EVOLISYON GENOME, PANGENOME
Ki sa ki Pan-genom?
Prèv akimile montre ke divèjans ant diferan tansyon nan yon espès ka gwo.Yon sèl genomic se lwen ase pou jwenn foto an antye nan enfòmasyon jenetik nan yon sèl espès.Objektif etid Pan-genom se jwenn yon graf jenomik pi konplè nan yon espès ak dekode relasyon ki genyen ant karakteristik ak kòd jenetik pa fè asanble genomic de novo nan anpil tansyon, ki pèmèt yon min pi fon ak pi laj nan varyasyon yo.
Tandans etid Pan-genom
Figi 1 Tandans yo nan papye rechèch pibliye nan Pan-genom.
Remak: Figi a montre rezilta lè w pran "pan-genome" kòm mo kle pou chèche tit atik ki te pibliye nan jounal seri Nature, Cell and Science.
a.Lekti ki soti nan echantiyon miltip yo aliyen ak yon referans ak sa yo ki pa aliye yo rasanble nan nouvo kontig.Lè w ajoute nouvo kontig sa yo nan sekans referans orijinal la, yo ka konstwi yon referans pangenom.Rejyon dispansab yo detèmine baze sou kat tout lekti tounen nan pangenome la.
b.Asanble de novo nan jenom yo nan asansyon miltip pèmèt tout apwòch aliyman genomic yo idantifye rejyon jenomik dispansab.
c.Yon graf pan-genom ka konstwi apati aliyman genòm antye oswa pa asanble graf de novo, ki byen estoke enfòmasyon varyant nan rejyon dispansab kòm chemen inik atravè graf la.
Ki jan yo konstwi yon Pan-genom?
Figi 2 Konparezon apwòch pan-genom1
a.Lekti ki soti nan echantiyon miltip yo aliyen ak yon referans ak sa yo ki pa aliye yo rasanble nan nouvo kontig.Lè w ajoute nouvo kontig sa yo nan sekans referans orijinal la, yo ka konstwi yon referans pangenom.Rejyon dispansab yo detèmine baze sou kat tout lekti tounen nan pangenome la.
b.Asanble de novo nan jenom yo nan asansyon miltip pèmèt tout apwòch aliyman genomic yo idantifye rejyon jenomik dispansab.
c.Yon graf pan-genom ka konstwi apati aliyman genòm antye oswa pa asanble graf de novo, ki byen estoke enfòmasyon varyant nan rejyon dispansab kòm chemen inik atravè graf la.
Dènyèman te pibliye Pan-genomes
● Kadejak pan-genom2
● Pan-genom tomat 3
● Rice Pan -genom4
● Pan-genom tounsòl5
● Soya Pan-genom 6
● Rice Pan-genom7
● lòj Pan-genom8
● Ble Pan-genom9
● Sorgo Pan-genom10
● Fitoplankton Pan-genom11
Referans
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomes yo se nouvo referans.Plant Nat.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al.Uit genòm kalite siperyè revele achitekti pan-genom ak diferansyasyon ekotip nan Brassica napus.Plant Nat.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.Pan-genom tomat la dekouvwi nouvo jèn ak yon alèl ra ki kontwole gou fwi.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Analiz pan-genom mete aksan sou limit varyasyon jenomik nan diri kiltive ak diri sovaj [koreksyon ki pibliye parèt nan Nat Genet.2018 Aug;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Analiz pan-genom tounsòl montre ke ibridasyon chanje kontni jèn ak rezistans maladi.Plant Nat.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Pan-Genome nan soja sovaj ak kiltive.Selil.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.Analiz pan-genom nan 33 asansyon diri jenetikman divès revele varyasyon jenomik kache [pibliye sou entènèt anvan enprime, 25 me 2021].Selil.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.Pan-genom lòj la revele eritaj kache nan elvaj mitasyon.Lanati.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Genomic miltip ble revele varyasyon mondyal nan elvaj modèn.Lanati.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.Varyasyon anpil nan pan-genom nan sorgo kiltive ak sovaj [pibliye sou entènèt anvan enprime, 20 me 2021].Plant Nat.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Pangenom fitoplankton revele transfè jèn pwokaryotik orizontal divès fonksyon.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.Pibliye 29 avril 2020. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Lè poste: Jan-04-2022