Felület | Könyvtár mérete | Elméleti adathozam (cellánként) | Egybázisú pontosság | Alkalmazások |
Nanopore | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNS-PCR | 70-90 Gb/cella | 85-92% | SV hívás, De novo, teljes hosszúságú szekvenálás, Iso-Seq, gén annotáció, DNS metiláció kimutatása |
● Több mint 5 éves tapasztalat a PacBio szekvenáló platformon, több ezer lezárt projekttel különböző fajokkal.
● A BMKGENE az Oxford Nanopore hivatalos partnere, kettős platformú RNS/DNS tanúsítvánnyal.
● Léteznek olyan általános szekvenszer-modellek, amelyek teljes felszereléssel és elegendő szekvenálási teljesítménnyel rendelkeznek.
● A Nanopore platformra támaszkodva több mint 10 állati és növényi Denovo-kutatás jelent meg nemzetközileg elismert folyóiratokban.
Minta típusa | Összeg | Koncentráció (Qubit ®) | Hangerő | Tisztaság | Mások |
Genomi DNS | Adatigénytől függően | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230≥1,5; Tiszta csúcs 260 nm-en, nincs szennyeződés | A koncentrációt Qubit és Qubit/Nanopore ≤ 2 értékkel kell mérni |
Teljes RNS | ≥1,2 μg | ≥100 μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5;nincs szennyeződés | RIN érték ≥7,5 |
A DNS-minta adatminőség-értékelése
1. táblázat: A tiszta adatok statisztikái.
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | tisztaN50Len | tisztaN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23 090 | 143,181 | 9 |
Az RNS-minta adatminőség-értékelése
1. táblázat: A tiszta adatok statisztikái.
Fájl név | Ügyfélazonosító | ReadNum | Alapszám | N50 | MeanLength | MaxLength | MeanQscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
1. ábra: Olvassa el a hosszeloszlást
2. ábra A tiszta adatok minőségi pontszám eloszlása
3. ábra Tiszta adatok hossz- és minőségi pontszám-eloszlása