Sekans prokaryotik RNA

Prokaryotic RNA sekans itilize pwochen jenerasyon sekans (NGS) pou revele prezans ak kantite RNA nan yon moman bay, lè li analize transcriptome selilè ki chanje.Sekans prokaryotic RNA konpayi nou an, espesyalman vize nan prokaryot ak jenom referans, bay ou ak profilage transcriptome, analiz estrikti jèn, elatriye Li te lajman aplike nan rechèch syans debaz, rechèch dwòg ak devlopman, ak plis ankò.

Platfòm: Platfòm Illumina NovaSeq

Kontakte nou

Detay Sèvis

Espesifikasyon Sèvis

Platfòm: platfòm Illumina NovaSeq, PE150

Kalite bibliyotèk: 350bp insert bibliyotèk cDNA (depann sou distribisyon pik)

Estrateji sekans: Pè-Fen 150 bp

Rekòmande kantite done: 2 Gb done anvan tout koreksyon / echantiyon

Bioenfòmatik

(1) Sekans kontwòl kalite done: distribisyon nikleotid, distribisyon kalite baz, evalyasyon rapò rRNA;

(2) Analiz aliyman sekans: Estatistik rezilta aliyman, Saturasyon sekans, Kouvèti sekans;

(3) Anòt jenom referans (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analiz ekspresyon: Distribisyon ekspresyon (Avèk de oswa plis echantiyon), Analiz ekspresyon ant echantiyon (analiz Venn, analiz korelasyon, analiz PCA);

(5) Analiz ekspresyon diferans (Avèk de oswa plis echantiyon);

(6) Analiz seri jen: analiz Venn, analiz Cluster, analiz anotasyon fonksyon (COG, GO, KEGG), analiz anrichisman fonksyon (GO, KEGG), graf kordal anrichisman fonksyon, analiz Ipath;

(7) sRNA analiz: sRNA prediksyon, sRNA annotation (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA prediksyon estrikti segondè, sRNA prediksyon jèn sib;

(8) Analiz estrikti transkripsyon: analiz Operon, prediksyon sit kòmansman ak fen transkripsyon, anotasyon ak analiz UTR, prediksyon sekans pwomotè, analiz SNP/InDel (anotasyon SNP/InDel, distribisyon rejyonal SNP/InDel, estatistik SNP).