-
Kromatin immunprecipitációs szekvenálás (ChIP-seq)
A ChIP-Seq biztosítja a DNS-célpontok genomszintű profilozását hisztonmódosításhoz, transzkripciós faktorokhoz és más DNS-asszociált fehérjékhez.Egyesíti a kromatin immunprecipitáció (ChIP) szelektivitását a specifikus fehérje-DNS komplexek visszanyerésére, valamint a következő generációs szekvenálás (NGS) erejét a kinyert DNS nagy áteresztőképességű szekvenálásához.Ezen túlmenően, mivel a fehérje-DNS komplexeket élő sejtekből nyerik ki, a kötőhelyek összehasonlíthatók különböző sejttípusokban és szövetekben, vagy eltérő körülmények között.Az alkalmazások a transzkripciós szabályozástól a fejlődési utakon át a betegségmechanizmusokig és azon túl is terjednek.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
A teljes genom biszulfit szekvenálása
A citozin ötödik pozíciójában (5-mC) a DNS-metiláció alapvetően befolyásolja a génexpressziót és a sejtaktivitást.A rendellenes metilációs mintázatokat számos állapothoz és betegséghez, például rákhoz kapcsolták.A WGBS aranyszabványsá vált a genomszintű metiláció egyetlen bázisos felbontással történő tanulmányozásában.
Platform: Illumina NovaSeq6000
-
Transzpozáz-hozzáférhető kromatin vizsgálata nagy áteresztőképességű szekvenálással (ATAC-seq)
Az ATAC-seq egy nagy áteresztőképességű szekvenálási módszer a genomszintű kromatin hozzáférhetőségének elemzésére, amely fontos a génexpresszió globális epigenetikai szabályozásában.A szekvenáló adaptereket a hiperaktív Tn5 transzpozáz a nyitott kromatin régiókba helyezi be.A PCR-amplifikáció után egy szekvenáló könyvtárat készítünk.Az összes nyitott kromatin régió egy adott tér-idő körülmény között megszerezhető, nem csak egy transzkripciós faktor kötőhelyére vagy egy bizonyos hiszton módosított régióra korlátozva.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
A DNS-metiláció kutatása mindig is forró téma volt a betegségkutatásban, és szorosan összefügg a génexpresszióval és a fenotípusos jegyekkel.Az RRBS egy pontos, hatékony és gazdaságos módszer a DNS-metiláció kutatására.A promóter és a CpG sziget régiók enzimatikus hasítással (Msp I) történő feldúsítása, a biszulfit szekvenálással kombinálva, nagy felbontású DNS-metiláció detektálást biztosít.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
