Hőtérkép
A mátrix adatfájl hőtérkép rajzolására szolgál, amely képes szűrni, normalizálni és klaszterezni a mátrixadatokat.Leginkább a különböző minták közötti génexpressziós szint klaszteranalízisére használják.
Gene Annotation
A génfüggvény-annotációt a FASTA fájl szekvenciáinak különböző adatbázisokhoz való leképezésével hajtják végre.
Gene Annotation
Alapvető helyi igazítási keresőeszköz
CDS_UTR_Előrejelzés
Ezt az eszközt arra tervezték, hogy előre jelezze a kódoló régiókat (CDS) és a nem kódoló régiókat (UTR) az adott transzkriptum szekvenciákban, ismert fehérjeadatbázis és ORF előrejelzés alapján.
Manhattani cselekmény
A Manhattan plot lehetővé teszi az adatok megjelenítését nagyszámú adatponttal.Általában a genomszintű asszociációs vizsgálatokban (GWAS) használják.
Circos
A CIRCOS diagram lehetővé teszi az SNP, InDeL, SV, CNV eloszlások közvetlen bemutatását a genomon.
GO_Enrichment
A TopGO egy funkcionális gazdagításra tervezett eszköz.A TopGO-Bioconductor csomag differenciál expressziós elemzést, GO dúsítási elemzést és az eredmények megjelenítését tartalmazza.Létrehoz egy mappát a "Graph" kimenettel, amely tartalmazza a topGO_BP, topGO_CC és topGO_MF eredményeket.
WGCNA
A WGCNA egy széles körben használt adatbányászati módszer a génkoexpressziós modulok felfedezésére.Különféle expressziós adatkészletekhez alkalmazható, beleértve a microarray adatokat és a következő generációs szekvenálásból származó génexpressziós adatokat.
InterProScan
InterPro fehérjeszekvencia elemzés és osztályozás
GO_KEGG_Dúsítás
Ezt az eszközt úgy tervezték, hogy GO dúsítási hisztogramot, KEGG dúsítási hisztogramot és KEGG dúsítási útvonalat generáljon a megadott génkészlet és a megfelelő annotáció alapján.