Nem referencia alapú mRNS Sequencing-Illumina
Jellemzők
● Függetlenül bármely referencia genomtól,
● Az adatok felhasználhatók az átiratok szerkezetének és kifejeződésének elemzésére
● Azonosítsa a változó vágóhelyeket
Szolgáltatás előnyei
● BMKCloud alapú eredményszolgáltatás: Az eredményeket adatfájlként és interaktív jelentésként szállítjuk a BMKCloud platformon keresztül, amely lehetővé teszi a komplex elemzési kimenetek felhasználóbarát olvasását és a szabványos bioinformatikai elemzés alapján testreszabott adatbányászatot.
● Értékesítés utáni szolgáltatások: A projekt befejezését követően 3 hónapig érvényes értékesítés utáni szolgáltatások, beleértve a projektek nyomon követését, hibaelhárítását, az eredményekkel kapcsolatos kérdéseket és válaszokat stb.
Mintakövetelmények és szállítás
Mintakövetelmények:
Nukleotidok:
| Konc. (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Sértetlenség |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott fehérje- vagy DNS-szennyeződés látható, vagy nincs. | Növényeknél: RIN≥6,5; Állatoknak: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonali emelkedés |
Szövet: Súly (száraz): ≥1 g
*5 mg-nál kisebb szövetek esetén gyorsfagyasztott (folyékony nitrogénben) szövetminta küldését javasoljuk.
Sejtszuszpenzió: Sejtszám = 3×107
* Javasoljuk fagyasztott sejtlizátum szállítását.Abban az esetben, ha az adott sejtszám kisebb, mint 5×105, folyékony nitrogénben gyorsfagyasztás javasolt.
Vérminták:
PA×geneBloodRNATube;
6 ml TRIzol és 2 ml vér (TRIzol: Vér = 3:1)
Javasolt mintaszállítás
Tartály:
2 ml-es centrifugacső (ón fólia nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoport+másolat pl. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Szállítás:
1. Szárazjég: A mintákat zsákokba kell csomagolni, és szárazjégbe kell temetni.
2.RNS-stabil csövek: Az RNS-minták RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) száríthatók és szobahőmérsékleten szállíthatók.
Szerviz munkafolyamat
Kísérleti tervezés
Mintaszállítás
RNS extrakció
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Bioinformatika
1.mRNS(denovo) Az összeállítás elve
A Trinity szerint az olvasmányokat kisebb, K-mer néven ismert darabokra tagolják.Ezeket a K-mereket azután magokként használják fel, amelyek kontigokká, majd a kontig átfedések alapján komponensekké bővíthetők.Végül itt alkalmazták a De Bruijnt az átiratok felismerésére az összetevőkben.
mRNS (De novo) A Trinity áttekintése
2.mRNS (De novo) A génexpressziós szint megoszlása
Az RNA-Seq képes a génexpresszió rendkívül érzékeny becslésére.Normális esetben az FPKM transzkriptum-expresszió kimutatható tartománya 10^-2 és 10^6 között van.
mRNS (De novo) Az FPKM sűrűségének megoszlása az egyes mintákban
3. mRNS (De novo) GO DEG-ek dúsítási analízise
A GO (Gene Ontology) adatbázis egy strukturált biológiai annotációs rendszer, amely a gén- és géntermékfunkciók szabványos szókészletét tartalmazza.Több szintet tartalmaz, ahol minél alacsonyabb a szint, annál specifikusabbak a funkciók.
A DEG-ek mRNS (De novo) GO osztályozása második szinten
BMK tok
A szacharóz metabolizmus transzkriptom elemzése a hagyma (Allium cepa L.) izzóduzzanata és fejlődése során
Közzétett: a növénytudomány határterületei，2016
Szekvenálási stratégia
Illumina HiSeq2500
Minta kollekció
Ebben a vizsgálatban a Utah Yellow Sweet Spain „Y1351” fajtát használtuk.A begyűjtött minták száma volt
15. nappal a duzzanat (DAS) után a hagyma (2 cm átmérőjű és 3–4 g tömegű), a 30. DAS (5 cm átmérőjű és 100–110 g tömegű), és kb. 3. napon a 40. DAS (7 cm átmérőjű és 260-300 gramm).
Főbb eredmények
1. a Venn-diagramban összesen 146 DEG-t észleltek mindhárom fejlődési szakaszpárban
2. A „szénhidrát szállítást és anyagcserét” mindössze 585 unigén képviselte (azaz az annotált COG 7%-a).
3. A GO adatbázisba sikeresen jegyzett Unigenes-eket három fő kategóriába soroltuk a hagymás fejlődés három különböző szakaszában.A „biológiai folyamatok” fő kategóriában leginkább az „anyagcserefolyamat” szerepelt, amelyet a „sejtfolyamat” követett.A „molekuláris funkció” fő kategóriájában a két leginkább képviselt kategória a „kötő” és a „katalitikus aktivitás” volt.
 Az ortológ csoportok klasztereinek hisztogramja (COG) osztályozás |  A génontológia (GO) osztályozásának hisztogramja három fejlődési szakaszban lévő hagymákból származó unigénekre |
 Venn diagram, amely a hagymahagyma fejlődésének bármely két szakaszában eltérően expresszálódó géneket mutatja |
Referencia
Zhang C, Zhang H, Zhan Z és mtsai.A szacharóz metabolizmus transzkriptom elemzése a hagyma (Allium cepa L.) izzóduzzanata és fejlődése során[J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
