Full-Length mRNA Sekans-Nanopore
Avantaj sèvis yo
● Patipri sekans ki ba
● Revele molekil cDNA tout longè
● Mwens done ki nesesè pou kouvri menm kantite relve nòt
● Idantifikasyon plizyè izofòm pou chak jèn
● Kantifikasyon ekspresyon nan nivo izofòm
Espesifikasyon Sèvis
| Bibliyotèk | Platfòm | Rendeman done rekòmande (Gb) | Kontwol kalite |
| cDNA-PCR (Poly-A anrichi) | Nanopore PromethION P48 | 6 Gb/echantiyon (Depann sou espès) | Rapò tout longè ＞70% Nòt kalite mwayèn: Q10
|
Analiz bioenfòmatik
●Pwosesis done kri
● Transkripsyon idantifikasyon
● Altènatif splicing
● Kantifikasyon ekspresyon nan nivo jèn ak nivo izofòm
● Analiz ekspresyon diferans
● Anòt fonksyon ak anrichisman (DEG ak DET)
Egzanp kondisyon ak livrezon
Egzanp kondisyon:
Nukleotid:
| Konk. (ng/μl) | Kantite (μg) | Pite | Entegrite |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Limite oswa pa gen okenn pwoteyin oswa kontaminasyon ADN yo montre sou jèl. | Pou plant: RIN≥7.0; Pou bèt: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limite oswa pa gen okenn elevasyon debaz |
Tisi: Pwa (sèk): ≥1 g
* Pou tisi ki pi piti pase 5 mg, nou rekòmande pou voye echantiyon tisi nan frizè (nan nitwojèn likid).
Sispansyon selilè: konte selil = 3 × 106- 1×107
* Nou rekòmande pou voye lisat selil ki nan frizè.Nan ka selil sa a konte pi piti pase 5 × 105, flash jele nan nitwojèn likid rekòmande, ki se pi preferab pou ekstraksyon mikwo.
Echantiyon san: Volim≥1 ml
Livrezon echantiyon rekòmande
Veso: 2 ml tib santrifujeur (Fil fèblan pa rekòmande)
Egzanp etikèt: Gwoup + replike egzanp A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Chajman: 2、Dry-glas: Echantiyon yo bezwen chaje nan sache epi antere l nan glas sèk.
- Tib RNAstable: Echantiyon RNA yo ka cheche nan tib estabilizasyon RNA (egzanp RNAstable®) epi voye yo nan tanperati chanm.
Koule Travay Sèvis
Nukleotid:
Livrezon echantiyon
Konstriksyon bibliyotèk
Sekans
Analiz done
Sèvis apre-sale
Koule Travay Sèvis
Tisi:
Eksperyans konsepsyon
Livrezon echantiyon
RNA ekstraksyon
Konstriksyon bibliyotèk
Sekans
Analiz done
Sèvis apre-sale
1.Analiz ekspresyon diferans - Trase vòlkan
Analiz ekspresyon diferans yo ka trete nan tou de nivo jèn pou idantifye jèn ki eksprime diferans (DEG) ak nan nivo izofòm pou idantifye diferans.
transkripsyon eksprime (DET)
2.yerarchique clustering heatmap
3.Alternative splicing idantifikasyon ak klasifikasyon
Senk kalite evènman splicing altènatif ka prevwa pa Astalavista.
4.Idantifikasyon evènman altènatif poly-adenylation (APA) ak Motif nan 50 bp en nan poly-A
Ka BMK
Idantifikasyon splicing altènatif ak quantification nan nivo isoform pa sekans transcriptom nanopore plen longè
Pibliye:Nature Communications, 2020
Estrateji sekans:
Gwoupman: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (K700E mitasyon);3. Nòmal B-selil
Estrateji sekans: sekans bibliyotèk MinION 2D, sekans bibliyotèk PromethION 1D;done kout li ki soti nan menm echantiyon yo
Platfòm sekans: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;
Rezilta kle yo
1.Isoform-nivo Altènatif Splicing Idantifikasyon
Sekans ki long li pèmèt idantifikasyon mutan SF3B1K700E-chanje sit épissure nan nivo isoform.35 altènatif 3′SS yo ak 10 altènatif 5′SS yo te jwenn siyifikativman diferansye spliced ant SF3B1K700Eak SF3B1WT.33 nan 35 chanjman yo te fèk dekouvri pa sekans ki long li.
2.Isoform-nivo Altènatif Splicing quantification
Ekspresyon izoform retansyon entron (IR) nan SF3B1K700Eak SF3B1WTyo te quantifye ki baze sou sekans nanopore, ki revele yon règ mondyal desann nan izoform IR nan SF3B1.K700E.
Referans
Tang AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.Karakterizasyon transkripsyon konplè nan mitasyon SF3B1 nan lesemi lenfositik kwonik revele downregulation nan kenbe entron [J].Nati kominikasyon.
