circRNA sekans-Illumina

CircRNAs (Sircular RNAs) se yon klas molekil RNA ki pa kode ki kout nan bouchon 5′ ak 3′ ke poli(A).CircRNAs fè estrikti sikilè pa kovalan kovalan ki se estati kont dijesyon RNA exonukleaz.circRNA jwe yon wòl enpòtan nan kwasans ak devlopman nan òganis ak rezistans yo nan anviwònman an ekstèn.
CircRNA gen anpil fonksyon, ki ka konpetitivman mare miRNA, egzèse fonksyon regilasyon ceRNA, pou kontwole ekspresyon jèn.Nan dènye ane yo, li te jwenn tou ke li se pre relasyon ak ensidan an ak devlopman nan maladi, e li gen gwo kandida aplikasyon nan direksyon makè dyagnostik maladi ak sou sa.

Kontakte nou

Detay Sèvis

Bioenfòmatik

Rezilta Demo

Etid ka

Avantaj sèvis yo

● CircRNA trè korelasyon ak reglemante ekspresyon mRNA

● Patisipe nan sistèm regilasyon circRNA - miRNA - mRNA

● Idantifikasyon ak estatistik sou circRNA li te ye ak prediksyon circRNA roman

● Livrezon rezilta ki baze sou BMKCloud: Mining done Customized ki disponib sou platfòm.

● Sèvis apre-sale valab pou 3 mwa apre pwojè fini

Egzanp kondisyon ak livrezon

Bibliyotèk	Platfòm	Done rekòmande	Done QC
rediksyon rRNA	Illumina PE150	16 Go	Q30≥85%

Nukleotid:

Konk. (ng/μl)

Kantite (μg)

Pite

Entegrite

≥ 100

≥ 0.5

OD260/280 = 1.7-2.5

OD260/230 = 0.5-2.5

Limite oswa pa gen okenn pwoteyin oswa kontaminasyon ADN yo montre sou jèl.

Pou plant: RIN≥6.5;

Pou bèt: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

limite oswa pa gen okenn elevasyon debaz

Egzanp kondisyon:

Tisi: Pwa (sèk): ≥1 g

* Pou tisi ki pi piti pase 5 mg, nou rekòmande pou voye echantiyon tisi nan frizè (nan nitwojèn likid).

Sispansyon selilè: konte selil = 3 × 10⁷
* Nou rekòmande pou voye lisat selil ki nan frizè.Nan ka selil sa a konte pi piti pase 5 × 10⁵, flash jele nan nitwojèn likid rekòmande.

Echantiyon san:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ak 2mL san (TRIzol:San=3:1)

Livrezon echantiyon rekòmande
Veso: 2 ml tib santrifujeur (Fil fèblan pa rekòmande)
Egzanp etikèt: Gwoup + replike egzanp A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

chajman:
Sèk glas: Echantiyon yo dwe chaje nan sache epi antere l nan glas sèk.
Tib RNAstable: Echantiyon RNA yo ka cheche nan tib estabilizasyon RNA (egzanp RNAstable®) epi voye yo nan tanperati chanm.

Koule Travay Sèvis

Eksperyans konsepsyon

Livrezon echantiyon

RNA ekstraksyon

Konstriksyon bibliyotèk

Sekans

Analiz done

Sèvis apre-sale

Previous: Sekans transcriptom antye - Illumina

Pwochen: Ti RNA sekans-Illumina

Bioenfòmatik

1.CircRNA Lame

Yo te rapòte ke majorite nan circRNA yo soti nan ekson olye ke entron oswa rejyon entèjenik.Anplis distribisyon circRNA varye anpil nan mitan kwomozòm.Se poutèt sa, li gen anpil valè pou evalye distribisyon diferan nan lame circRNA ant diferan echantiyon, ki gen ladan distribisyon sa a sou diferan rejyon jèn ak sou kwomozòm diferan.

Distribisyon-de-circRNA-lame

Distribisyon lame circRNA

2.Clustering analiz sou DE-circRNA
Hierarchical-clustering-of-differentially-expressed-circRNAs

Regroupement yerarchique de circRNAs diferan eksprime

3.GO Anòt sou Jenn Host DE-circRNA

C01_vs_C02

GO klasifikasyon nan jèn DE-circRNA lame

Ka BMK

CPSF4 kontwole fòmasyon circRNA ak microRNA medyatè silans jèn nan karsinom epatoselilè

Pibliye: Onkogene,2021

Rezilta kle yo

1. CPSF4 ekspresyon se upregulated nan HCC ak ekspresyon segondè nan CPSF4 ki asosye ak move pronostik nan pasyan HCC.
2. CPSF4 diminye nivo circRNAs, ki genyen yon sekans siyal poliadenilasyon ak diminisyon sa a nan circRNAs diminye akimilasyon miRNA ak deranje silans jèn miRNA-medyatè nan HCC.
3.Eksperyans nan kilti selil ak modèl sourit xenograft te montre ke CPSF4 ankouraje pwopagasyon selil HCC ak amelyore tumorigenicity.Anplis, CPSF4 antagonize efè sipresyon timè circRNA en li yo nan HCC.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

nivo miRNA ak nivo pwoteyin

Referans

Wang X , Dong J , Li X , et al.CPSF4 kontwole fòmasyon circRNA ak microRNA medyatè silans jèn nan karsinom epatoselilè [J].Oncogene.DOI: 10.1038/s41388-021-01867-6