TRANSKRIPTOMIK
lanati
KOMINIKASYON
Karakterizasyon transkripsyon konplè nan mitasyon SF3B1 nan lesemi lenfositik kwonik revele downregulation nan entron ki kenbe.
Transkripsyon tout longè|Nanopore sekans|Analiz izoform altènatif
Jan nou koumanse
SMitasyon omatik nan faktè splicing SF3B1 te lajman rapòte asosye ak kansè divès kalite, ki gen ladan lesemi lenfositik kwonik (CLL), melanom uveal, kansè nan tete, elatriye Anplis de sa, etid transcriptomic kout-li te revele modèl splicing aberan pwovoke pa mitasyon SF3B1.Sepandan, syans sou modèl splicing altènatif sa yo te limite depi lontan nan nivo evènman ak mank de konesans sou nivo isoform akòz limitasyon nan kout-li relve nòt reyini.Isit la, yo te prezante platfòm sekans nanopore pou jenere transkripsyon tout longè yo, ki te pèmèt envèrtigasyon sou AS isoforms.
Konsepsyon eksperimantal
Eksperyans
Gwoupman:1. CLL-SF3B1 (WT) 2. CLL-SF3B1 (K700E mitasyon);3. Nòmal B-selil
Estrateji sekans:Sekans bibliyotèk MinION 2D, sekans bibliyotèk PromethION 1D;done kout li ki soti nan menm echantiyon yo
Platfòm sekans:ONT Minion;ONT PromethION;
Analiz byoenfòmatik
Rezilta yo
Atotal de 257 milyon lekti te pwodwi nan 6 echantiyon CLL ak 3 B-selil.An mwayèn, 30.5% nan lekti sa yo te idantifye kòm relve nòt plen longè.
Fanaliz izoform altènatif ull-length nan RNA(FLAIR) te devlope pou jenere yon seri izoform ki gen gwo konfyans.FLAIR ka rezime kòm:
Nanopore li aliyman: idantifye estrikti transkripsyon jeneral ki baze sou genòm referans;
Splice junction koreksyon: kòrèk sekans erè (wouj) ak sit épissure soti nan swa entron anote, entron soti nan done kout li oswa toude;
Collapse: rezime izoform reprezantan ki baze sou chèn junction épissure (seri premye pas).Chwazi gwo konfyans nan ki baze sou kantite lekti sipò (Papòt: 3).
Figi 1. Analiz FLAIR pou idantifye izofòm konplè ki asosye ak mitasyon SF3B1 nan CLL
FLAIR Idantifye 326,699 izofòm episè ki gen gwo konfyans, 90% ladan yo se izofòm nouvo.Pifò nan izoform sa yo ki pa anons yo te jwenn yo se konbinezon roman nan jonksyon episur li te ye (142,971), pandan y ap rès izoform yo ki gen swa kenbe intron (21,700) oswa ekson (3594).
Long-read sekans pèmèt idantifikasyon nan mutan SF3B1-K700E -chanje sit épissure nan nivo isoform.35 altènatif 3'SS ak 10 altènatif 5'SS yo te jwenn siyifikativman diferansye spliced ant SF3B1-K700E ak SF3B1-WT.33 nan 35 chanjman yo te fèk dekouvri pa sekans ki long li.Nan done Nanopore, distribisyon distans ant SF3B1-K700E-chanje 3'SSs nan pik sit kanonik se alantou -20 bp, ki se siyifikativman diferan de yon distribisyon kontwòl, menm jan ak sa ki te rapòte nan CLL kout-li sekans.Yo te analize izofòm jèn ERGIC3, kote yo te jwenn yon izofòm roman ki gen sit episur proximal la ki pi abondan nan SF3B1-K700E.Tou de proximal ak distal 3'SS yo te asosye ak modèl AS distenge jenere izofòm miltip.
Figi 2. Modèl splicing altènatif 3′ idantifye ak done sekans nanopore
Analiz itilizasyon evènman IR te limite depi lontan nan analiz ki baze sou kout lekti akòz konfyans nan idantifikasyon IR ak quantification.Ekspresyon nan izofòm IR nan SF3B1-K700E ak SF3B1-WT yo te quantifye ki baze sou sekans nanopore, revele yon règ mondyal desann nan izoform IR nan SF3B1-K700E.
Figi 4. Entansite agrikilti ak koneksyon rezo atravè twa sistèm agrikilti (A ak B);Analiz forè o aza (C) ak relasyon ant entansite agrikòl ak kolonizasyon AMF (D)
Figi 3. Evènman retansyon Intron yo pi fòman downregulated nan CLL SF3B1-K700E
Teknoloji
Nanopore Long-read sekans
Nanopore sekans se yon sèl molekil an tan reyèl teknoloji sekans siyal elektrik.
DADN oswa RNA doub-bloke pral mare nan pwoteyin nanopore ki entegre nan biofilm a ak dewoulman anba plon an nan pwoteyin motè.
DSeksyon NA/RNA pase nan pwoteyin chanèl nanopore nan sèten pousantaj anba aksyon diferans vòltaj la.
Molekil jenere diferan siyal elektrik selon estrikti chimik.
Rse deteksyon eal-time nan sekans reyalize pa apèl baz.
Pèfòmans sekans transcriptom tout longè
√ Saturasyon Done
7 fwa mwens lekti obligatwa pou rive nan saturation done konparab.
√ Idantifikasyon Estrikti Transkripsyon
Idantifikasyon divès kalite estriktirèl ak konsansis lekti plen longè chak transkripsyon
√ Analiz diferans nan nivo transkripsyon -Revele chanjman ki kache nan lekti kout yo
Referans
Tang AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.Karakterizasyon transkripsyon konplè nan mitasyon SF3B1 nan lesemi lenfositik kwonik revele downregulation nan kenbe entron [J].Nati Kominikasyon.
Teknoloji ak Pwen esansyèl vize nan pataje aplikasyon ki pi resan siksè nan diferan teknoloji sekans segondè-debi nan divès tèren rechèch kòm byen ke lide briyan nan konsepsyon eksperimantal ak done min.
Tan poste: Jan-08-2022