EVOLISYON GENOME
jenetik lanati
Yon asanble genomik bon jan kalite mete aksan sou karakteristik jenomik Rye ak jèn enpòtan agronomik.
PacBio |Ilumina |Bionano Optical Kat jeyografik |Hi-C Genome Asanble |Jenetik Kat jeyografik |Selektif bale |RNA-Seq |ISO-seq |SLAF-seq
Biomarker Technologies te bay sipò teknik sou sekans Pacbio, sekans Hi-C ak analiz done nan etid sa a.
Pwen esansyèl
1.Premye kwomozòm nan nivo segondè bon jan kalite Rye genòm te jwenn, ki gen yon gwosè kwomozòm sèl ki pi gwo pase 1 Gb.
2.Konpare ak Tu, Aet ak Hv genomic, yon inik dènye evènman LTR-RT yo te obsève nan Rye genomic, ki te responsab pou ekstansyon an nan gwosè a genomic RYE.
3.Divèjans ant RYE ak ble diploid te fèt apre separasyon lòj ak ble, ak tan divèjans pou de evènman yo te apeprè 9.6 ak 15 MYA.
Fosforilasyon jèn FT ka kontwole karakteristik nan tit bonè nan RYE.
4. Analiz selektif bale endike patisipasyon posib nan ScID1 nan règleman an nan dat tit ak seleksyon pwobab li pa domestikasyon nan RYE.
Jan nou koumanse
Jan nou koumanse
Rye se yon manje ki gen anpil valè ak rekòt foraj, yon resous jenetik enpòtan pou amelyore ble ak triticale, ak yon materyèl endispansab pou etid efikas konparatif jenomik nan zèb.RYE Weining, yon varyete flè bonè kiltive nan peyi Lachin, se eksepsyonèl paske nan gwo spectre rezistans li nan tou de kanni poud ak rouye foule.Pou konprann baz jenetik ak molekilè nan karakteristik elit RYE ak ankouraje etid jenomik ak elvaj nan RYE ak rekòt ki gen rapò, nou isit la sekans ak analize genomic nan RYE Weining.
Reyalizasyon
Rye genòm
Genomic Rye te konstwi pa penyen PacBio SMRT lekti, sekans Illumina lekti kout, osi byen ke sa ki soti nan kaptire konfòmasyon chromatin (Hi-C), kat jenetik, ak analiz BioNano.Kontig yo reyini (7.74 Gb) te konte pou 98.47% nan gwosè a genomic estime (7.86 Gb), ak 93.67% nan kontig yo (7.25 Gb) asiyen nan sèt kwomozòm.Eleman repetitif yo te konstitye 90.31% nan genòm nan reyini.
Rye genòm
Kat jeyografik lyezon jenetik (WJ) devlope lè l sèvi avèk 295 plant F2 ki sòti nan travèse de Rye peyi (Weining × Jingzhou)
Kat kontak Hi-C nan sèt kwomozòm RYE Weining yo rasanble (1R – 7R)
Aliyman ant sèt kwomozòm RYE Weining yo rasanble ak sèt gwoup lyen RYE yo te devlope lè l sèvi avèk popilasyon RIL Lo7 x Lo255.
Yo te jwenn valè LTR Assembly Index (LAI) nan genòm Rye a se 18,42 ak 1,393 (96,74%) nan 1,440 jèn BUSCO ki trè konsève yo te idantifye. ak rejyon jenik yo.Yo prevwa yon total de 86,991 jèn pwoteyin ki kode, ki gen ladan 45,596 jèn ki gen anpil konfyans (HC) ak 41,395 jèn ki ba anpil konfyans (LC).
2. Analiz de TEs
Analiz de TEs.Yon total de 6.99 Gb, ki reprezante 90.31% nan asanble Weining, te anote kòm TE, ki te enkli 2,671,941 eleman ki fè pati 537 fanmi yo.Kontni TE sa a te klèman pi wo pase sa ki te rapòte deja pou Ta (84.70%), Tu (81.42%), Aet (84.40%), WEW (82.20%), oswa Hv (80.80%).Retrotranspozon yo repete tèminal long (LTR-RTs), ki gen ladan Gypsy, Copia ak eleman RT ki pa klase, yo te dominan TE yo, epi yo te okipe 84.49% nan kontni TE anote ak 76.29% nan genòm Weining reyini;CACTA ADN transpozon yo te dezyèm TE ki pi abondan, ki konstitye 11.68% nan kontni TE anote ak 10.55% nan genòm Weining reyini.
Analiz eleman transpozon nan RYE
Weining RYE te gen yon pwopòsyon konparativman wo nan ensèsyon resan LTR-RTs ak pik anplifikasyon parèt alantou 0.5 milyon ane de sa (MYA), ki te pi resan an nan mitan kat espès yo;lòt pik la, ki te fèt apeprè 1.7 MYA, te pi gran epi yo te wè tou nan lòj.Nan nivo superfamily, yo te jwenn eklat trè resan nan eleman Copia nan Weining RYE nan 0.3 MYA, pandan y ap anplifikasyon Gypsy RT yo te fòme dominanman modèl distribisyon bimodal dinamik pete LTR-RT.
3. Ankèt sou evolisyon genòm RYE ak syntenies kwomozòm
Diferans ki genyen ant RYE ak ble diploid te fèt apre separasyon lòj ak ble, ak tan divèjans pou de evènman yo te apeprè 9.6 ak 15 MYA, respektivman.1R, 2R, 3R te antyèman kolinye ak gwoup 1, 2 ak 3 kwomozòm ble, respektivman.4R, 5R, 6R, 7R yo te jwenn egziste fizyon gwo echèl ak segman.
4. Analiz repetisyon jèn ak enpak yo sou jèn biosentèz lanmidon
Miyò, nimewo yo nan jèn double tandem (TDGs) ak jèn proximally duplicated (PDGs) nan Weining RYE te tou de pi wo pase sa yo te jwenn pou Tu, Aet, Hv, Bd ak Os.Transpoze jèn kopi (TrDGs) yo te tou plis anpil pase sa yo espesyalman jwenn pou Tu ak Aet.Ekspansyon genòm Rye akonpaye pa pi gwo kantite duplication jèn.Te ogmante pete TE nan RYE ka mennen nan yon kantite elve nan TrDGs.
Analiz synteny evolisyonè ak kwomozòm nan genòm RYE
Analiz repetisyon jèn RYE ak enpak yo sou divèsite jèn ki gen rapò ak byosentèz lanmidon (SBRGs)
5. Dissection nan Rye grenn depo pwoteyin (SSP) loci jèn
Kat loci kwomozòm (Sec-1 rive Sec-4) ki espesifye Rye SSP yo te idantifye sou 1R oswa 2R.Jèn α-gliadin yo te evolye sèlman dènyèman nan ble ak espès ki gen rapò sere apre divèjans nan ble ak RYE.
6. Egzamen faktè transcription (TF) ak jèn rezistans maladi
Analiz de Rye secalin loci
Rye Weining te gen plis anpil jèn ki asosye rezistans maladi (DRA) (1,989, Done siplemantè 3) pase Tu (1,621), Aet (1,758), Hv (1,508), Bd (1,178), Os (1,575), ak A (1,836). ), B (1,728) ak D (1,888) subgenomes nan ble komen.
7. Ankèt sou karakteristik ekspresyon jèn ki asosye ak karakteristik tit byen bonè
De jèn FT ak ekspresyon relativman wo nan kondisyon jou long, ScFT1 ak ScFT2, yo te anote nan asanble Weining genomic.De rezidi asid amine nan fosforilasyon ScFT2 (S76 ak T132) yo te jwenn relasyon ak bese kontwòl tan.
Karakteristik devlopman ak ekspresyon jèn ki asosye ak karakteristik nan tit byen bonè nan RYE Weining
8. Mining nan rejyon kwomozòm ak loci ki kapab patisipe nan domestikasyon RYE
Yon total de 123,647 SNP yo te itilize pou fè analiz selevtive bale ant Rye kiltive ak S. vavilovii.11 siyal seleksyon bale idantifye pa endèks rediksyon (DRI), endèks fiksasyon (FST) ak metòd XP-CLR.SCID1 te jwenn patisipasyon posib nan règleman an nan tit dat.
Idantifikasyon ak analiz de rejyon kwomozòm ak loci potansyèlman ki gen rapò ak domestik RYE
Referans
Li GW et al.Yon asanble genomic-wo kalite mete aksan sou karakteristik jenomik Rye ak jèn enpòtan agronomik.Jenetik nati (2021)
Nouvèl ak Pwen esansyèl vize pou pataje dènye ka siksè yo ak Biomarker Technologies, kaptire nouvo reyalizasyon syantifik ak teknik enpòtan aplike pandan etid la.
Lè poste: Jan-05-2022