16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Szolgáltatás előnyei
● Hosszú leolvasások, amelyek felfedik a 16S/18S/ITS teljes hosszúságú sorozatát
● Rendkívül pontos alaphívás a PacBio CCS módú szekvenálás segítségével
● Fajszintű felbontás az OTU/ASV annotációban
● A legújabb QIIME2 elemző folyam változatos elemzésekkel az adatbázis, annotáció, az OTU/ASV szempontjából.
● Változatos mikrobiális közösségvizsgálatokra alkalmazható
● A BMK széleskörű tapasztalattal rendelkezik évente több mint 100 000 mintával, amely lefedi a talajt, vizet, gázt, iszapot, ürüléket, beleket, bőrt, fermentlevet, rovarokat, növényeket stb.
● A BMKCloud megkönnyítette az adatértelmezést, amely 45 személyre szabott elemző eszközt tartalmaz
Szolgáltatási specifikációk
| SorrendezésFelület | Könyvtár | Ajánlott adatok | Átfutási idő |
| PacBio folytatása II | SMRT-csengő | 5K/10K/20K címkék | 44 munkanap |
Bioinformatikai elemzések
● Nyers adatok minőségének ellenőrzése
● OTU klaszterezés/zajmentesítés (ASV)
● OTU annotáció
● Alfa diverzitás
● Béta változatosság
● Csoportközi elemzés
● Asszociációs elemzés kísérleti tényezőkkel
● Funkciógén előrejelzés
Mintakövetelmények és szállítás
Mintakövetelmények:
MertDNS-kivonatok:
| Minta típusa | Összeg | Koncentráció | Tisztaság |
| DNS-kivonatok | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Környezeti mintákhoz:
| Minta típusa | Javasolt mintavételi eljárás |
| Talaj | Mintavételi mennyiség: kb.5 g;A megmaradt fonnyadt anyagot el kell távolítani a felületről;Daráljon nagy darabokat és engedje át a 2 mm-es szűrőn;A minták aliquot része steril EP-csőbe vagy cyrotube-be foglalás céljából. |
| Ürülék | Mintavételi mennyiség: kb.5 g;Gyűjtse össze és aliquot mintákat steril EP-csőbe vagy kriocsőbe foglaljon. |
| Béltartalom | A mintákat aszeptikus körülmények között kell feldolgozni.Az összegyűjtött szövetet PBS-sel mossuk;Centrifugálja a PBS-t, és gyűjtse össze a csapadékot EP-csövekbe. |
| Iszap | Mintavételi mennyiség: kb.5 g;Gyűjtse össze és aliquot iszapmintát steril EP-csőbe vagy kriocsőbe foglaljon |
| Víztest | Korlátozott mennyiségű mikrobiális minta esetén, mint például csapvíz, kútvíz stb., Gyűjtsön össze legalább 1 l vizet, és engedje át a 0,22 μm-es szűrőn, hogy a membránon dúsítsa a mikrobákat.Tárolja a membránt steril csőben. |
| Bőr | Óvatosan kaparja le a bőrfelületet steril vattacsomóval vagy sebészeti pengével, és helyezze steril csőbe. |
Javasolt mintaszállítás
Fagyassza le a mintákat folyékony nitrogénben 3-4 órára, és tárolja folyékony nitrogénben vagy -80 fokos hosszú távú foglalásig.Szárazjéggel történő mintaszállítás szükséges.
Szerviz munkafolyamat
Mintaszállítás
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
1. A V3+V4(Illumina) alapú mikrobiális közösség profilalkotás annotációs aránya a teljes hosszúságú (PacBio) alapú profilalkotáshoz képest.
(30 véletlenszerűen kiválasztott projekt adatait alkalmaztuk a statisztikákhoz)
2. A teljes hosszúságú amplikon szekvenálás annotációs aránya fajszinten különböző mintatípusokban
3.Fajok megoszlása
4.Filogenetikai fa
BMK tok
Az arzén expozíció a bélgát károsodását és ennek következtében a bél-máj tengely aktiválódását idézi elő, ami gyulladáshoz és a máj piroptózisához vezet kacsákban
Közzétett:A teljes környezet tudománya,2021
Szekvenálási stratégia:
Minták: Kontroll kontra 8 mg/kg ATO-nak kitett csoport
A szekvenálási adatok hozama: összesen 102 583 nyers CCS szekvencia
Kontroll: 54 518 ± 747 effektív CCS
ATO-expozíció: 45 050 ± 1675 effektív CCS
Főbb eredmények
Alfa diverzitás:Az ATO-expozíció jelentősen megváltoztatta a kacsák bélrendszeri mikrobiális gazdagságát és diverzitását.
Áttétek elemzése:
Térségi szinten: 2 baktérium törzs csak a kontrollcsoportokban észlelhető
Genus szinten: 6 nemzetség relatív abundanciája szignifikánsan eltérő volt
Fajszinten: összesen 36 fajt azonosítottunk, amelyek közül 6 faj újjászületési abundanciája szignifikánsan különbözött
Referencia
Thingholm, LB, et al.„A 2-es típusú cukorbetegségben szenvedő és nem szenvedő elhízott egyének eltérő bélmikrobiális funkcionális kapacitást és összetételt mutatnak.”Sejtgazda és mikroba26.2(2019).
