hírek

A transzponálható elemek (TE) amplifikációját a genom méretének bővülését és evolúcióját közvetítő hajtóerőként ismerték fel, de a 3D genomi architektúra kialakításának következményei a növényekben nagyrészt ismeretlenek.Itt három pamutfaj referencia-minőségű genom-összeállításait közöljük, amelyek genommérete háromszoros, nevezetesenGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), ésG. raimondii(D5), az Oxford Nanopore Technologies segítségével.Az összehasonlító genomelemzések dokumentálják a vonalspecifikus TE amplifikáció részleteit, amelyek hozzájárulnak a nagy genomméret-különbségekhez (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb), és viszonylag konzervált géntartalmat és szintén összefüggéseket mutatnak a genomok között.Azt találtuk, hogy a szintetikus gének körülbelül 17%-a mutat kromatin státusz változást az aktív („A”) és inaktív („B”) kompartmentek között, és a TE-amplifikáció az A kompartment arányának növekedésével járt a génrégiókban (~7000 gén). ) K2-ban és A2-ben a D5-höz képest.A topológiailag asszociáló domén (TAD) határainak csak 42%-a volt konzervált a három genom között.Adataink a TE-k közelmúltbeli amplifikációjára utalnak, miután kialakult a vonal-specifikus TAD-határok.Ez a tanulmány rávilágít a transzpozon által közvetített genom-expanzió szerepére a növények magasabb rendű kromatinszerkezetének kialakulásában.