EVOLISYON GENOME
Genome De novo
Asanble|Detèminasyon sèks Se Biomarker Techonologies ki te bay tout travay sekans yo ak yon pati nan sèvis bioenfòmatik.
Résumé
"Fenotip ikonik nan dragon lanmè a gen ladan anèks ki sanble ak fèy, yon bouch tubulèr san dan, ak gwosès gason ki enplike enkubasyon ze fètilize sou yon "patch nivay."Nou de novo-sekans jenòm gason ak fi nan seadragon komen an (Phyllopteryx taeniolatus) ak espès ki byen asosye li yo, Kayiman pipfish la (Syngnathoides biaculeatus).Pwofil transkripsyon ki soti nan yon kado evolisyonè, apendis ki sanble ak fèy yo, montre ke yon seri jèn ki tipikman patisipe nan devlopman fin yo te ko-opte osi byen ke yon anrichisman nan transkripsyon pou reparasyon tisi potansyèl ak jèn defans iminitè.Zebrafish mutans pou scpp5, ki pèdi nan tout syngnathids, te twouve yo manke oswa gen defòme dan farinj, sipòte ipotèz la ke pèt scpp5 te kontribye nan pèt dan nan syngnathids.Yo te idantifye yon sit ki ka detèmine sèks ki kode yon jèn amhr2y espesifik pou gason ki pataje pa pwason pip Seadragon ak Kayiman. ”
Materyèl ak metòd:
Materyèl
Fdragon lanmè komen nou an (P. taeniolatus) ak de Kayiman pipefish (S. biaculeatus) espesimèn.De komen Seadragon (yon gason ak yon fi) ak de kayiman pipefish (yon gason ak yon fi) moun yo te itilize pou sekans antye-genom, ak de lòt gason komen Seadragon moun yo te itilize pou resekansman genomic.
Estrateji sekans genòm
270/350 bp bibliyotèk (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) oswa Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000).sekans, ak de lòt gason komen Seadragon moun yo te itilize pou resekansman genomic.
Sekans transcriptom
Foswa yo te kolekte seadragon komen, sèvo, je, branch, fwa, kè, ren, mezentè, trip, misk, najwa, po, anèks ki sanble ak fèy, tèstikul, ak ovè.
Genome de novo asanble estrateji
Canu (Koreksyon) + WTDBG2 (Asanble) + Pilon(Polòy) + Lachesis (Hi-C).
Rezilta prensipal yo
Fig. 1. Karakteristik prensipal seadragon komen (P. taeniolatus) ak kayiman pipfish (S. biaculeatus) ak pozisyon filojenetik yo.
Fig. 2. Mòfoloji ak makiyaj jenetik nan apendis ki tankou fèy nan seadragon komen (P. taeniolatus).
Fig. 3. Sèks detèminasyon jèn nan komen seadragon (P. taeniolatus) ak kayiman pipefish (S. biaculeatus).
Fig. 4. Fenotip dan farinj nan zebrafish scpp5 mutan omozigòt.
Tan poste: Jan-08-2022