Genotip segondè-debi, espesyalman sou popilasyon gwo echèl, se yon etap fondamantal nan syans asosyasyon jenetik, ki bay baz jenetik pou dekouvèt jèn fonksyonèl, analiz evolisyonè, elatriye. Olye pou yo re-sekans gwo twou san fon an antye genomic, redui sekans jenom reprezantasyon (RRGS). ) se prezante pou minimize pri sekans pou chak echantiyon, pandan y ap kenbe efikasite rezonab sou dekouvèt makè jenetik.Sa a se souvan reyalize pa èkstraksyon fragman restriksyon nan seri gwosè bay yo, ki rele bibliyotèk reprezantasyon redwi (RRL).Sekans fragman anplifye espesifik-locus (SLAF-Seq) se yon estrateji pwòp tèt ou devlope pou dekouvèt SNP de novo ak jenotip SNP nan gwo popilasyon yo.
Flux travay teknik
SLAF vs metòd RRL ki deja egziste
Avantaj nan SLAF
Pi wo efikasite dekouvèt makè jenetik– Konbine avèk teknoloji sekans segondè-debi, SLAF-Seq te kapab reyalize dè santèn de milye de tags dekouvri nan tout genòm pou satisfè demann divès pwojè rechèch, swa avèk oswa san yon genòm referans.
Konsepsyon eksperimantal Customized & fleksib– Pou diferan objektif rechèch oswa espès, diferan estrateji dijesyon anzimatik ki disponib ki gen ladan dijesyon yon sèl-anzim, doub-anzim ak milti-anzim.Estrateji dijesyon pral pre-evalye nan silico pou asire yon konsepsyon anzim optimal.
Segondè efikasite nan dijesyon anzimatik- Dijesyon anzimatik ki te fèt avan bay SLAFs distribye plis egalman sou kwomozòm.Koleksyon fragman efikas ka reyalize plis pase 95%.
Evite sekans repetitif– Pousantaj sekans repetitif nan done SLAF-Seq redwi a pi ba pase 5%, espesyalman nan espès ki gen gwo nivo eleman repetitif, tankou ble, mayi, elatriye.
Oto-devlope workflow bioenfòmatik– BMK devlope yon workflow bioenfòmatik entegre ki aplikab a teknoloji SLAF-Seq pou asire fyab ak presizyon pwodiksyon final la.
Aplikasyon SLAF
Kat jeyografik lyen jenetik
Kat jeyografik jenetik ki gen gwo dansite ak idantifikasyon loki ki kontwole karakteristik kalite flè nan krizantèm (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Jounal: Rechèch ortikilti pibliye: 2020.7
GWAS
Idantifikasyon yon jèn kandida ki asosye ak kontni isofavone nan grenn soya lè l sèvi avèk asosyasyon nan tout genòm ak kat lyen
Jounal: Plant Journal Pibliye: 2020.08
Jenetik evolisyonè
Analiz jenomik popilasyon ak asanble de novo revele orijin diri raje kòm yon jwèt evolisyonè.
Jounal: Plant Molekilè Pibliye: 2019.5
Analiz Segregan an gwo (BSA)
GmST1, ki kode yon sulfotransferase, konfere rezistans nan tansyon viris mozayik soya G2 ak G3.
Jounal: Plant, Cell & Environment Pibliye: 2021.04
Referans
Solèy X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: yon metòd efikas nan gwo echèl de novo SNP dekouvèt ak jenotip lè l sèvi avèk gwo-debi sekans [J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.Konstriksyon kat jeyografik jenetik ki gen gwo dansite ak idantifikasyon loki ki kontwole karakteristik kalite flè nan krizantèm (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Idantifikasyon yon jèn kandida ki asosye ak kontni izoflavon nan grenn soya lè l sèvi avèk asosyasyon nan tout genòm ak kat lyen.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Solèy J, Ma D, Tang L, et al.Analiz Genomic Popilasyon ak Asanble De Novo revele orijin diri Weedy kòm yon jwèt evolisyonè.Mol Plant.2019;12(5):632-647.Mol Plant.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, ki kode yon sulfotransferase, konfere rezistans nan tansyon viris mozayik soya G2 ak G3.Plant Cell Environ.2021;10.1111/pce.14066
Lè poste: Jan-04-2022