EVOLISYON GENOME
Analiz comparative genomic mete aksan sou transposon-medyatè ekspansyon jenom ak achitekti evolisyonè nan plisman jenomik 3D nan koton.
Nanopore sekans |Hi-C |PacBio sekans |Ilumina |RNA-sekans |3 D achitekti genòm |Transposon |Jenomik konparatif
Nan etid sa a, Biomarker Technologies te bay sipò teknik sou sekans Nanopore, Hi-C ak analiz bioenfòmatik ki enpòtan.
Résumé
Anplifikasyon eleman transposab (TE) yo te rekonèt kòm yon fòs kondi medyatè ekspansyon gwosè genòm ak evolisyon, men konsekans yo pou fòme achitekti jenomik 3D rete lajman enkoni nan plant yo.Isit la, nou rapòte asanble jenom referans-klas pou twa espès koton ki varye twa fwa nan gwosè genomic, sètadi.Gossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), epiG. raimondii(D5), lè l sèvi avèk Oxford Nanopore Technologies.Analiz genomic konparatif dokimante detay yo nan anplifikasyon TE linaj-espesifik kontribye nan gwo diferans gwosè genomic (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), epi endike kontni relativman konsève jèn ak relasyon synteny nan mitan genòm.Nou te jwenn ke apeprè 17% nan jèn sintenik montre chanjman estati chromatin ant konpatiman aktif ("A") ak inaktif ("B"), ak anplifikasyon TE te asosye ak ogmantasyon nan pwopòsyon nan lòj A nan rejyon jèn (~ 7,000 jèn). ) nan K2 ak A2 parapò ak D5.Se sèlman 42% limit domèn asosye topolojik (TAD) yo te konsève nan mitan twa jenom yo.Done nou yo enplike resan anplifikasyon TE yo apre fòmasyon limit TAD espesifik yo.Etid sa a bay limyè sou wòl transposon-medyatè ekspansyon genòm nan evolisyon nan estrikti kwomatin pi wo-lòd nan plant yo.
Estatistik kle nan asanble genomic
Figi.Asanble jenom ak deskripsyon karakteristik G. rotundifolium (K2)
Nouvèl ak Pwen esansyèl vize pou pataje dènye ka siksè yo ak Biomarker Technologies, kaptire nouvo reyalizasyon syantifik ak teknik enpòtan aplike pandan etid la.
Lè poste: Jan-05-2022