BMKCloud Log in
条形banner-03

hírek

T2T GENOM ÖSSZESZERELÉS, RÉSZMENTES GENOM

1stKét rizs genom1

Cím: A Xian/indica rizs két hézagmentes referenciagenomjának összeállítása és validálása betekintést enged a növényi Centromere építészetébe

Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Feladás időpontja: 2021. január 01.

Intézet: Huazhong Agricultural University, Kína

Anyagok

O. sativa xian/indica„Zhenshan 97 (ZS97)” és „Minghui 63 (MH63)” rizsfajták

Szekvenálási stratégia

NGS olvas + HiFi olvas + CLR olvas + BioNano + Hi-C

Adat:

ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) HiFi olvasás + 48,39 Gb (~ 131x ) CLR olvasás + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys cella

MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi olvasás + 48,97 Gb (~132x) CLR olvasás + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys cella

1.ábra

1. ábra: A rizs két hézagmentes genomja (MH63 és ZS97)

2ndBanán genom2

Cím: A banán telomer-telomer hézagmentes kromoszómái nanopórusos szekvenálás segítségével

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Feladás időpontja: 2021. április 17.

Intézet: Université Paris-Saclay, Franciaország

Anyagok

Dupla haploidMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)

Szekvenálási stratégia és adatok:

HiSeq2500 PE250 mód + MinION/ PromethION (93Gb, ~200X )+ Optikai térkép (DLE-1+BspQ1)

1. táblázat: Musa acuminata (DH-Pahang) genom-összeállítások összehasonlítása

1. táblázat – A-GRCh38- és-T2T-CHM13-humán-genom-összeállítások összehasonlítása
Ábra-Musa-genomok-architektúra-összehasonlítás

2. ábra Musa genom architektúra összehasonlítása

3rdPhaeodactylum tricornutum genom3

Cím: Telomer-telomer genom összeállításP
haeodactylum tricornutum

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Feladás időpontja: 2021. május 04

Intézet: Western University, Kanada

Anyagok

Phaeodactylum tricornutum(Alga- és protozoakultúra-gyűjtemény, CCAP 1055/1)

Szekvenálási stratégia és adatok:

1 Oxford Nanopore minION áramlási cella + egy 2×75-ös páros végű közepes kimenetű NextSeq 550 futtatás

Ábra-Workflow-for-telomer-to-telomer-genome-assembly-1-1024x740

3. ábra A telomer-telomer genom összeállítás munkafolyamata

4thHumán CHM13 genom4

Cím: Az emberi genom teljes szekvenciája

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Feladás időpontja: 2021. május 27

Intézet: National Institutes of Health (NIH), USA

Anyagok: CHM13 sejtvonal

Szekvenálási stratégia és adatok:

30× PacBio körkörös konszenzusos szekvenálás (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-hosszú olvasási szekvenálás, 100× Illumina PCR-mentes szekvenálás (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optikai térkép és Strand-seq

2. táblázat A GRCh38 és a T2T-CHM13 humán genom szerelvények összehasonlítása

Táblázat-A-Musa-acuminata-DH-Pahang-genom-összeállítások összehasonlítása

Referencia

1. Sergey Nurk et al.Az emberi genom teljes szekvenciája.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2. Caroline Belser et al.A banán telomer-telomer hézagmentes kromoszómái nanopórusos szekvenálás segítségével.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere et al.A Phaeodactylum tricornutum telomer-telomer genom összeállítása.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4. Jia-Ming Song et al.A Xian/indica rizs két hézagmentes referenciagenomjának összeállítása és érvényesítése betekintést enged a növényi Centromere építészetbe.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Feladás időpontja: 2022-06-06

Küldje el nekünk üzenetét: