Ti RNA sekans-Illumina
Avantaj sèvis yo
● premye baz la nan fen 5 'gen yon gwo preferans pou U jwenn RNA espesifik
● prediksyon jèn miRNA sib
● Yo itilize done yo pou fè analiz jwenti ak mRNA
● ekspresyon diferans miRNA
● prediksyon jèn miRNA sib
● Livrezon rezilta ki baze sou BMKCloud: Mining done Customized ki disponib sou platfòm
● Sèvis apre-sale valab pou 3 mwa apre pwojè fini
Egzanp kondisyon ak livrezon
| Bibliyotèk | Platfòm | Done rekòmande | Done QC |
| sRNA | Illumina SE50 | 10M/20M li | Q30≥85% |
Egzanp kondisyon:
Nukleotid:
| Konk. (ng/μl) | Kantite (μg) | Pite | Entegrite |
| ≥ 80 | ≥ 0.5 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Limite oswa pa gen okenn pwoteyin oswa kontaminasyon ADN yo montre sou jèl. | Pou plant: RIN≥7.5; Pou bèt: RIN≥8.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; limite oswa pa gen okenn elevasyon debaz |
* Pou tisi ki pi piti pase 5 mg, nou rekòmande pou voye echantiyon tisi nan frizè (nan nitwojèn likid).
Sispansyon selilè: konte selil = 3 × 107
* Nou rekòmande pou voye lisat selil ki nan frizè.Nan ka selil sa a konte pi piti pase 5 × 105, flash jele nan nitwojèn likid rekòmande.
Echantiyon san:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ak 2mL san (TRIzol:san = 3:1)
Livrezon echantiyon rekòmande
Veso:
Tib santrifij 2 ml (pa rekòmande papye fèblan)
Egzanp etikèt: Gwoup + replike egzanp A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
chajman:
1.Dry-glas: Echantiyon yo bezwen chaje nan sache epi antere l nan glas sèk.
2.Tib RNAstable: echantiyon RNA yo ka cheche nan tib estabilizasyon RNA (egzanp RNAstable®) epi voye yo nan tanperati chanm.
Koule Travay Sèvis
Eksperyans konsepsyon
Livrezon echantiyon
RNA ekstraksyon
Konstriksyon bibliyotèk
Sekans
Analiz done
Sèvis apre-sale
Bioenfòmatik
1.miRNA Idantifikasyon
Chak kandida précurseur nan miRNAs roman prevwa pa miRDeep2 gen yon figi pdf ki montre estrikti li yo ak pwofondè sekans.
Estrikti précurseur miRNA ak pwofondè sekans
2.KEGG anrichisman nan jèn yo vize DE-miRNA
Nan sesyon sa a, Biomarker premyèman te egzamine si chemen yo twò prezan ak jèn DE-miRNA vize.Faktè anrichisman ak tès pechè yo te aplike nan detèminasyon degre anrichisman ak siyifikasyon chemen an.Ekwasyon kalkil anrichisman yo montre anba a.
Anrichisman chemen KEGG sou jèn ki vize DE-miRNA
3.GO Analiz anrichisman sou jèn yo vize DE-miRNA
clusterProfiler te anplwaye nan analiz anrichisman GO sou jèn ki vize DE-miRNA.Te dirije graf acyclic tèm anrichi yo te pwodwi pou montre estrikti yerachik tèm yo.Nan figi a, direksyon flèch yo reprezante relasyon enklizyon ant tèm, sa vle di nœuds yo pi espesifik pase nœuds anwo yo.Nan figi ki anba a, yo te montre graf ki dirije acylic jèn ki vize DE-miRNA yo.
TopGO dirije graf acyclic nan jèn DE-miRNA vize
Ka BMK
Analiz entegre MiRNA ak jèn ki asosye ak kalite vyann revele ke Gga-MiR-140-5p afekte depozisyon grès nan miskilè nan poul.
Pibliye:Fizyoloji selilè ak byochimi,2018
Rezilta kle yo
Peryòd ponn byen ta yo te montre nivo ekspresyon mondyal miRNAs ki pi ba pase poul jivenil yo.
Yo te konstwi yon rezo regilasyon mirNA-mrna ki ka afekte kalite vyann
gga-miR-140-5p ankouraje diferansyasyon adiposit pa desann reglemante RXRG.
 gga-miR-140-5p ankouraje diferansyasyon preadiposit enstramiskilè poul pa vize 3'UTR nan RXRG. |
Referans
Zhang M , Li DH , Li F , et al.Analiz entegre MiRNA ak jèn ki asosye ak kalite vyann revele ke Gga-MiR-140-5p afekte depozisyon grès nan miskilè nan poul[J].Fizyoloji selilè ak byochimik, 2018:2421-2433.DOI: 10.1159/000489649
