egyes sejtek azonban nem alkalmasak egysejt-szuszpenzió készítésére, ezért más minta-előkészítési módszerek – a szövetekből a sejtmag kivonása – szükségesek, vagyis a sejtmagot közvetlenül a szövetekből vagy sejtekből vonják ki, és egymagos szuszpenziót készítenek egy- sejt szekvenálás.
A BMK 10× Genomics ChromiumTM alapú egysejtű RNS szekvenáló szolgáltatást nyújt.Ezt a szolgáltatást széles körben használták olyan betegségekkel kapcsolatos vizsgálatokban, mint például az immunsejtek differenciálódása, a tumor heterogenitása, a szövetek fejlődése stb.
Térbeli transzkriptom chip: 10× Genomics
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Növény/állat teljes genom szekvenálása
A teljes genom újraszekvenálása, más néven WGS, lehetővé teszi a gyakori és ritka mutációk feltárását a teljes genomban, beleértve az egynukleotidos polimorfizmust (SNP), az inzerciós törlést (InDel), a szerkezeti variációt (SV) és a másolatszám-variációt (CNV). ).Az SV-k a variációs bázis nagyobb részét teszik ki, mint az SNP-k, és nagyobb hatást gyakorolnak a genomra, ami jelentős hatással van az élő szervezetekre.A hosszan leolvasott újraszekvenálás lehetővé teszi a nagy fragmentumok és bonyolult variációk pontosabb azonosítását, mivel a hosszú leolvasások sokkal könnyebbé teszik a kromoszómák keresztezését bonyolult régiókon, például tandem ismétlődéseken, GC/AT-ben gazdag régiókon és hipervariábilis régiókon.
Platform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 térbeli átírás
A térbeli transzkriptomika a tudományos innováció élvonalában áll, lehetővé téve a kutatók számára, hogy a szöveteken belüli bonyolult génexpressziós mintákba mélyedjenek, miközben megőrzik azok térbeli kontextusát.A BMKGene különféle platformok közepette kifejlesztette a BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chipet, amelyfokozott felbontás5 µM, eléri a szubcelluláris tartományt, és lehetővé teszitöbbszintű felbontás beállításai.A hozzávetőleg 2 millió folttal rendelkező S1000 chip mikrolyukakat alkalmaz, amelyek térben vonalkódolt rögzítő szondákkal töltött gyöngyökkel vannak rétegezve.Az S1000 chipből térbeli vonalkódokkal dúsított cDNS-könyvtárat készítenek, majd az Illumina NovaSeq platformon szekvenálják.A térben vonalkódolt minták és UMI-k kombinációja biztosítja a generált adatok pontosságát és specifikusságát.A BMKManu S1000 chip egyedülálló tulajdonsága a sokoldalúságban rejlik, többszintű felbontási beállításokat kínál, amelyek finoman hangolhatók a különböző szövetekhez és részletszintekhez.Ez az alkalmazkodóképesség a chipet kiemelkedő választássá teszi a különféle térbeli transzkriptomikai vizsgálatokhoz, precíz térbeli klaszterezést biztosítva minimális zajjal.
A BMKManu S1000 chip és más térbeli transzkriptomikai technológiák segítségével a kutatók jobban megérthetik a sejtek térbeli szerveződését és a szövetekben előforduló összetett molekuláris kölcsönhatásokat, így felbecsülhetetlen értékű betekintést nyerhetnek a biológiai folyamatok mögött meghúzódó mechanizmusokba számos területen, így pl. onkológia, idegtudomány, fejlődésbiológia, immunológia és botanikai tanulmányok.
Platform: BMKManu S1000 chip és Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
A térbeli transzkriptomika egy élvonalbeli technológia, amely lehetővé teszi a kutatók számára, hogy a szöveteken belüli génexpressziós mintázatokat vizsgálják, miközben megőrzik térbeli kontextusukat.Ebben a tartományban az egyik hatékony platform a 10x Genomics Visium Illumina szekvenálással párosulva.A 10X Visium elve egy speciális chipen rejlik, amely egy kijelölt rögzítési területtel rendelkezik, ahová a szövetmetszetek kerülnek.Ez a rögzítési terület vonalkódos foltokat tartalmaz, amelyek mindegyike a szöveten belüli egyedi térbeli helynek felel meg.A szövetből befogott RNS-molekulákat ezután egyedi molekuláris azonosítókkal (UMI-k) jelölik a reverz transzkripciós folyamat során.Ezek a vonalkódos foltok és UMI-k lehetővé teszik a génexpresszió pontos térbeli feltérképezését és mennyiségi meghatározását egysejt felbontásban.A térben vonalkódolt minták és UMI-k kombinációja biztosítja a generált adatok pontosságát és specifikusságát.A Spatial Transcriptomics technológia használatával a kutatók mélyebben megérthetik a sejtek térbeli szerveződését és a szövetekben végbemenő összetett molekuláris kölcsönhatásokat, felbecsülhetetlen értékű betekintést nyújtva a biológiai folyamatok mögött meghúzódó mechanizmusokba számos területen, beleértve az onkológiát, idegtudományt, fejlődésbiológiát, immunológiát. és botanikai tanulmányok.
Platform: 10X Genomics Visium és Illumina NovaSeq
-
Teljes hosszúságú mRNS szekvenálás - nanopórus
Míg az NGS-alapú mRNS szekvenálás sokoldalú eszközként szolgál a génexpresszió mennyiségi meghatározásához, a rövid leolvasásokra való támaszkodása korlátozza a hatékonyságát a komplex transzkriptomikai elemzésekben.A nanopórusos szekvenálás ezzel szemben hosszú leolvasási technológiát alkalmaz, lehetővé téve a teljes hosszúságú mRNS-transzkriptumok szekvenálását.Ez a megközelítés megkönnyíti az alternatív splicing, génfúziók, poliadeniláció és az mRNS izoformák számszerűsítésének átfogó feltárását.
A nanopórusos szekvenálás nanopórusos egymolekulás valós idejű elektromos jeleken alapul.A kétszálú DNS a motoros fehérjék által irányítva a biofilmbe ágyazott nanopórusos fehérjékhez kötődik, és feszültségkülönbség mellett letekercselődik, ahogy áthalad a nanopóruscsatornán.A DNS-szálon lévő különböző bázisok által generált megkülönböztető elektromos jeleket valós időben észlelik és osztályozzák, megkönnyítve a pontos és folyamatos nukleotidszekvenálást.Ez az innovatív megközelítés legyőzi a rövid olvasási korlátokat, és dinamikus platformot biztosít a bonyolult genomikai elemzéshez, beleértve az összetett transzkriptomikai vizsgálatokat.
Platform: Nanopore Promethion P48
-
Teljes hosszúságú mRNS szekvenálás - PacBio
Míg az NGS-alapú mRNS-szekvenálás sokoldalú eszköz a génexpresszió számszerűsítésére, a rövid leolvasásokra való támaszkodása korlátozza a komplex transzkriptomikai elemzésekben való használatát.A PacBio szekvenálás (Iso-Seq) ezzel szemben hosszú leolvasási technológiát alkalmaz, lehetővé téve a teljes hosszúságú mRNS-transzkriptumok szekvenálását.Ez a megközelítés megkönnyíti az alternatív splicing, génfúziók és poliadeniláció átfogó feltárását, bár a szükséges adatok nagy mennyisége miatt nem ez az elsődleges választás a génexpresszió mennyiségi meghatározásához.
A PacBio szekvenálási technológia egymolekulájú, valós idejű (SMRT) szekvenáláson alapul, amely határozott előnyt biztosít a teljes hosszúságú mRNS-transzkriptumok rögzítésében.Ez az innovatív megközelítés magában foglalja a nulla üzemmódú hullámvezetők (ZMW) használatát, mikrogyártással készült lyukakat, amelyek lehetővé teszik a DNS polimeráz aktivitásának valós idejű megfigyelését a szekvenálás során.Ezeken a ZMW-ken belül a PacBio DNS-polimeráza egy komplementer DNS-szálat szintetizál, és hosszú leolvasásokat generál, amelyek az mRNS-transzkriptumok teljes egészét lefedik.A PacBio működése Circular Consensus szekvenálás (CCS) módban növeli a pontosságot ugyanazon molekula ismételt szekvenálásával.A generált HiFi leolvasások pontossága az NGS-hez hasonló, ami tovább járul a komplex transzkriptomikai jellemzők átfogó és megbízható elemzéséhez.Platform: PacBio Sequel II
-
Eukarióta mRNS Sequencing-Illumina
Az mRNS-szekvenálás lehetővé teszi az összes mRNS-transzkriptum átfogó profilalkotását a sejten belül meghatározott körülmények között.Ez az élvonalbeli technológia hatékony eszközként szolgál, feltárva a különféle biológiai folyamatokhoz kapcsolódó bonyolult génexpressziós profilokat, génstruktúrákat és molekuláris mechanizmusokat.Az alapkutatásban, a klinikai diagnosztikában és a gyógyszerfejlesztésben széles körben alkalmazott mRNS-szekvenálás betekintést nyújt a sejtdinamika és a genetikai szabályozás bonyolultságába.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Nem referencia alapú mRNS Sequencing-Illumina
Az mRNS-szekvenálás lehetővé teszi az összes mRNS-transzkriptum átfogó profilalkotását a sejten belül meghatározott körülmények között.Ez az élvonalbeli technológia hatékony eszközként szolgál, feltárva a különféle biológiai folyamatokhoz kapcsolódó bonyolult génexpressziós profilokat, génstruktúrákat és molekuláris mechanizmusokat.Az alapkutatásban, a klinikai diagnosztikában és a gyógyszerfejlesztésben széles körben alkalmazott mRNS-szekvenálás betekintést nyújt a sejtdinamika és a genetikai szabályozás bonyolultságába.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Hosszú, nem kódoló szekvenálás - Illumina
A hosszú, nem kódoló RNS-ek (lncRNS-ek) 200 nukleotidnál hosszabb RNS-ek, amelyek minimális kódoló potenciállal rendelkeznek, és kulcsfontosságú elemei a nem kódoló RNS-nek.A sejtmagban és a citoplazmában található RNS-ek döntő szerepet játszanak az epigenetikai, transzkripciós és poszttranszkripciós szabályozásban, aláhúzva jelentőségüket a sejtes és molekuláris folyamatok alakításában.Az LncRNS szekvenálás hatékony eszköz a sejtdifferenciálódásban, az ontogenezisben és az emberi betegségekben.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Kis RNS szekvenálás - Illumina
A kis RNS (sRNS) molekulák, jellemzően 200 nukleotidnál rövidebbek, közé tartoznak a mikroRNS-ek (miRNS-ek), a kis interferáló RNS-ek (siRNS-ek) és a piwi-kölcsönhatásba lépő RNS-ek (piRNS-ek).Ezek közül a körülbelül 20-24 nukleotid hosszú miRNS-ek különösen figyelemre méltóak a különféle sejtfolyamatokban betöltött kulcsfontosságú szabályozó szerepük miatt.A szövet- és stádium-specifikus expressziós mintákkal a miRNS-ek magas konzervációt mutatnak a különböző fajokban.
Platform: Illumina NovaSeq
-
cirkRNS szekvenálás-Illumina
A cirkuláris RNS-szekvenálás (circRNA-seq) a cirkuláris RNS-ek profilozására és elemzésére szolgál, az RNS-molekulák egy osztálya, amelyek a nem kanonikus splicing események miatt zárt hurkokat képeznek, és megnövelt stabilitást biztosítanak ezeknek az RNS-eknek.Míg egyes cirRNS-ekről kimutatták, hogy mikroRNS-szivacsként működnek, megkötik a mikroRNS-eket, és megakadályozzák, hogy szabályozzák cél-mRNS-eiket, más cirRNS-ek kölcsönhatásba léphetnek fehérjékkel, módosíthatják a génexpressziót, vagy szerepet játszhatnak a sejtfolyamatokban.A circRNS expressziós elemzés betekintést nyújt e molekulák szabályozó szerepébe és jelentőségükbe a különböző sejtfolyamatokban, fejlődési szakaszokban és betegségekben, hozzájárulva az RNS-szabályozás összetettségének mélyebb megértéséhez a génexpresszió összefüggésében.
-
A teljes transzkriptom szekvenálása – Illumina
A teljes transzkriptom szekvenálás átfogó megközelítést kínál különféle RNS-molekulák profilálásához, amely magában foglalja a kódoló (mRNS) és a nem kódoló RNS-eket (lncRNS, circRNS és miRNS) egyaránt.Ez a technika egy adott pillanatban meghatározott sejtek teljes transzkriptumát rögzíti, lehetővé téve a sejtfolyamatok holisztikus megértését.„Totális RNS-szekvenálásként” is ismert, célja bonyolult szabályozó hálózatok feltárása a transzkriptom szintjén, lehetővé téve az olyan mélyreható elemzéseket, mint a versengő endogén RNS (ceRNS) és a közös RNS-elemzés.Ez jelzi a kezdeti lépést a funkcionális jellemzés felé, különösen a cirRNS-miRNS-mRNS-alapú ceRNS kölcsönhatásokat magában foglaló szabályozó hálózatok feloldásában.
