Nan 2021, BMKGENE te temwen 31 rechèch genomic De novo te pibliye avèk siksè nan jounal ki gen gwo enpak ak faktè enpak total plis pase 320. 15 nan atik yo te ko-otè 4 nan yo te ko-otè kòm premye otè pa BMKGENE.
Dwa apre kòmansman ane 2022, te deja de atik rechèch ki te pibliye nan jounal "Jenetik natirèl" ak "Plant molekilè" respektivman.Yo se, "De aplotip divèjan ki soti nan yon genomic lychee trè eterozigot sijere evènman domestikasyon endepandan pou kiltirèl ki gen matirite byen bonè ak an reta" (Rechèch genomic Lychee, ki te fèt pa College of Horticulture, South China Agricultural University, ak kolaboratè syantifik, pibliye sou Jenetik Natirèl. ), ak "Sekans genòm senk espès Sitopsis nan Aegilops ak orijin poliploid ble B-subgenome" (Senk genòm espès Sitopsis, ki fèt pa ekip rechèch Pwofesè Bao Liu nan Northeast Normal University.).Nou pral revize tou de atik sa yo epi pataje ak lektè nou yo.
Koulye a, ann pran yon ti koutje sou atik rechèch ekselan ki te pibliye an 2021 pa BMK ak enstalasyon kolabore nou yo.
Plant Genome - Dekouvèt sou milti-espès.
1.Yon asanble genomic-wo kalite mete aksan sou karakteristik jenomik Rye ak jèn enpòtan agronomik.
Kolabore etablisman: Henan Agricultural University
Jounal: Jenetik natirèl
Faktè enpak: 38.31
Nan pwojè sa a, genomic RYE Weining, yon varyete elit RYE Chinwa, te sekans.Kontig yo reyini (7.74 Gb) te konte pou 98.47% nan gwosè a genomic estime (7.86 Gb), ak 93.67% nan kontig yo (7.25 Gb) asiyen nan sèt kwomozòm.Eleman repetitif yo te konstitye 90.31% nan genòm nan reyini.Plis analiz de asanble Weining a te bay nouvo limyè sou genomic-lajè repetisyon jèn yo ak enpak yo sou jèn biosentèz lanmidon, òganizasyon fizik nan konplèks prolamin loci, ekspresyon jèn karakteristik ki kache byen bonè karakteristik ak domestikasyon ki asosye ak kwomozòm rejyon yo ak loci nan RYE.Sekans genomic sa a pwomèt akselere etid jenomik ak elvaj nan RYE ak rekòt sereyal ki gen rapò.
2.Rose san pike: Sur jenomik lye ak adaptasyon imidite
Kolabore etablisman: Kunming Enstiti botanik, Akademi Chinwa Syans
Journal: National Science Review
Enpak Faktè: 17.273
Nan pwojè sa a, echantiyon 'Basye's Thornless' (BT, yon cultivar san pike nan Rosa wichuraiana), 'Old Blush' (OB, yon jenotip fondatè nan roz domestik), ibrid F1 yo ak BCF1 yo te kolekte.Epi yo te pwodwi yon asanble genomic referans kalite siperyè pou idantifye eleman jenetik ki gen rapò ak devlopman prickle tij.Gwosè genòm lan se sou 530.6 Mb.Pou verifye bon jan kalite a nan genòm reyini, analiz tankou konparezon kat jeyografik jenetik, BUSCO, NGS li reasanbleman, konparezon ak OB haplotype, sekans baz kontwòl pousantaj erè ak genòm-lajè LTR Asanble Endèks chèk valè (LAI = 20.03).Rechèch sa a revele modèl eritaj konplèks la ak mekanis regilasyon nan prickles tij yo epi li te bay nou yon fondasyon ak nouvo resous yo etidye byoloji roz ak makè molekilè m 'ki asosye ak karakteristik enpòtan.
3.Sekans Whole-Genome nan alopoliploid sentèz nan Cucumis revele apèsi sou evolisyon genòm nan allopolyploidization.
Kolabore Etablisman: Nanjing Agricultural University
Jounal: Syans avanse
Enpak Faktè: 16.801
Etid sa a rapòte genomic-wo kalite yon allotetraploid sentetik ki te jwenn lè l sèvi avèk ibridasyon entèspesifik ant konkonb (C. sativus, 2n = 14) ak espès fanmi sovaj li yo (C. hystrix, 2n = 24) ak repetisyon kwomozòm ki vin apre, ki se premye a. totalman sekans alopoliploid sentetik.Asanble genomic a te aplike workflow "PacBio + BioNano + Hi-C + Illumina" sekans, te lakòz gwosè genomic 530.8Mb ak contig N50 = 6.5Mb.Lekti yo te asiyen nan 19 pseudochromosomes ak subgenomes.Rezilta yo endike ke ibridizasyon, olye ke repetisyon genomic, lakòz majorite chanjman jenomik nan tou de nikleyè ak jenom cp.Li sigjere ke heterozygosity fiks bay C. × hytivus ak adaptasyon estrès ogmante.Rezilta yo bay nouvo apèsi sou evolisyon poliploidi plant yo epi yo ofri yon estrateji elvaj potansyèl pou rekòt nan lavni.
4.Konparatif analiz jenom mete aksan sou transposon ekspansyon jenom medyatè ak achitekti evolisyonè nan pliye 3D jenomik nan koton
Kolabore etablisman: Huazhong Agricultural University
Jounal: Biyoloji Molekilè ak Evolisyon
Faktè enpak: 16.242
Pwojè sa a te itilize Nanopore Sequencing pou rasanble genomic twa espès koton sètadi: Gossypium rotundifolium (K2, gwosè genomic = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, gwosè genomic = 1.62Gb, contigN50 = Mb), ak 1. G. raimondii (D5, gwosè genòm = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).Plis pase 99% nan tout twa jenom yo te rasanble atravè Hi-C.Rezilta analiz BUSCO yo se 92.5%, 93.9% ak 95.4% respektivman.Tout nimewo sa yo endike ke twa jenom asanble yo se referans-klas.Analiz genomic konparatif dokimante detay yo nan anplifikasyon TE espesifik liyaj ki kontribye nan diferans ki genyen gwo gwosè genomic.Etid sa a bay limyè sou wòl transposon-medyatè ekspansyon genòm nan evolisyon nan estrikti kwomatin pi wo-lòd nan plant yo.
5.Kwomozòm-echèl asanble ak analiz de Biomass rekòt Miscanthus lutarioriparius genomic
Etablisman Kolabore: Sant CAS pou Ekselans nan Syans Plant Molekilè
Journal: Nature Communications
Enpak Faktè: 14.912
Pwojè sa a rapòte yon asanble kwomozòm-echèl nan miscanthus lutarioriparius genomic pa konbine sekans Oxford Nanopore ak teknoloji Hi-C.Asanble a 2.07Gb kouvri 96.64% nan genomic a, ak kontig N50 nan 1.71 Mb.Apeprè 94.30% nan sekans total yo te ancrage nan 19 pseudochromosomes.Atravè konparezon ak sekans BAC, evalyasyon LAI, evalyasyon BUSCO, re-asanble ak done NGS, re-asanble done transcriptome, yo te evalye genòm nan kòm kalite siperyè ak kontinwite.Orijin allotetraploid M. lutarioriparius la konfime lè l sèvi avèk repetisyon satelit centromeric.Tandem jèn kopi nan M. lutarioriparius yo fonksyonèl rich pa sèlman an tèm ki gen rapò ak repons estrès, men selil mi byosentèz.Gen doublons pwobableman jwe yon wòl nan fotosentèz C4 ak kontribye nan fotosentèz Miscanthus C4 nan tanperati ki ba.Rechèch la te bay referans enpòtan pou etidye plant kontinuèl.
6.Yon asanble genomic Camptotheca acuminata nan nivo kwomozòm bay enfòmasyon sou orijin evolisyonè byosentèz camptothecin.
Kolabore Etablisman: Sichuan University
Journal: Nature Communications
Enpak Faktè: 14.912
Pwojè sa a te rapòte yon asanble genomic C. acuminata-wo kalite, kwomozòm nivo, ak gwosè genomic 414.95Mb ak contingN50 1.47Mb.Nou te jwenn ke C. acuminata fè eksperyans yon duplication endepandan antye-genom ak jèn anpil sòti nan li ki gen rapò ak byosentèz camptothecin.Divèjans nan fonksyonèl nan jèn LAMT ak evolisyon pozitif nan de jèn SLAS, Se poutèt sa, tou de kontribye anpil nan biosentèz la camptothecin nan C. acuminata.Rezilta yo te mete aksan sou enpòtans asanblaj genomic kalite siperyè nan idantifye chanjman jenetik nan orijin evolisyonè yon metabolit segondè.
7.Jenom ki defini alèl revele diferansyasyon biallelic pandan evolisyon manyòk
Etablisman kolabore: Akademi Chinwa Syans Agrikòl Twopikal
Jounal: Plant Molekilè
Faktè enpak: 13.162
Pwojè sa a te rasanble yon jenom referans pou manyòk ak contigN50 1.1Mb lè l sèvi avèk platfòm sekans Pacific Biosciences (PacBio).Apre evalyasyon pa BUSCO, endèks LAI, ak kat jeyografik jenetik gwo dansite, yo konfime genòm nan reyini kòm referans-klas.Rejyon redondants yo te idantifye epi kontig yo te ancrage sou 18 pseudochromosomes lè l sèvi avèk lyen Hi-C.Genòm referans kalite siperyè ak defini alèl sa a pou manyòk gen anpil valè nan idantifye bi-alèl divèjan sou kwomozòm omològ, sa ki pèmèt yo eksplore diferansyasyon ak dominasyon ekspresyon nan bi-alèl ak fòs kondwi evolisyonè ki kache yo.Li te fasilite estrateji elvaj inovatè nan manyòk ak lòt rekòt trè eterozigot.
8.Genomic Sur nan kwasans lan rapid nan paulownias ak fòmasyon nan bale sòsyè Paulownia '
Etablisman kolabore: Inivèsite agrikòl Henan
Jounal: Plant Molekilè
Faktè enpak: 13.162
Pwojè sa a te rasanble yon bon jan kalite nikleyè genòm Paulownia fortunei, 511.6 Mb nan gwosè, ak 93.2% nan sekans yo te ancrage nan 20 pseudochromosomes.Pi wo efikasite fotosentetik reyalize atravè entegre fotosentèz C3 ak chemen metabolis asid crassulacean, ki ka kontribye nan abitid kwasans trè vit nan pye bwa paulownia.Lòt sekans genòm nan fitoplasma PaWB, konbine avèk analiz fonksyonèl, te endike ke efèktè PaWB-SAP54 a dirèkteman reyaji ak Paulownia PfSPLa, ki an vire lakòz degradasyon PfSPLa pa chemen an medyatè ubiquitin epi mennen nan fòmasyon bale sorcier yo.Done yo te bay enfòmasyon enpòtan sou byoloji paulownias ak mekanis regilasyon pou fòmasyon PaWB.
Genomic bèt - Apwofondi evolisyon espès yo
1.Jenòm Nautilus pompilius eklere evolisyon je ak biomineralizasyon
Kolabore Etablisman: Sid Lachin Lanmè Enstiti Oseyanoloji, CAS
Jounal: Ekoloji natirèl & evolisyon
Faktè enpak: 15.462
Pwojè sa a te prezante yon jenom konplè pou Nautilus pompilius.Li gen genomic minimalist nan mitan sekans cefalopod, ki se 730.58Mb ak contigN50 = 1.1Mb.Rezilta evalyasyon BUSCO a se 91.31%.Konbine ak transcriptome, proteome, fanmi jèn ak analiz filogenetik, genomic sa a bay yon referans fondamantal sou inovasyon sefalopod, tankou je pinhole ak biomineralizasyon.Rechèch la endike ke domaj sou konplè nan gwoup jèn Hox ta ka gen rapò ak koki a disparèt nan molusk.Sa ki enpòtan, plizyè inovasyon jenomik ki gen ladan pèt jèn, kontraksyon endepandan ak ekspansyon fanmi espesifik jèn yo ak rezo regilasyon ki asosye yo gen anpil chans modle evolisyon je pinhole nautilus la.Genòm nan nautilus te konstitye yon resous valab pou rekonstwi senaryo evolisyonè yo ak inovasyon jenomik ki fòme sefalopod ki egziste yo.
2. Analiz genomic Seadragon bay apèsi sou fenotip li yo ak sit detèminasyon sèks li yo.
Kolabore Etablisman: Sid Lachin Lanmè Enstiti Oseyanoloji, CAS
Jounal: Avans Syans
Faktè enpak: 14.132
Pwojè sa a de novo-sekans jenòm gason ak fi nan seadragon komen an (Phyllopteryx taeniolatus) ak espès ki gen rapò sere pre li yo, Kayiman pipfish la (Syngnathoides biaculeatus).Gwosè genòm pou Phyllopteryx taeniolatus se ~659 Mb（♂）ak ~663 Mb（♀）, ak contigN50 nan 10.0Mb ak 12.1mb.gwosè genòm pou Phyllopteryx taeniolatus se 637 Mb（♂）ak ~648 Mb（♀）, ak contigN50 nan 18.0Mb ak 21.0Mb.Atravè analiz filogenetik, seadragon komen an ak Kayiman pipfish la se taxon sè Syngnathinae, ak diverge alantou 27.3 Ma de sa.Pwofil transkripsyon ki soti nan yon nouvote evolisyonè, apendis ki tankou fèy yo, montre ke yon seri jèn ki tipikman patisipe nan devlopman fin yo te ko-opte osi byen ke yon anrichisman nan transkripsyon pou reparasyon tisi potansyèl ak jèn defans iminitè.Yo te idantifye yon sit ki ka detèmine sèks ki kode yon jèn amhr2y espesifik pou gason ki pataje pa pwason pip Seadragon ak Kayiman.Pwojè sa a te bay prèv enpòtan pou etid evolisyon adaptasyon.
Tan pòs: 19 septanm 2022