BMKCloud Log in
条形banner-03

hírek

GENOM EVOLÚCIÓ

Genome De novo
Összeszerelés|Ivar meghatározása A teljes szekvenálási munkákat és a részleges bioinformatikai szolgáltatásokat a Biomarker Techonologies biztosította.

Absztrakt

"A seadragonok ikonikus fenotípusa magában foglalja a levélszerű függelékeket, a fogatlan csőszerű szájat és a hím terhességet, amely magában foglalja a megtermékenyített peték nyitott „költési foltján” történő inkubálását.De novo szekvenáltuk a közönséges bukók (Phyllopteryx taeniolatus) és közeli rokon fajának, az alligátor csőhal (Syngnathoides biaculatus) hím és nőstény genomját.Az evolúciós újdonságból, a levélszerű függelékekből származó transzkripciós profilok azt mutatják, hogy az uszonyfejlődésben jellemzően részt vevő génkészletet kooptáltak, valamint a transzkriptumok feldúsítását a potenciális szövetjavító és immunvédelmi gének számára.Azt találták, hogy az scpp5 zebradán mutánsairól, amelyek elvesznek minden syngnathidban, hiányoznak vagy deformálódnak a garatfogak, ami alátámasztja azt a hipotézist, hogy az scpp5 elvesztése hozzájárult a syngnathidák fogak elvesztéséhez.Egy feltételezett ivarmeghatározó lókuszt azonosítottak, amely egy hím-specifikus amhr2y gént kódol, amelyet a közönséges sarokban és alligátor csőhal osztozik. 

Anyagok és metódusok:

Anyagok

Fközös tengeri sárkányunk (P. taeniolatus) és két aligátor pipahal (S. biaculatus) példányok.A teljes genom szekvenálásához két közönséges tengeri (egy hím és egy nőstény) és két alligátor csőhal egyedet (egy hím és egy nőstény) használtunk, és két másik hím közönséges tengeri sikló egyedet használtak a genom újraszekvenálásához.

Genom szekvenálási stratégia

270/350 bp könyvtár (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Sequel) vagy Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).szekvenálás, és két másik hím közönséges seadragon egyedet használtunk a genom újraszekvenálásához.

Transzkriptom szekvenálás

Fvagy közönséges tengeri tengeri szárat, agyat, szemet, kopoltyúkat, májat, szívet, vesét, bélfeket, beleket, izmot, uszonyt, bőrt, levélszerű függelékeket, herét és petefészket gyűjtöttek.

Genome de novo összeállítási stratégia

Canu (javítás) + WTDBG2 (összeállítás) + Pilon (lengyel) + Lachesis (Hi-C).

Főbb eredmények

1. ábra - A közönséges tengeri sárkány-P.-taeniolatus-és az-aligátor-pipefish-S főbb jellemzői

1. ábra: A tengeri tengeri rétis (P. taeniolatus) és az alligátor pipahal (S. biaculatus) főbb jellemzői és filogenetikai helyzetük.

2. ábra - A levélszerű függelékek morfológiája és genetikai felépítése a közönséges tengeri sárkányban-P

2. ábra. A levélszerű függelékek morfológiája és genetikai felépítése a közönséges tengeri rétisben (P. taeniolatus).

3. ábra - Feltételezett-ivarmeghatározó-gén-a-közönséges-tengeri sárkány-P.-taeniolatus-és-a-aligátor-pipefish-S.-biaculeatus

3. ábra. Feltételezett ivarmeghatározó gén a közönséges tengeri sarokban (P. taeniolatus) és az alligátor csőhalban (S. biaculatus).

ábra -4

4. ábra Garatfogak fenotípusai zebrafish scpp5 homozigóta mutánsokban.


Feladás időpontja: 2022-08-08

Küldje el nekünk üzenetét: