EVOLISYON GENOME
PNAS
Orijin evolisyonè ak istwa domestik pwason wouj (Carassius auratus)
PacBio |Ilumina |Bionano Genome Kat jeyografik |Hi-C Genome Asanble |Jenetik Kat jeyografik |GWAS |RNA-Seq
Pwen esansyèl
1.Goldfish genomic te mete ajou ak yon vèsyon asanble-wo kalite, ancrage 95.75% nan kontig nan 50 pseudochromosomes (Scaffold N50 = 31.84 Mb).De subgenomes yo te demare.
2.Rejyon jenomik nan bale selektif pandan domestikasyon yo te idantifye nan done resekans nan 201 moun, revele plis pase 390 jèn kandida ki gen anpil chans ki asosye ak karakteristik domestik.
3.GWAS sou dorsal fin nan pwason wouj domestik revele 378 jèn kandida ki potansyèlman asosye.Yo te idantifye yon repòtè kinaz tirozin-pwoteyin kòm yon jèn kandida ki asosye ak transparans.
Jan nou koumanse
Pwason lò (Carassius auratus) se youn nan pwason ki pi enpòtan nan kiltivasyon, ki te domestik soti nan karp nan ansyen Lachin.Yo te fè kòmantè pa Charles Darwin kòm "Pase sou yon divèsite prèske enfini nan koulè, nou rankontre ak modifikasyon ki pi ekstraòdinè nan estrikti".Karakteristik ekstrèmman divès ak istwa long nan domestik ak elvaj fè pwason wouj yon ekselan sistèm modèl jenetik pou fizyoloji pwason ak evolisyon.
Reyalizasyon
Genomic pwason wouj
Joint analiz de PacBio ak Illumina pè-fen sekans done bay yon premye 1.657 G asanble bouyon (Contig N50 = 474 Kb).Kat jeyografik optik Bionano te pwodwi ak korije asanble a nan 1.73 Gb nan gwosè (Gwosè genòm estimasyon: 1.8 Gb).Hi-C ki baze asanble plis amelyore echafodaj N50 soti nan 606 Kb a 31.84 Mb ak reyalize 95.75% (1.65 Gb) oryante ak bay lòd ancrage pousantaj.Genòm nan gen 56,251 jèn kodaj ak 10,098 tan transkripsyon ki pa kode.Anplis de sa, yo te prevwa 38 rejyon santòmrik potansyèl sou 50 kwomozòm.
Fig.1 Genomic pwason an lò
TYo te idantifye de seri subgenom klè nan 50 kwomozòm pwason wouj ki te soti nan yon ansyen evènman ibridizasyon.Ansanm kwomozòm ak pi gwo pwopòsyon lekti ki aliyen ant pwason wouj ak Barbinae te defini kòm subgenome A (ChrA01 ~ A25), sa vle di subgenome komen nan Barbinae, ak rès yo kòm subgenome B (ChrB01 ~ B25).
Domestikasyon ak bale selektif
Atotal de 16 kalite sovaj karps crucian ak 185 varyant pwason wouj reprezante resekans ak yon pwofondè sekans mwayèn apeprè 12.5X, jenere 4.3 terabases nan done.Rekonstriksyon filojenetik ak analiz PCA konfime yon relasyon pi sere ant pwason wouj komen ak karp crucian pase lòt pwason wouj, ki lèt divize an de liy.
LD analiz dekonpozisyon sou kat subpopulasyon ki pi wo yo te sipòte egzistans yon kou boutèy jenetik popilasyon pandan domestikasyon an ak gwo seleksyon atifisyèl nan pwason wouj.Ogmante divèsite jenetik (π) soti nan karp kasyen ak pwason wouj komen pi lwen nan pwason wouj Wen ak pwason wouj ze endike yon akimilasyon enpòtan nan varyasyon jenetik pandan domestikasyon yo.50 rejyon jenomik selektif ki kouvri 25.2 Mb ak 946 jèn yo te idantifye nan done reprezantan (33 pwason wouj ak 16 krap).Elaji analiz a 201 moun, 393 jèn endike rejyon yo nan bale seleksyon ranpli.Jèn sa yo te jwenn nan divèsite ki ba, ki gen anpil chans kontribye nan fenotip ki asosye ak gwo karakteristik domestikasyon nan pwason wouj.
Fig.3 analiz ki asosye ak domestikasyon nan tout genòm
GWAS sou pwason wouj domestik
Dorsal fin se yon karakteristik kle fè distenksyon Wen pwason wouj soti nan pwason wouj ze.GWAS nan dorsal fin sou 96 Wen pwason wouj ak 87 ze pwason wouj revele 378 jèn kandida gaye nan 13 kwomozòm ak yon distribisyon inegal nan jèn sa yo ant subgenomes yo te obsève.Analiz fonksyonèl sou jèn kandida sa yo mete aksan sou pwosesis byolojik ki gen ladan "siyal reseptè sifas selil", "transpò transmembran", "devlopman sistèm skelèt", elatriye.
Fig.4 GWAS nan dorsal nan pwason wouj domestik
In GWAS nan karakteristik transparan ki gen rapò ak echèl, yo te detekte yon sèl pik asosyasyon fò.Yo te idantifye yon jèn ki kode yon reseptè kinaz tirozin-pwoteyin nan youn nan rejyon kandida yo.
Fig.5 GWAS nan karakteristik transparan ki gen rapò ak echèl
Referans
Chen D et al.Orijin evolisyonè ak istwa domestik pwason wouj (Carassius auratus).PNAS (2020)
Nouvèl vize pou pataje dènye ka siksè yo ak Biomarker Technologies, kaptire nouvo reyalizasyon syantifik ak teknik enpòtan aplike pandan etid la.
Lè poste: Jan-04-2022